代谢组数据分析二:数据预处理

本文详细介绍了代谢组数据分析的预处理流程,包括数据检查、缺失值处理、数据过滤、数据标准化等步骤。在数据预处理中,作者强调了数据的准确性和可靠性,提供了数据的初步处理和缺失值补充方法,如k近邻插补,并讨论了数据过滤和标准化的策略。通过预处理,数据被转化为适合后续统计分析的形式。
摘要由CSDN通过智能技术生成

代谢组数据分析一:数据预处理

在这里插入图片描述

在Zeybel等人于2022年发表的文章《Multiomics Analysis Reveals the Impact of Microbiota on Host Metabolism in Hepatic Steatosis》中,所涉及的粪便代谢组学质谱数据主要包含了通过质谱技术获得的代谢组数据,这些数据通常以质谱峰度谱(mass spectrometry peak intensity profiles)的形式呈现,并使用峰强(intensity)作为主要的量化指标。然而,这些原始的峰强(Raw intensity)数据在进行假设检验或线性回归等统计方法之前,通常需要经过一系列的数据预处理步骤,以确保数据的准确性、可靠性和可解释性。

该数据集拥有的数据情况:

55份粪便代谢组,1032个代谢物

您可以通过提供的链接下载数据,下载完成后,请解压缩文件以获取所需的数据集。请确保在后续的数据处理过程中正确配置文件路径,以便顺利访问和使用这些数据。

百度网盘链接: https://pan.baidu.com/s/16aqVYAnjQAqHEV_Ofv-wGQ

提取码: nj4a

处理流程

  1. 数据处理流程
    在进行数据分析之前,一个完整的数据处理流程至关重要,以

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LC-MS代谢组学是一种广泛应用的技术,用于检测生物体内代谢物的种类和数量,可发现新型生物标记物,并可解释其对健康和疾病的影响。代谢组学的研究过程包括实验样品的制备、实验条件的标准化、LC-MS数据的获取与预处理数据挖掘与信号处理以及生物信息学数据分析等阶段,其中原始数据分析代谢组学数据分析的关键环节。 原始数据分析的主要目的在于削弱仪器噪声和非特异性信号等影响,提高代谢物信噪比和识别率。常用的方法包括峰检测、去噪、对齐、配准、数据标准化等。其中峰检测是最常用的方法之一,其可用于检测谱峰的出现时间、峰形和峰面积等特征。由此可以构建一个代谢物丰度表,记录每个代谢物在不同样品中的出现情况。 在原始数据分析过程中,通常还需要进行质谱峰的注释和结构鉴定。这可以通过库搜索、化合物结构分析和碎片分析的方法来实现。注释与鉴定可以提供谱峰的化合物名称、分子式、碳骨架等信息,为后续的生物信息学分析奠定基础。 除了以上的数据处理,原始数据分析还包括数据可视化和统计分析等重要技术。通过数据可视化,研究者可以宏观了解样品间代谢物水平的差异,发现可能有意义的生物标志物。而统计分析则可以量化这些差异,寻找显著变化的代谢物,并在代谢通路分析与生物标志物验证中使用。 总体来说,原始数据分析是LC-MS代谢组学研究过程中必不可少的环节,它为后续的数据挖掘和生物信息学分析提供了坚实的基础。
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