分子动力学模拟软件_材料领域十大常用绘图软件

最新推荐文章于 2024-09-10 13:51:02 发布
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文章标签： 分子动力学模拟软件
本文推荐了材料科学领域的十款必备绘图和模拟软件，包括OriginPro、Materials Studio、Diamond等，涵盖了数据分析、分子动力学模拟、晶体结构可视化等多个方面，帮助科研工作者提升论文质量和研究效率。
摘要由CSDN通过智能技术生成
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作为材料领域的科研工作者，你是否常为如何表达自己的思想而苦恼？

作为学术论文创造者，你是否为论文中图文单一而叹气？

在这里，GO小妹推荐给你几款常用绘图软件，让你论文从此成为焦点！

1——OriginPro

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OringinPro的主要功能为数据分析和绘图。Origin的数据分析主要包括统计、信号处理、图像处理、峰值分析和曲线拟合等各种完善的数学分析功能。进行数据分析时，只需将原始数据粘贴进Origin表格，然后选择所要分析的数据建立公式，然后再选择相应的菜单命令即可。Origin的绘图一是基于模板的。Origin本身提供了几十种二维和三维绘图模板而且允许用户自己定制模板。用户可以在导入实验数据后，根据需要自定义数学函数、图形样式和绘图模板。

2——Materials studio

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weixin_39690105
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入门必备-经典的分子动力学软件LAMMPS简版手册
hdpai2018的博客
09-29 7039
文章来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/VcazPnWDNDIOorShWtKWbA 本部分大致介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷 1、什么是LAMMPS?；LAMMPS是一个经典的分子动力学软件；LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序 2、LAMMPS的功能；总体功能；可以串行和并行计算；分布式MPI策略；模拟空间的分解并行机制 一、简介 1、什么是LAMMPS LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。也可以采用
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19)
01-08
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19) AMBER是著名的老牌开源分子动力学模拟软件，最新版本是AMBER19（但是19版本的并行模拟模块还没公布，只有AmberTools19）如果需要并行计算可以下载编译18版本 由于AMBER国外网站下载非常不稳定，经常掉线，并且每次掉线以后又需要重头下载，非常折腾人，故分享此百度云盘链接给需要的同学们。
Phonopy分子动力学仿真软件的全面介绍与实践
最新发布
weixin_31176789的博客
09-10 971
本文还有配套的精品资源，点击获取 简介：Phonopy是一款开源软件，广泛应用于分子动力学仿真，特别是在材料科学领域。它通过计算固体的声子谱，帮助研究人员理解材料的热性能和稳定性。该软件的核心功能包括结构优化、声子谱计算、热容和热导率分析、相变研究、超晶格和异质结构模拟、非谐效应考虑以及并行计算支持。Phonopy还与主流的DFT代码兼容，方便用户进行后续处理。压缩包包含了...
分子建模与分子动力学模拟软件大全
genome3d的博客
07-23 2040
蛋白与小分子对接，收费，提供小分子设计工具，结合口袋查找，蛋白序列分析等功能。，使用机器学习算法计算和电子密度图进行原子定位，免费，即将发布。，分子动力学模拟软件，charmm-gui方便力场开发，免费。，分子建模，分子模拟，结构预测软件包，免费，有些功能收费。，第一性原理生物大分子模拟和建模，力场设置，免费。，正则模分析，python工具，免费。，刚性分子对接，免费，开源，C语言。，刚性分子对接，学术版免费。，分子建模，动力学模拟，免费。，分子动力学模拟软件，速度快。，大规模药物筛选软件，免费。
分子动力学模拟软件_基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装
weixin_39653311的博客
12-10 1033
Acellera软件包括HTMD、ACEMD、AceCloud、Parameterize、AceFlow和ACEMD3模块。ACEMD简介ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包，该软件对NVIDIA GPU作了专门的优化。在单工作站上，ACEMD已经达到现有分子动力学模拟引擎的效能上限，是已知最快的生物分子动力学模拟软件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Marti...
分子动力学软件lammps安装包，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作
01-20
分子动力学软件安装包，做分子动力学计算模拟用。大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到了。
计算分子动力学模拟轨迹contact-map概率，并绘制热图
weixin_43820683的博客
07-30 1880
统计由多个矩阵组成的文件值的概率 1.将矩阵文件处理成一个文件 b = open(‘55.txt’,‘w’) # 对文件进行写操作 sumdata = [] #建立列表 squ=[] with open(‘44.txt’,‘r’)as f: #文件读取操作 data=f.readlines() #逐行读取，且data是列表，列表的每一个元素是读取的每一行包括换行 sumdat...
