Gaussian量子化学计算技术与应用、LAMMPS分子动力学模拟技术与应用

最新推荐文章于 2024-11-12 13:35:26 发布
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文章标签： linux 运维 服务器
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本博客深入探讨了Gaussian量子化学计算技术和LAMMPS分子动力学模拟技术的实用案例。专题一详细介绍了Gaussian在化学计算中的应用，而专题二则阐述了LAMMPS在模拟研究中的重要作用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

专题一 ：“Gaussian量子化学计算技术与应用”

课 程

内 容

  • 理论计算化学理论及相关程序入门
  1. 理论计算化学简介
    1. 理论计算化学概述
    2. HF理论及后HF方法(高精度量化方法)
    3. 密度泛函理论和方法
    4. 不同理论计算方法的优缺点及初步选择
    5. 基组及如何初步选择基组
  2. Gaussian安装及GaussView安装及基本操作
    1. Gaussian安装及设置（Win版和Linux版）
    2. GaussView安装及设置
    3. GaussView使用及结构构建
  3. Linux、Vi编辑器等及Gaussian基本介绍
    1. 学习Linux基本命令及Vi编辑器
    2. 详细认识输入文件和输出文件（Win和Linux）
    3. 构建Gaussian输入文件并提交任务

  • Gaussian专题操作及计算实例
  1. Gaussian专题操作Ⅰ：（均含操作实例）
    1. 结构几何优化及稳定性初判
    2. 单点能（能量）的计算及如何取值
    3. 开壳层与闭壳层计算
    4. 频率计算及振动分析(Freq)
    5. 原子受力计算及分析（Force）
    6. 溶剂模型设置及计算（Solvent）
  2. Gaussian专题操作Ⅱ： （均含操作实例）
    1. 分子轨道、轨道能级计算及查看
    2. HOMO/LUMO图的绘制
    3. 布居数分析、偶极矩等计算及查看
    4. 电子密度、静电势计算及绘制（SCF、ESP）
    5. 自然键轨道分析（NBO）

