分子建模与分子动力学模拟软件大全

最新推荐文章于 2024-10-22 18:00:00 发布
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文章标签： python 开源软件 数学建模
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本文链接：https://blog.csdn.net/genome3d/article/details/131858137
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本文列举了一系列用于分子对接、建模和模拟的软件工具，包括3D-DOCKSuite的学术版、3decision的专业服务、Abalone的免费模拟和建模，以及AMBER、GROMACS等免费的分子动力学模拟软件。此外，还有DeepTracer的原子定位功能和YASARA的部分免费服务。这些工具覆盖了从药物筛选到结构预测的各种应用。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

3D-DOCK Suite ，刚性分子对接，学术版免费

3decision®，蛋白与小分子对接，收费，提供小分子设计工具，结合口袋查找，蛋白序列分析等功能

Abalone，第一性原理生物大分子模拟和建模，力场设置，免费

AMBER，分子建模，动力学模拟，免费

ANM，正则模分析，python工具，免费

AutoDock，大规模药物筛选软件，免费

CHARMM，分子动力学模拟软件，charmm-gui方便力场开发，免费

DeepTracer，使用机器学习算法计算和电子密度图进行原子定位，免费，即将发布

FTDOCK，刚性分子对接，免费，开源，C语言

GNM，高斯正正则模分析，在线网站

GROMACS，分子动力学模拟软件，速度快

GROMOS，高效的生物大分子模拟的力场

ICM，大规模药物筛选软件，收费

MODELLER，同源建模软件，学术版免费

NAMD，并行化的分子动力学模拟软件

PACKMAN: PACKing and Motion ANalysis，蛋白结构域分割软件，免费

YASARA，分子建模，分子模拟，结构预测软件包，免费，有些功能收费

来源：Modeling and Simulation Software

分子动力学仿真软件：NAMD_（8）.NAMD的运行模式与并行计算
kkchenjj的博客
03-20 627
NAMD（Not just Another MD program）是一款高性能的分子动力学仿真软件，专门用于大规模生物分子系统的模拟。NAMD 支持多种运行模式，包括单节点、多节点、多线程和混合模式，以适应不同的计算资源和需求。选择合适的运行模式可以显著提高模拟效率和性能。
分子动力学仿真软件：GROMACS_（10）.模拟结果分析与可视化
最新发布
kkchenjj的博客
03-10 1097
MDAnalysis 提供了灵活的接口，可以方便地进行自定义分析。例如，我们可以自定义 RMSD 计算，以适应特定的需求。
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19)
01-08
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19) AMBER是著名的老牌开源分子动力学模拟软件，最新版本是AMBER19（但是19版本的并行模拟模块还没公布，只有AmberTools19）如果需要并行计算可以下载编译18版本 由于AMBER国外网站下载非常不稳定，经常掉线，并且每次掉线以后又需要重头下载，非常折腾人，故分享此百度云盘链接给需要的同学们。
如何学分子模拟的软件
爱思慕理（iSimuLy）
10-02 3664
当今分子模拟已经成为很多领域学术研究的主流方法。多年前，因为计算量的原因，很多情况下，MC方法是首选，特别是只关心平衡体系，关心相边界行为的时候。随着计算资源的增加、计算成本的降低、一些研究对象的平衡态的体系已经几乎被做烂了，科研工作者慢慢关心动力学行为，非平衡特征，致力于发现新的现象，新的物理规律（总要有事做，有饭吃吧），于是MD越来越普及，用的人也越来越多。 除了极端的方法学工作者，一般情况下...
分子动力学模拟软件_材料领域十大常用绘图软件
weixin_39690105的博客
12-10 3527
作为材料领域的科研工作者，你是否常为如何表达自己的思想而苦恼？作为学术论文创造者，你是否为论文中图文单一而叹气？在这里，GO小妹推荐给你几款常用绘图软件，让你论文从此成为焦点！1——OriginProOringinPro的主要功能为数据分析和绘图。Origin的数据分析主要包括统计、信号处理、图像处理、峰值分析和曲线拟合等各种完善的数学分析功能。进行数据分析时，只需将原始数据粘贴进Origin表格...
Phonopy分子动力学仿真软件的全面介绍与实践
weixin_31176789的博客
09-10 1719
本文还有配套的精品资源，点击获取 简介：Phonopy是一款开源软件，广泛应用于分子动力学仿真，特别是在材料科学领域。它通过计算固体的声子谱，帮助研究人员理解材料的热性能和稳定性。该软件的核心功能包括结构优化、声子谱计算、热容和热导率分析、相变研究、超晶格和异质结构模拟、非谐效应考虑以及并行计算支持。Phonopy还与主流的DFT代码兼容，方便用户进行后续处理。压缩包包含了...
入门必备-经典的分子动力学软件LAMMPS简版手册
hdpai2018的博客
09-29 9712
文章来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/VcazPnWDNDIOorShWtKWbA 本部分大致介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷 1、什么是LAMMPS?；LAMMPS是一个经典的分子动力学软件；LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序 2、LAMMPS的功能；总体功能；可以串行和并行计算；分布式MPI策略；模拟空间的分解并行机制 一、简介 1、什么是LAMMPS LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。也可以采用
