python常用功能_python常用功能汇总

用多了python，基础常用的技能也不多，这里汇总下。

1. 数据类型转换

1.1. int string

//convert int to string : s = str(int_value)

//convert string to int : int = int(str_value)

1.2. string list

//convert string to list : l = list(str)

str0 = "asdf"

list0 = list(str0)

print list0 #['a','s','d','f']

str1 = "www.google.com"

list1 = str1.split(".")

print list1 #['www','google','com']

str2 = "i am yanan"

list2 = str2.split(" ")

print list2 #['i','am','yanan']

//convert list to string : s = "".join(list) 或 s = ".".join(list)

list0 = ['a','b','c']

str0 = "".join(list0)

print str0 #abcd

str1 = ".".join(list0)

print str1 #a.b.c.d

1.3. list dictionary

2. 集合：交集、并集、差补、对称差分

相比有序的列表，集合对象是无序的，已经是Python的基本数据类型，被创建的唯一方法是其工厂方法set()和frozenset()，分别对应可变集合set(可以添加或删除元素)和不可变集合frozenset。

list0 = [0,1,3,5,9]

list1 = [1,3,5]

list2 = [3,5,7]

0.list set 列表和集合的互转

//convert list to set : set(list)

>>>s = set(list0)

>>>s

set([0,1,3,5,9])

//convert set to list : list(set)

>>>list(s)

[0,1,3,5,9]

1.操作符和内建方法实现交集、并集、差补、对称差分

1.1. 交集

>>>set(list1) & set(list2)

set([3,5])

>>>list(set(list1) & set(list2))

[3,5]

>>>list(set(list1).intersection(set(list2)))

[3,5]

1.2. 并集

>>>set(list1) | set(list2)

set([1,3,5,7])

>>>list(set(list1) | set(list2))

[1,3,5,7]

>>>list(set(list1).union(set(list2)))

[1,3,5,7]

1.3. 差补或相对补集(s-t指结果中元素只属于s不属于t)

list1 = [1,3,5]

list2 = [3,5,7]

list1相对于list2差1，list2相对于list1差7

>>>set(list1) - set(list2)

set([1])

>>>list(set(list1) - set(list2))

[1]

>>>list(set(list1).difference(set(list2)))

[1]

1.4. 对称差分

>>>set(list1) ^ set(list2)

set([1,7])

>>>list(set(list1) ^ set(list2))

[1,7]

>>>list(set(list1).symmetric_difference(set(list2)))

[1,7]

四种集合类型的区别.png

3. 特殊容器类型的模块：collections

collections模块自Python 2.4版本开始被引入，包含了dict、set、list、tuple以外的一些特殊的容器类型，分别是：

OrderedDict类：排序字典，是字典的子类。引入自2.7。

namedtuple()函数：命名元组，是一个工厂函数。引入自2.6。

Counter类(***)：为hashable对象计数，是字典的子类。引入自2.7。

deque：双向队列。引入自2.4。

defaultdict：使用工厂函数创建字典，使不用考虑缺失的字典键。引入自2.5。

//计数器Counter

from collections import Counter

>>>li = ['aa','aa','aa','bb','bb','cc']

>>>c = Counter(li)

>>>c

Counter({'aa':3,'bb':2,'cc':1})

>>>c_top_list = c.most_common(2)

>>>c_top_list

[('aa',3),('bb',2)]

>>>c_top_dict = dict(c_top_list)

>>>c_top_dict

{'aa':3,'bb':2}

>>>c_top_sorted_list = sorted(c_top_dict.items(),key=lambda item:item[1],reverse=True)

>>>c_top_sorted_list

[('aa',3),('bb',2)]

4. 文件或目录模块：os

import os

//列出文件夹中所有文件

files_list = []

if os.path.exists(dir_path):

files = os.listdir(dir_path)

files.sort()

for i in range(len(files)):

file_path = os.path.join(dir_path,files[i])

files_list.append(file_path)

print files_list #absolute path of all files in dir_path

//创建文件夹

if not os.path.exists(dir_path):

os.system('mkdir %s'%dir_path)

//取存在的非空的文件

if os.path.exists(file_path):

if os.path.getsize(file_path):#返回文件大小，如果文件不存在就返回错误

print 'file exists and is not empty.'

//区别文件几个路径

os.path.abspath(path) #返回绝对路径

os.path.dirname(path) #返回文件路径

os.path.basename(path) #返回文件名

//删除某种类型的文件-扩展名区别-

os.path.splitext(path) #分割路径，返回文件路径名和文件扩展名的元组

if os.path.splitext(file_path)[1] == '.txt' :

os.remove(file_path)

shutil：高级的文件操作模块-复制、删除等，对os的补充

import shutil

shutil.rmtree(dir_path) 递归删除一个目录以及目录内的所有内容

5. 获取命令行参数

#-*- coding:utf-8 -*-

import os

import time

import sys

'''some function description of current script'''

def method1():

code...

def main():

##some global paras

time_start = time.time()

if len(sys.argv) < 2:

print 'no pe or se, no viruses or bacterias specified.'

sys.exit()

if sys.argv[1].startswith('-'):

option = sys.argv[1][1:]

if option == 'version':

print 'Version 1.0.0\n----------------'

if option == 'help':

print 'this is NGS analisis pipelines.\nMainly,for se or pe sequencing,viruses or bacterias identification.\n----------------'

if sys.argv[1] != '-se' and sys.argv[1]!= '-pe' and len(sys.argv) == 2:

print 'And,you need to resign the para as \'-pe\'or\'-se\'.'

sys.exit()

if sys.argv[1] == '-se' or sys.argv[1]== '-pe':

if len(sys.argv) == 2:

print 'you need to supply the para(\'-viruses\'or\'-bacterias\').'

sys.exit()

if sys.argv[2] != '-viruses' and sys.argv[2]!= '-bacterias' and len(sys.argv) == 3:

print 'you need to resign the para as \'-viruses\'or\'-bacterias\'.'

sys.exit()

else:

if sys.argv[1].startswith('-') and sys.argv[2].startswith('-'):

option_method = sys.argv[1][1:]

option_database = sys.argv[2][1:]

if option_method == 'pe':

print 'this is for pair end input fastq datas.'

if option_database == 'viruses':

pipeliner_pe(base_path,option_database)

if option_method == 'se':

print 'this is for single end input fastq datas.'

if option_database == 'viruses':

pipeliner_se(base_path,option_database)

time_end = time.time()

total_time = time_end - time_start

print 'total_time:%s'%(total_time)

if __name__ == '__main__':

main()

6. 生物信息中，求read的反向互补序列

seq = 'ATGCATGC'

"".join(list(reversed(seq)))

seq[::-1]

MORE is comming：

读写excel模块：xlrd/xlwt/pandas

画图模块：matplotlib

访问MySQL数据库

END