blastn 输出结果每列啥意思_blast及其格式输出简介

1)blast产生背景

双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch(NW)和Smith-Waterman algorithm(SW)算法，虽然精度高，但计算消耗大。当与数据库比对的时候，该算法就显得不切实际。因此TASTA，blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度来减少运行时间。与FASTA软件相比，blast通过把搜索限制在狭隘的矩阵对角线条带上，来改进FASTA进行数据库搜索的速度。

2)blast的大致原理

blast 程序首先查询query序列的所有子序列，储存在哈希表中。收索数据库中所有与子序列精确匹配的序列，作为种子，向两个方向继续延伸每个精确匹配。期间不允许有空位和错配的情况。然后在限制性区域内；连接延伸的匹配序列，期间允许空位和错配，比对分值要大于设定的阈值。阈值越大，需要匹配的计算越小，软件计算速度越快。仅仅对对延伸匹配进行连接的区域(限制性区域)，而不是整个矩阵，是blast 相对于其他算法速度提高的关键，是以牺牲对角线带以外的任何匹配信息为代价，因此并不能确保query序列与数据库比对结果是最优的比对结果。

3)blast的格式解读

因为blast可以进行本地化，网上教程很多，这里不再详细介绍。根据不同的参数可以输出多种比对格式，例如HTML, plain text, XML等。因为输出的格式多样，我们以常用的M8格式进行简单的介绍。

这12列对应