anasys hpc集群_这可能是最简单的并行方案，如何基于 AWS ParallelCluster 运行 ANSYS Fluent...

使用 HPC(高性能计算)应对计算流体动力学 (CFD) 的挑战已成为惯例。随着近一二十年间，HPC 工作站向超级计算机的发展变缓，计算集群正不断地取代单独的大型 SMP(共享内存处理)超级计算机的地位，并且已成为“新常态”。另外，一项更加新的创新——云技术，同样也大幅提升了总的计算吞吐量。

这一篇博文将向您介绍在数分钟内于运行 ANSYS Fluent(一款市售的计算流体动力学软件包)的 AWS 上完成 HPC 集群设置的最佳优良实践。此外您还能看到一些安装 ANSYS Fluent 并运行您的首个作业的示例脚本。“最佳指南”是一种相对称呼，在云技术中更是如此，因为存在能以不同方式组合达成相同目的的诸多可能性(亦称为服务)。仅在需要使用特定的应用程序特性或应用程序功能的情况下，才能判定某种选择是否优于另一种。举例来说，“高性能并行文件系统 (Amazon FSx) 优于 NFS 共享”这一判断在绝大部分 HPC 工作负载中是成立的，但在另一些情形中(例如 !I/O 密集型应用程序，或者创建小型 HPC 集群来运行少量和 / 或小型作业)NFS 共享已经绰绰有余，并且此种方式更加廉价，设置简单。在此篇博文中我们将分享我们视作最佳优良实践的方法，以及其他一些您在实践中可能会考虑的可用替代选择。

我们将会使用的主要集群组件是以下的 AWS 服务：

AWS ParallelCluster，这是一种 AWS 支持的开源集群管理工具，可用于在 AWS 云中部署并管理 HPC 集群。

新的 AWS C5n 实例最多可使用 100 Gbps 的网络带宽。

Amazon FSx for Lustre，这是一种高度并行文件系统，支持对 PB 级别的文件系统进行亚毫秒级别的访问，可为每 1TiB 的预置容量以 10,000 IOPS 的速度提供 200 MB/s 的聚合吞吐量。

Nice DCV 用作远程可视化协议。

注：我们在 re:Invent 2018 上发布了 Elastic Fabric Adapter (EFA)，最近又在多个 AWS 区域中推出了该服务。EFA 这种网络设备可挂载到您的 Amazon EC2 实例以加速 HPC 应用程序的运行，降低延迟并使其更均匀，带来比基于云的 HPC 系统通常使用的 TCP 传输方式更高的吞吐量。其提升了对于扩展 HPC 应用程序至关重要的实例间通信的性能，并为在现有 AWS 网络基础设施上运行做了优化。ANSYS Fluent 尚不适合与 EFA 共用，因此本篇博文中不会全面介绍这一具体的网络设备。

注意：ANSYS Fluent 是一款需要许可证的市售软件包。本文假定您已获得在 AWS 上使用(或通过 AWS 访问)ANSYS Fluent 的许可证。此外，下文的安装脚本还需要您拥有 ANSYS 安装包。您可以在“下载 – 当前发行版本”下方下载当前发行版本的 ANSYS。

1. 创建一个自定义 AMI

为了加速集群的创建，更重要的是，为了缩短计算节点的启动时间，良好做法是创建一个部分软件包已预安装并且设置已完成配置的自定义 AMI。

以已有 AMI 为基础开始工作，记下您计划部署集群区域的适用 AMI ID，详情请见我们的 AMI 区域列表。例如，我们在弗吉尼亚州 (us-east-1) 使用 CentOS7 开始工作，则 AMI ID 为 ami-0a4d7e08ea5178c02。

打开 AWS 控制台并在偏好区域(即选择 AMI 的区域)中启动一个实例，按前述方式使用 AMI ID。

确保您的实例可以从互联网访问，并且具有公共 IP 地址。

为实例分配一个允许其从 S3(或从特定的 S3 存储桶)下载文件的 IAM 角色。

可选择标记实例(即 Name = Fluent-AMI-v1)。

配置安全组以允许端口 22 上的入站连接。

如果您需要为 AWS ParallelCluster 创建自定义 AMI 方法的额外细节，请参阅官方文档 Building a custom AWS ParallelCluster AMI。

实例就绪后，通过 SSH 进行连接并以 root 身份运行以下命令：

yum -y update

yum install -y dkms zlib-devel libXext-devel libGLU-devel libXt-devel libXrender-devel libXinerama-devel libpng-devel libXrandr-devel libXi-devel libXft-devel libjpeg-turbo-devel libXcursor-devel readline-devel ncurses-devel Python Python-devel cmake QT-devel QT-assistant mpfr-devel gmp-devel htop wget scr