2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下）

• BLAST算法使用局部比对搜索的策略
  • BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸
    • BLASTP算法可以描述为以下3个阶段
      • 蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对
        • BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时间和灵敏度。
      • 算法在整个数据库中扫描打到某个阈值分数T的字段对。若扫描出结果，则使用有空位和无空位比对方法延伸匹配区段。BLAST延伸字段对来寻找分数超过阈值S的结果，并输出给用户。分数则通过打分矩阵并考虑空位罚分计算出来
        • 达到阈值T的片段对构成的列表编译完后，BLAST算法将对整个数据库进行扫描来找到匹配。目前BLAST版本（以书第三版为准），算法寻找两个间隔在一定距离为A之内的字段，然后生这两个匹配的一个无空位的延伸。
      • 回溯的结果会展示出插入或者缺失位点，以及不匹配的区段
        • 在BLASTP搜索中，可以修改f参数，调整默认值（11）来比较不同阈值水平下的影响
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          • 结论：更低的阈值参数导致更精确而更慢的搜索
          • 灵敏度和速度之间的权衡就是BL