1)blast产生背景
双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch(NW)和Smith-Waterman algorithm(SW)算法,虽然精度高,但计算消耗大。当与数据库比对的时候,该算法就显得不切实际。因此TASTA,blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度来减少运行时间。与FASTA软件相比,blast通过把搜索限制在狭隘的矩阵对角线条带上,来改进FASTA进行数据库搜索的速度。
2)blast的大致原理
blast 程序首先查询query序列的所有子序列,储存在哈希表中。收索数据库中所有与子序列精确匹配的序列,作为种子,向两个方向继续延伸每个精确匹配。期间不允许有空位和错配的情况。然后在限制性区域内;连接延伸的匹配序列,期间允许空位和错配,比对分值要大于设定的阈值。阈值越大,需要匹配的计算越小,软件计算速度越快。仅仅对对延伸匹配进行连接的区域(限制性区域),而不是整个矩阵,是blast 相对于其他算法速度提高的关键,是以牺牲对角线带以外的任何匹配信息为代价,因此并不能确保query序列与数据库比对结果是最优的比对结果。
3)blast的格式解读
因为blast可以进行本地化,网上教程很多,这里不再详细介绍。根据不同的参数可以输出多种比对格式,例如HTML, plain text, XML等。因为输出的格式多样,我们以常用的M8格式进行简单的介绍。
这12列对应