使用Python代码实现一个简单的分子动力学模拟程序
mt811的博客
10-02 9445
1. 前言 理解分子动力学模拟最好的方法是编写一个分子动力学程序，换句话说，教会计算机去理解并做执行，自己才算理解会了。因此本文将从常用于描述分子间的非键相互作用中的Lennard-Jones potential讲起，最后将其应用到一个简单的分子动力程序中，来模拟二维空间下流体的分子动力学行为，为了更加直观的理解和展示这一过程，本文主要是Python代码实现相关的代码和程序，并使用jupyter notebook来进行编码展示和描述，会尽可能的解释出每一行代码的含义，让分子动力学模拟的初学者和爱好者能从0到
「DuIvyProcedures」分子动力学模拟分析软件
weixin_61281307的博客
03-02 1155
DuIvyProcedures，你的一站式自动化分子动力学模拟分析软件~
MMTK-2.7.9分子动力学模拟软件包
08-19
这一款开源的优秀分子动力学模拟软件包，从事分子动力学研究的软件开发童鞋可以在此基础上进一步开发，或者将其作为科研工具也可以，采用编程语言为python和C。
分子动力学软件Amber18说明书
11-19
国际分子动力学软件Amber18，说明书。集成了GPU加速模块
Gromacs软件 分子动力学操作流程
04-02
Gromacs软件 分子动力学操作流程，很实用。
基于MATLAB的分子动力学自编程序—300K下Ar的分子运动
Rockyoung
03-11 2183
基于MATLAB的分子动力学自编程序—300K下Ar的分子运动 这里我只取了4个点，Ar原子用L-J势函数描述。 基于MATLAB的分子动力学自编程序—300K下Ar的分子运动基于MATLAB的分子动力学自编程序—300K下Ar的分子运动前言 前言 ...
分子动力学模拟软件_QuantumATK：更强大、更灵活的材料动力学模拟
weixin_39963053的博客
12-11 4437
概述动力学模拟是一种重要的原子级模拟方法，通过求解原子运动的经典力学牛顿方程对相空间进行采样，不仅可以研究体系在相空间的演化过程，还可以通过产生的系列结构（系综）通过统计方法得到体系在非零温度下的各种性质。 动力学过程中的原子间相互作用力则可以通过多种方法求得，可以是密度泛函理论，也可以是经验力场。使用QuantumATK进行材料动力学模拟可以用多种能量-力计算方法密度泛函理论（DFT-LCAO ...
gromacs ngmx_非常好的关于分子动力学各种软件使用的详细总结.doc
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01-12 471
非常好的关于分子动力学各种软件使用的详细总结.docSensenbobo BloggingSensenbobo bloggingJune 20, 2008关于两个非平衡分子动力学模拟的命名分析蛋白质，核酸等生物分子结构机械特性时，常常可以在模拟中对这些分子添加外来拉力，以模拟原子力学显微镜(AFM)的做法。现在这中模拟方法的使用越来越多，叫法也比较混乱。原则性上，可以分为常速拉伸分子动力学模拟(c...
分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(三)：全柔性受体-配体对接技术...
weixin_39790877的博客
11-09 1734
Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。本章节中，利刃君将使用Discovery S...
分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(九)：具有活性预测能力3D-QSAR药效团模型评估...
weixin_39590566的博客
12-05 1217
Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。在前面的文章中，利刃君为大家带来了使用Dis...
MindSponge分子动力学模拟——自建力场（2024.03）
Dechin的博客
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技术背景 在MindSponge教程合集中我们已经介绍了很多使用MindSponge进行分子动力学模拟的方法，这里主要介绍在MindSponge中自定义一个力场。在传统的MD软件中，如果你希望去开发一个自己的力场，或者是添加一些分子动力学模拟方法如增强采样等，会面临不少编程上的困难。而这些困难对于使用Python来编程的MindSponge来说，就天然的降低了门槛。以力场为例子，我们可以在Ene...
matlab 分子动力学例子
10-24
MATLAB可以用于分子动力学模拟的例子有很多，下面我举一个简单的例子来说明。 分子动力学模拟是一种模拟分子运动的方法，通过求解牛顿运动定律，可以揭示分子在不同条件下的行为和特性。其中一个常见的应用是研究液体中分子的扩散行为。 以液体中的某种分子为例，我们可以利用分子动力学模拟来模拟其在液体中的运动轨迹。首先，我们需要确定分子的初始位置和速度，并设定相关的力场参数。然后，通过迭代求解牛顿运动定律的微分方程，可以得到分子在不同时间点的位置和速度。在模拟过程中，还可以考虑温度、压力等外部条件的影响。 在MATLAB中，可以利用编程语言的强大功能进行分子动力学模拟。首先，我们可以利用MATLAB中的随机数函数生成分子的初始位置和速度。然后，通过编写相应的微分方程求解算法，可以在每个时间步长内更新分子的位置和速度。最后，可以通过绘图函数将分子在不同时间点的轨迹可视化。 除了模拟分子位置和速度的变化，我们还可以利用MATLAB进行更深入的分析和研究。例如，可以计算分子间的相互作用能，研究分子之间的相互作用对分子行为的影响。同时，还可以分析分子的运动状态，如速度分布、扩散系数等，以揭示分子动力学过程中的规律和特性。 总之，MATLAB可以作为一个强大的工具，用于分子动力学模拟和相关分析研究。通过利用其丰富的函数库和编程能力，可以更加深入地理解和研究分子在不同环境下的行为和特性。
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