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FT-ICR MS进阶之路
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内容:DataAnalysis操作,Origin作图
练习时间:20分钟
Billboard:
高分辨质谱数据处理是一项复杂的工作,本文进介绍基本的软件操作。
欢迎各位投稿,介绍自己的工作,分享经验,共同促进课题组进步。
DataAnalysis 软件
1. 打开文件
打开文件夹,选定数据文件(.baf后缀)
2. 设置数值显示精度
在MassSpectra 窗口右键单击,再左键单击Display parameters,在弹出窗口的
massprecision中输入5。
3. 谱图缩放
按下shift键,同时鼠标左键框选区域。
在MassSpectrum 窗口右键单击-Auto-Scaling恢复原始窗口。
4. 生成分子式
在菜单栏依次选择Tools-GenerateMolecular Formula,在弹出窗口Min和Max后
设定元素种类及原子个数,
5. 内校准数据
以天然水体有机物中常见的含氧化合物为标准,校正质荷比m/z。
原理请参考:Sleighter, R.L., et al., Limnology andOceanography-Methods,
2008. 6: p. 246-253.
注:选取至少4个质量点校准,受图片大小限制未完全显示全过程。
校准表为依据IUPAC相对原子质量计算出的离子精确质量,包含分子式(准分子离子)、理论精确质量、电荷数,为后缀为.ref的文件,可用windows记事本打开编辑。
6. 导出数据
更改数据列,显示m/z、I、S/N列全选所有数据,复制到剪贴板后,可将数据粘贴
为“.txt”或 “.xlsx”格式。
Molecular Formula Assignment
7. 分子式匹配
分子式匹配软件存在不同版本,本文暂不涉及。
8. 常用的饱和度表示参数
参考文献:
Melendez-Perez JJ, et al. A reformulatedaromaticity index equation under consideration for non-aromatic andnon-condensed aromatic cyclic carbonyl compounds. Organic Geochemistry. 2016;95:29-33.
Seidel M, et al. Biogeochemistry ofdissolved organic matter in an anoxic intertidal creek bank. Geochimica Et Cosmochimica Acta. 2014;140:418-434.
Visualization
9. DBE_C气泡图
(1). 从EXCEL表格中筛选出某一类型(CLASS)化合物,将C、DBE、INTENSITY列复制到Origin作图软件中。
(2). 在Origin作图软件中选择C、DBE、INTENSITY列,点击气泡图,再自定义格式,图例等。
10. Van Kreveklen Diagram
(1). 负离子模式电离产生准分子离子峰 [M-H]+, 因此计算H/C时需将氢原子数+1,氧原子数无需修改。建议按杂原子类型筛选出同类杂原子化合物作图,如只含CHO原子的化合物。(受图片格式限制,下图仅演示H/C计算过程)
(2).在Origin作图软件中选择H/C、O/C、INTENSITY列,点击颜色映射图,再自定义格式,图例等。
11. 化合物类型、DBE堆叠柱状图
(1). 以CLASS、DBE分别为行、列字段
(2). 以INTENSITY为值(注意字段设置为求和,而不是计数), 创建数据透视表,并根据数据透视表作堆叠柱状图,拖动ClASS类型(注意动图中光标形状)排序,以便分析数据规律。
...END...
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