pheatmap是一个绘制热图的常用R包。小编也经常用该R包来绘制聚类热图。不过,今天小编不是来教大家怎么画热图的(画图教程点这里),请接着往下看(先卖个关子)。
在生信分析中,我们常常需要画热图来评估几个数据集之间相关的程度(样本间相关系数)。今天我们就来看一个绘制相关性的例子。
library(pheatmap)
library(Hmisc)
fpkm_data corcolor=colorRampPalette(c("orchid1","white","cyan"))(100)
pheatmap(cor$r,display_numbers=T, color=color, fontsize, number=fontsize)
####绘制相关性图如下,是不是很不好看?样本名乱成一堆,相关性系数的数值也看不清楚,重点是更看不出来那些样本聚类到了一起...
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