  • Gaussian进阶操作及计算实例
最低0.47元/天 解锁文章
linux下执行gauss的脚本文件,求脚本：同时向n个nodes提交并执行当前目录下所有Gaussian输入文件...
weixin_31519139的博客
05-02 727
#以Gaussian 09算例test0397.com为例#p rb3lyp/3-21g force test scf=novaraccGaussian Test Job 397:Valinomycin force0,1O,-1.3754834437,-2.5956821046,3.7664927822O,-0.3728418073,-0.530460483,3.8840401686O,2.330...
入门实操Gaussian量子化学、LAMMPS分子动力学模拟
C1012562281的博客
05-25 2833
次计算课程专门为化学、材料科学领域量身打造，共分为两个个专题，采用全方位的课程体系设计，在线直播教学，课后提供无限次回放视频，发送全部案例资料，建立永不解散的课程群，在班级群内可以和相同领域内的老师同学互动交流问题，让学习不再是一个人的孤独求索。
linux中计算高斯的进程,linux下运行高斯比windows的优势
weixin_39686353的博客
04-30 505
转引自GaussianFAQ第一章第四节(1.4)难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说Linux也是有桌面的，为...
Linux上配置Gaussian的方法
qq_27721761的博客
11-16 2619
这里我们简单记录一下Linux系统(Ubuntu)上gaussian 09的配置过程。 1.下载g09的压缩包，并将其上传至虚拟机或服务器端目录下，比如abc文件夹 2.cd #进入根目录 3.mkdir /asd #创建名为asd的文件夹(名字自定义) 4.cd /abc #cd进入Gaussian压缩包的上传位置 5.cp 压缩包名.zip /asd #
计算机视觉——linux下的直方图，直方图均衡化和高斯滤波
Keiji582的博客
03-16 4904
文章目录实验环境环境配置虚拟环境的搭建（非必要）opencv的安装直方图和直方图均衡化高斯滤波代码编写实验结果与对比 实验环境 系统：Ubuntu16.04 语言：python3.6 cuda：9.0 环境配置 这次实验是在linux的系统下进行的；而Ubuntu是Linux系统中优秀的一个，具体的安装这里就不详述了，类似的教程很多，如果在此处详细讲解又会变成长篇大论，简单来说，本次实验的系统只需要一个Ubuntu的系统并且安装了cuda（非必要）。 虚拟环境的搭建（非必要） linux的命令行操作这里就不
Gaussi an 量子化学计算技术与应用
y2715163545的博客
05-24 749
Gaussian 是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件，可研究诸如分子轨道，结构优化，过渡态搜索，热力学性质，偶极矩和多极矩，电子密度和电势，极化率和超极化率，红外和拉曼光谱，NMR，垂直电离能和电子亲合能，化学反应机理，势能曲面和激发能 QM/MM 计算等化学领域的许多课题。12 Gaussian文献I: 聚集诱导荧光（AIE）和激发态分子内质子转移（ESIPT）7 Gaussian进阶操作II：——各类光谱计算及绘制（均含操作实例）6 Gaussian进阶操作I：势能面相关（均含操作实例）
量子化学计算和最新分子动力学模拟计算
hdpckj的博客
11-07 2537
课程通知：(此通知长期有效！) Gaussian量化计算 12月13-15日 地点北京 Gromacs分子动力学 12月7-9日 地点上海 Lammps分子动力学 12月7-9日 地点北京 此次为答谢新老客户。精心准备量子化学Gaussian计算，全新分子动力学Gromacs和Lammps课程。全部课程都调整为三天，内容上从进阶到课题应用，所有想进阶学习或者解决问题的朋友都可以来共同学习下。 【学...
高性能计算技术市场-调研报告.pdf
12-24
6. 分子动力学：GROMACS、LAMMPS，研究分子级别的运动规律。 7. 生物领域：Bioinformatics工具如BLAST、ClustalW，进行生物信息学分析。 综上所述，高性能计算市场不仅涵盖了广泛的科学与工程领域，而且在商业模式...
LAMMPS模拟（三）液滴定向移动的耗散模拟
E_Magic_Cube的博客
07-13 484
variable c loop 5 variable theta index 10 20 30 40 50 variable p equal 40 log log.${theta} units lj dimension 3 boundary ...
干货分享 | 分子对接与分子动力学模拟在药物研发中的应用
APExBIO的博客
09-15 958
分子对接与分子动力学模拟在药物研发中的应用
linux使用gaussian提交命令,gaussian计算常用Linux命令
weixin_28982257的博客
04-29 2262
ssh zzz进入zzz服务器exit离开当前服务器mkdir建立文件夹rmdir删除文件夹ls列出本文件夹下的所有文件和子文件夹vi xxx.xxx建立新文件xxx.xxxtop打开任务管理器rm xxx.xxx删除文件xxx.xxxnohup g03 xxx.com xxx.log &运行高斯文件xxx.com进行计算cd xxxx进入xxxx子文件夹cd ..返回上层文件夹formc...
linux长时间运行任务中断报警trap
djl的专栏，blog.djl.cx好记
11-08 328
每天要运行的定时任务, 时间很长, 有一天突然被中断了, 如果能有个中断提醒就好了。sleep 命令模拟一个长时间运行的任务，并在后台运行它。wait 命令等待任务完成或被杀死，并检查。wait 命令的退出状态码来判断脚本是否被。在这个脚本中，我们使用。
linux rocky 9.4部署和管理docker harbor私有源
xikui1551的博客
11-08 1236
rocky 部署Harbor私有镜像仓库
Linux：网络协议socket
Au_ust的博客
11-05 1337
我们之前学的通信是本地进程间通信，如果我们想在网络间通信的话，就需要用到二者的ip地址，分别被称为源IP地址和目的IP地址，被存入ip数据包中，其次我们还需要遵循一些通信协议。TCP协议：传输层协议，有连接，可靠传输，面向字节流（无明确边界的字节序列），难UDP协议：传输层协议，无连接，不可靠传输，面向数据流（以数据包为单位），简单网络通信的本质也是进程间通信，你怎么知道你要和哪个进程通信？
Xshell，Shell的相关介绍与Linux中的权限问题
2301_81265915的博客
11-09 708
首先，先介绍一下我们学习Linux的工具：XshellXShell 是一个流行的 Windows 平台上的 SSH、Telnet 和 Rlogin 客户端，主要用于远程连接 Linux/Unix 系统。它的运行原理大致如下：1：协议支持： XShell 支持多种远程协议（如 SSH、Telnet、Rlogin 等）。最常用的是 SSH 协议，它提供了安全的加密通信。SSH（Secure Shell）通过加密对客户端和服务器之间的通信进行保护，以防止数据在网络中被窃听和篡改。2：建立连接。
gdb编译教程（支持linux下X86和ARM架构）
最新发布
weixin_43246170的博客
11-12 124
5、我们先开始x86版本，这个比较简单，不需要配置交叉编译工具（当然前提是系统装了gcc和g++的环境啊）。将gdb文件拷贝到对应平台下，即可使用。（或者使用gdbserver远程调试）以上这些配置都是要跟在./configure后面的。3、解压，然后进入到目录下，打开当前目录的命令行窗口。2、下载完后拷贝到linux的x86系统。先清理下编译x86残留下的临时文件。6、限制我们来编译ARM版本。4、创建一个生成目录。我下载的8.2版本。
连接实验室服务器并创建虚拟环境，从本地上传文件到linux服务器，使用requirement.txt安装环境需要的依赖的方法及下载缓慢的解决方法(Linux)
aha_xigua的博客
11-12 273
现在你已经成功创建并激活了一个新的conda环境。如果返回了版本信息，说明conda已经安装。如果没有安装，你需要先安装conda。创建一个新的conda环境。在你的个人计算机上打开终端（命令行界面）。输入密码后，你将成功连接到实验室服务器。三、利用conda创建环境。
【企业级分布式系统】Linux-Rsync远程同步
Karoku的博客
11-07 898
工具相结合，可以实现触发式备份（实时同步），即只要原始位置的文档发生变化，则立即启动增量备份操作；这样，就避免了按固定周期备份时存在的延迟性、周期过密等问题。rsync使用所谓的“Rsync算法”来使本地和远程两个主机之间的文件达到同步。这个算法只传送两个文件的不同部分（通过差分编码实现），而不是每次都整份传送，因此速度相当快。通知接口，可以用来监控文件系统的各种变化情况，如文件存取、删除、移动、修改等。利用这一机制，可以非常方便地实现文件异动告警、增量备份，并针对目录或文件的变化及时作出响应。
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