分子动力学仿真软件：NAMD二次开发_分子动力学模拟理论基础
kkchenjj的博客
10-22 1494
分子动力学模拟是研究分子系统动态行为的重要工具。通过理解经典的MD原理、势能函数、时间积分方法、周期性边界条件、温度和压力控制方法以及系综采样，可以更好地设计和分析分子动力学模拟实验。NAMD作为一款功能强大的软件，提供了丰富的功能和模块，支持大规模生物分子系统的模拟。掌握这些基本理论和方法，将为后续的NAMD二次开发和高级应用打下坚实的基础。
分子动力学模拟软件_基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装
weixin_39653311的博客
12-10 1560
Acellera软件包括HTMD、ACEMD、AceCloud、Parameterize、AceFlow和ACEMD3模块。ACEMD简介ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包，该软件对NVIDIA GPU作了专门的优化。在单工作站上，ACEMD已经达到现有分子动力学模拟引擎的效能上限，是已知最快的生物分子动力学模拟软件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Marti...
MS分子动力学模拟具体实施步骤
01-26
Material Studio是Accelrys公司开发的一款集成了多种计算化学和材料模拟工具的软件平台，其中的Discover模块就是用于执行分子动力学模拟的一个关键工具。MS分子动力学模拟的具体实施步骤涉及到多个方面的知识，下面...
BCC.rar_python分子动力_分子动力学_分子动力学 MS_合金建模
09-20
总之，`BCC.py`文件涉及了Python编程、分子动力学模拟、合金结构的构建以及可能的MS软件接口。通过这样的模拟，我们可以深入理解合金的微观结构和动态行为，为新材料的设计和性能预测提供理论指导。
MMTK-2.7.9分子动力学模拟软件包
08-19
这一款开源的优秀分子动力学模拟软件包，从事分子动力学研究的软件开发童鞋可以在此基础上进一步开发，或者将其作为科研工具也可以，采用编程语言为python和C。
分子动力学软件lammps安装包，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作
01-20
分子动力学软件安装包，做分子动力学计算模拟用。大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到了。
Gromacs软件 分子动力学操作流程
04-02
Gromacs软件 分子动力学操作流程，很实用。
分子动力学模拟及其LAMMPS实现-讲义.pdf
05-21
本资源是一个关于分子动力学模拟及其LAMMPS实现的讲义，涵盖了分子动力学基础、Linux系统常见命令和操作、LAMMPS介绍和并行版安装、LAMMPS模拟基本流程、建模和后处理软件概述、出错解决思路、纳米流动、纳米流体和...
Materials_Studio_培训教程_materialsstudio_MS软件应用手册_分子动力学_
10-02
6. **模拟过程**：执行分子动力学模拟后，软件将记录原子在每一时间步的位置、速度和能量，形成轨迹文件。 7. **结果分析**：Materials Studio提供丰富的后处理工具，如轨迹可视化、热力学分析、结构分析（如径向...
分子模拟软件amber_薛定谔 autodock 分子动力学模拟GROMACS软件
weixin_39670441的博客
12-14 2096
生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理1.2 分子对接研究生物分子相互作用1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍1.1 PDB蛋白数据库功能1.2 PDB蛋白数据可获取资源1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性2.PDB 数据库的使用2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载2.2 靶点蛋白结构序列下载2.3 靶点...
(入门）分子动力学——需要安装的软件
m0_59388006的博客
08-29 599
在此软件中下载linux系统的虚拟机——Ubuntu（在网上看目前CentOs好像已经停止管理了，而且Ubuntu系统的界面我更喜欢，可自行选择）一种生成小分子的拓朴文件，gromacs适用于蛋白质等大分子生成拓朴文件等，因此可选择sobtop来下载，下面的网站有对此软件的详细介绍。此软件没有图形化界面，以输入命令代码形式工作，可通过编写的inp文件和不同原子的pdb文件，来建立模型。（以上软件的下载均可以在网上找到教程，目前我的能力只能简单记录记录，如果有问题可以一起沟通）
分子动力学模拟(MD)
AI工程化、开源分享、文档翻译、代码笔记
06-26 4667
一、分子动力学模拟(MD) MD模拟的统计力学基础 分子内和分子间相互作用 分子间相互作用模型 MD模拟的积分算法 二、分子力场类型 GAFF AMBER CVFF OPLS MMFF UFF Dreiding PCFF CFF CFF91 CFF93 ClayFF GROMOS-53A5 and 53A6 CHARMM CGenFF 三、分子动力学模拟软件 LAMMPS GROMACS AMBER Moltemplate OpenMM Tinker CHARMM
LAMMPS分子动力学模拟：真空层构建与软件解析
本文将深入探讨分子动力学模拟软件LAMMPS以及其在过程建模中的应用，特别是如何实现真空层。LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款广泛使用的开源分子动力学软件，适用于各种...
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