python处理fasta文件_Python脚本：fasta文件单序列信息提取

使用Python对fasta格式的序列进行基本信息统计

预期设计输出文件中包括fasta文件名，序列长度，GC含量以及ATCG各自的含量。

Python脚本编辑

使用的文件

test.fasta

stat.py

输入 sys模块

#!/usr/bin/env python

import sys

从命令行获得文件名称

file_fasta = sys.argv[1]

#获得文件名

file_name = file_fasta.split('.')

name = file_name[0]

sys.argv[1]模块是从程序外部获取参数的桥梁，可以将命令行的参数输入到py程序内。

sys.argv[0]是程序本身，sys.argv[1]是程序后跟着第一个参数。

我们将文件名作为输入参数，这一步在最后运行有展示。

在结束输出时会输出一个包含统计信息的txt文件，我们将用fasta文件名作为txt文件的前缀，所以我们需要获取fasta文件的名字。

.split('.')是将file_fasta以.为分隔符分开会生成'test','txt'，赋值给file_name则file_name会包含着两个字符。

file_name[0]则是取第一个值'test'，python中默认第一个数字是0，所以不能输入1。

进行序列信息统计的函数

序列的长度很好统计使用len函数即可，但是GC含量和ACTG的百分比计算需要费点事情。

使用def制作一个函数

Pytho