clustalw序列比对_【现学现卖】序列比对之算法

前期相关推送(序列比对结果中的一些值的意义)：

【现学现卖】序列比对之identity VS similarity

【现学现卖】序列比对之bit-score VS E-value

在bit-score和E-value的公式中，S为原始矩阵得分，其他常数与选择的算法相关。那么什么是序列比对的矩阵得分？序列比对都有哪些算法呢？

一、序列比对

1. 序列比对的理论基础

基础是进化学说，如果两个序列相似性高，则推测同源/有共同的进化祖先，它们是经过序列残基的一些列变化(替换、缺失、重组等)演化而来的。

比如下面两个序列：

这两条序列要实现更好的比对，就会引入空位。序列残基的替换导致单个残基不匹配(红色短线)，残基的插入或缺失导致空位(红色长线)。

2. 序列比对的两种数学模型

主要模型是全局比对(Global alignment)和局部比对(Lo