linux使用gaussian提交命令,使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

最新推荐文章于 2024-07-09 21:30:00 发布

唐荣轩

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文章标签： linux使用gaussian提交命令

使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

文/Sobereva @北京科音

First release: 2014-Nov-5 Last update: 2020-Jan-28

这里提供几个平时Gaussian计算时常用的简单小脚本和命令，对于实际研究很有用处，也希望读者能举一反三。

1 依次执行多个指令

比如要依次执行g09 < 1.gjf > 1.out、g09 < 2.gjf > 2.out、g09 < 3.gjf > 3.out，可以只输入一条命令，每条命令间用分号隔开：

g09 < 1.gjf > 1.out;g09 < 2.gjf > 2.out;g09 < 3.gjf > 3.out

也可以写一个文本文件比如t.sh，里面写上

g09 < 1.gjf > 1.out

g09 < 2.gjf > 2.out

g09 < 3.gjf > 3.out

然后用chmod +x *给它加上可执行权限，再输入./t.sh运行即可(后同)。

如果不让指令依次执行，而是同时执行，把每行命令后面都加上&即可。

2 一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件

把以下内容存到比如runall.sh里，然后执行之即可。会把每个.gjf文件用g09执行，生成同文件名但后缀为.out的输出文件。脚本会提示正在运行哪个文件，运行完之后还会输出用时多少。

#!/bin/bash

icc=0

nfile=`ls ./*.gjf|wc -l`

for inf in *.gjf

((icc++))

echo Running ${inf} ... $$icc of $nfile$

time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}

echo ${inf} has finished

echo

done

PS：如果是windows环境，需要写DOS批处理脚本，实现方式见《从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件》(http://sobereva.com/6)。

3 一次性把当前目录下所有chk文件转换为fchk文件

把以下内容存到比如chk2fch.sh里，然后执行之即可。会依次调用formchk把当前目录下每个chk转换为同文件名的.fchk文件。

#!/bin/bash

for inf in *.chk

formchk ${inf}

done

4 一次性执行当前文件夹下所有子目录里的Gaussian输入文件

此脚本会依次进入当前目录下的每个下一级目录，并把其中的.gjf都依次执行，产生的.out文件的文件名和所在位置都和输入文件相同。把以下内容存到比如folder_runall.sh里，然后执行它之即可。

#!/bin/bashshopt -s nullglob

for i in `ls -F |grep /`

cd $i

for inf in *.gjf

echo Running ${inf} ...

time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}

echo ${inf} has finished

echo

done

cd ..

done

上面的脚本只能进入下一级的目录，而再下一级的目录(或者更深的目录)里的.gjf文件，以及当前目录下的.gjf文件都不会执行。如果想把这些.gjf也都执行，应当把以下内容存到比如allfolder_runall.sh里，然后执行它。为清楚起见，每次进入新的目录时屏幕上都会提示。

#!/bin/bashshopt -s nullglob

for i in `ls -R |grep :|tr : " "`

echo

cd $i

echo "****** Entered" $i folder;echo

for inf in *.gjf

echo Running ${inf} ...

time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}

echo ${inf} has finished;echo

done

cd - > /dev/null

done

5 字符替换

下面这个方法可以批量修改计算的级别和任务类型。

例如将当前目录下包括任意级子目录下的.gjf中的M062X替换为B3LYP，执行：sed -i "s/M062X/B3LYP/g" `grep M062X -rl *|grep .gjf`

如果要替换的字符有*、/这样的符号，需要前面加上\避免被sed转义。比如6-31G**需要写成6-31G\*\*，M062X/cc-pVTZ需要写成M062X\/cc-pVTZ。另外，如果有括号或空格出现，那么grep后面应该用双引号括住。

例如把MP2/6-311+G(2d,p)都替换成M062X/6-31G*：sed -i "s/MP2\/6-311+G(2d,p)/M062X\/6-31G\*/g" `grep "MP2/6-311+G(2d,p)" -rl *|grep .gjf`

例如把opt freq都替换成NMR关键词：sed -i "s/opt freq/NMR/g" `grep "opt freq" -rl *|grep .gjf`

如果只想替换当前目录下的.gjf，则把-rl改成-l即可。如果想处理所有文件而不仅限于.gjf，则把|grep .gjf部分删掉即可。

6 批量删除文件

用下面的命令可以删除当前目录和任意级子目录下的所有.out文件

find ./ -name "*.out"|xargs rm -f

7 显示几何优化收敛情况

这个很简单。比如C4H8.out是几何优化输出文件，执行

grep Converged C4H8.out -A4

就会把当前的优化收敛情况输出出来。

如果执行

grep Converged C4H8.out -c

就会输出匹配的次数，也就是相当于显示优化到了第几步了。

也可以执行grep -E "out of|Converged" C4H8.out -A4，这样步数和收敛情况都会输出。

8 做Counterpoise任务时只用一半的BSSE校正能

笔者在《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》(http://sobereva.com/46)专门谈过BSSE校正问题。在J. Chem. Theory Comput., 10, 49 (2014)文中，作者建议对于<= aug-cc-pVTZ档次基组的计算时如果用Counterpoise方式考虑BSSE，应当只用一半BSSE校正能。但是直接用Gaussian的Counterpoise关键词只会产生不考虑和考虑完整的BSSE校正能的情况。如果把以下脚本放到当前目录，而且当前目录里有一批使用了Counterpoise关键词的.log输出文件，程序就会计算出只使用了一半BSSE校正能的结果。

for filename in `ls -v *.log`

echo $filename":"

Edimer=`grep "Counterpoise corrected energy =" $filename | awk -F = '{print $2}'`

EBSSE=`grep "BSSE energy =" $filename | awk -F = '{print $2}'`

Esum=`grep "sum of fragments =" $filename | awk -F = '{print $2}'`

echo "($Edimer-$EBSSE*0.5-$Esum)*627.51" |bc | awk '{printf "%6.2f", $0}'

echo " kcal/mol"

done

结果显示在屏幕上，如下所示

1.log:

-3.03 kcal/mol

2.log: