- BLAST算法使用局部比对搜索的策略
- BLAST算法组成部分:列表、扫描、延伸
- BLASTP算法可以描述为以下3个阶段
- 蛋白质搜索中,BLAST编译一个初步的两两比对序列,称为字段对
- BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3(BLASTN为11),则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时间和灵敏度。
- 算法在整个数据库中扫描打到某个阈值分数T的字段对。若扫描出结果,则使用有空位和无空位比对方法延伸匹配区段。BLAST延伸字段对来寻找分数超过阈值S的结果,并输出给用户。分数则通过打分矩阵并考虑空位罚分计算出来
- 达到阈值T的片段对构成的列表编译完后,BLAST算法将对整个数据库进行扫描来找到匹配。目前BLAST版本(以书第三版为准),算法寻找两个间隔在一定距离为A之内的字段,然后生这两个匹配的一个无空位的延伸。
- 回溯的结果会展示出插入或者缺失位点,以及不匹配的区段
- 在BLASTP搜索中,可以修改f参数,调整默认值(11)来比较不同阈值水平下的影响
- 结论:更低的阈值参数导致更精确而更慢的搜索
- 灵敏度和速度之间的权衡就是BL
- 在BLASTP搜索中,可以修改f参数,调整默认值(11)来比较不同阈值水平下的影响
- 蛋白质搜索中,BLAST编译一个初步的两两比对序列,称为字段对
- BLASTP算法可以描述为以下3个阶段
- BLAST算法组成部分:列表、扫描、延伸
2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学(第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下)
最新推荐文章于 2024-06-04 09:28:54 发布