linux中计算高斯的进程,linux下运行高斯比windows的优势

转引自GaussianFAQ第一章第四节

(1.4)

难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？

后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？

后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什么软件啊？头大ing……

Quote:

暂时的最佳答案(提供者：密度泛函·小卒)

Linux做高斯计算比Windows优势大得多。Windows对并行处理、频繁存取、超大文件、海量运算，都是瓶颈，而这些都将是你运行高斯的大障碍。你现在算个水分子、算个甲烷分子，你用Windows觉得还挺不错的，但是你的计算量一旦变大，你将会对“Windows做计算”极为失望。

你可以用mem指定你希望能被高斯调用的最大内存。但是，Windows有自己的一套内存调用规则(高斯毕竟是一个应用软件，Windows则是操作系统。Windows能管着Gaussian)

好了，我形象化的说说这个事儿吧

Gaussian软件(以下简称高斯)说：“我要1G内存！”

Windows操作系统内核(以下简称系统)说：“行！如你所愿”

过了一会儿……

高斯：“你给我的1G内存，我咋觉得这么不对劲儿呢？”

系统：“咋就不对劲儿了？”

高斯：“就50多M的内存空间读写速度正常，另外950M的内存空间读写速度超慢！”

系统骗高斯：“哦，内存条质量不好，凑合着用吧！”

高斯：“NND，主人要做高斯计算，却买这么慢的内存条，我不干活了！我要怠工！”

于是高斯Link died。

真实情况是：Windows对内存使用的控制是非常苛刻的。高斯申请1G的内存，那么Windows也就拿出50M的真正的内存空间给高斯，剩下950M的都是用硬盘空间来“伪装”出来虚拟内存。每当有某软件要求巨大内存的时候，Windows都会用虚拟内存来应付，而软件就以为这是真内存，还用的不亦乐乎。说白了，Windows不是一个设计用来运行“海量数据频繁内存读写”的程序的操作系统，它为了勉强运行这种程序，他就用虚拟内存来欺骗，事实上是硬盘在起到内存的作用，而硬盘的读写速度不到内存的十分之一。这样造成的直接严重后果是：即使电脑资源一样大，在Windows和Linux下运行同样的任务，后者往往比前者快3到20倍。这也是我们一直推荐使用Linux的原因。

我给Windows和Linux分别打个比方：Windows是一辆精致的法拉利，很漂亮、很人性化、操作很简便(其实Windows也有自己的复杂和高明之处，只是你从没使用过它们)，但是她终究是一辆小轿车。而Linux是一辆载重数十吨的斯太尔大卡车。搬运大量货物(大量数据的海量计算)还是要靠Linux。运送一个小箱子，法拉利和斯太尔没什么区别，但是如果运送一个集装箱呢？为了能顺利运送集装箱，请学习Linux

如果你既想享受法拉利的精致，也想得到斯太尔的强大工作能力，你就装一个SSH软件吧。【图5】SSH就像你的忠实信使，在Linux和Windows之间传达各种指令。你的师兄师姐会教给你如何用好SSH。

另外，不要总想着使用Linux的GUI。其实Linux有比Windows更绚丽的桌面系统，但是它对你的高斯计算毫无意义，而且会占用更多的服务器资源。把这些资源用在你的高斯计算上，比浪费在运行图形界面上更有意义。DIY是Linux很重要的宗旨之一：合适就选，不合适就不选。这比Windows强制安装“用户一辈子也不会需要的许多功能”强多了。

其实吧，现在作为初学者，你也没必要去管那些面目可憎的命令行，那还是你的师兄师姐的事儿。作为一个新手，你记住，服务器的维护管理自然有你的师兄师姐来完成，你仅仅是使用者，而且是非常初级的使用者——我这样说，并没有一点点轻视你的意思，请勿误解。因此，你所要知道的仅仅是最常用的命令即可：

ssh zzz

进入zzz服务器

exit

离开当前服务器

mkdir

建立文件夹

rmdir

删除文件夹

ls

列出本文件夹下的所有文件和子文件夹

vi xxx.xxx

建立新文件xxx.xxx

top

打开任务管理器

rm xxx.xxx

删除文件xxx.xxx

nohup g03 xxx.com xxx.log &

运行高斯文件xxx.com进行计算

cd xxxx

进入xxxx子文件夹

cd ..

返回上层文件夹

formchk xxx.chk xxx.fchk

用xxx.chk生成xxx.fchk

scp xxx.xxx nod:/aaa/bbb/xxx.xxx

将xxx.xxx复制到nod下的/aaa/bbb/文件夹下

cubman

使用高斯的cubman命令

cubegen

使用高斯的cubegen命令

sh xxxx.in

运行批处理命令xxxx.in

ps 某个进程的进程号

查看某个进程的状态

vi下的命令

i

进入修改状态

ESC

退出修改状态

:wq

保存退出

:q!

不保存退出

:set nu

显示行号

/某个字符串

查找某个字符串

top下的命令

先按u再输入高斯用户名再回车

查看高斯所属的进程

先按u再输入超级用户名再回车

查看系统所属的进程

先按u再输入空格再回车

查看全部进程

q

退出任务管理器

先按k再输某个进程对应的pid，然后输入yes

强制结束某个进程

多说一句：其实Windows也有这种命令行操作模式【图6】，名叫DOS(不是态密度的缩写，而是Disk operation system的缩写。Microsoft的MS-DOS已经发展到7.1版了，当然你装的WindowsXP SP3自带的MS-DOS不是真正的DOS，是用XP模拟的命令行操作5.1，不过对于初学者学习dos已经足够了。Vista我没用过，我个人从心理上比较排斥它，哪位熟悉Vista的人给个补充，谢谢)有闲时间，在你上网玩游戏听歌聊天之余，如果能学学DOS，对你加深对电脑的了解，很有益处的