python 降维lda算法的使用_【Python】降维算法PCA和LDA的实现及总结

以Iris数据集为例，分别实现PCA和LDA降维

算法原理

主成分分析(Principal Component Analysis，PCA)是一种常用的线性降维数据分析方法，其实质是在能尽可能好的代表原特征的情况下，将原特征进行线性变换、映射至低纬度空间中。

算法实现

首先将数据做中心化处理1

2meanVal = np.mean(X, axis=0)

W = X - meanVal

这里说一下，中心化就是使得样本矩阵的中心回归到坐标系的原点，看下图应该比较好理解。也可以点这里更详细。

计算中心化后数据的协方差矩阵1covMat = np.cov(W, rowvar=0)

计算协方差矩阵的特征值和特征向量1eigVals, eigVects = np.linalg.eig(np.mat(covMat))

找出特征值最大的k个特征所对应的特征向量，并组成向量T1

2

3E = np.argsort(eigVals)

k_E = E[:-(k + 1):-1]

T = eigVects[:, k_E]

Y=W*T即为降维到k维后的数据1Y = W * T

结果

PCA算法1

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15def (X,k):

meanVal = np.mean(X, axis=0)

W = X - meanVal

covMat = np.cov(W, rowvar=0)

eigVals, eigVects = np.linalg.eig(np.mat(covMat))

E = np.argsort(eigVals)

k_E = E[:-(k + 1):-1]

T = eigVects[:, k_E]

Y = W * T

return Y

带入Iris数据集1

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3data = load_iris()

y = data.target

X = data.data

带入数据，输出结果1

2reduced_X = np.array(MyPca(X, 2))

show2(reduced_X)

LDA

算法原理

线性判别分析(linear discriminant analysis，LDA)是是一种监督学习的降维技术，投影后希望类内方差最小，类间方差最大，即每一种类别数据的投影点尽可能的接近，而不同类别的数据的类别中心之间的距离尽可能的大。

算法实现

首先将数据根据标签分类1

2yi = set(y)

xi = np.array([X[np.where(y == i)] for i in yi])

计算所有样本均值$mu=frac{1}{m}sumlimits_{i=1}^m$和各类样本均值$mu_i=frac{1}{n_i}sumlimits_{xin x_i}x$

其中$m$表示总样本数，$n_i$表示第i类的样本数。1

2u = np.array([np.mean(X, axis=0)])

ui = np.array([np.mean(xi[i], axis=0) for i in range(xi.shape[0])])

计算类内散度矩阵$S_w=sumlimits_{i=1}^csumlimits_{xin x_i}(x-mu_i)(x-mu_i)^T$

及类间散度矩阵$S_b=sumlimits_{i=1}^cn_i(mu_i-mu)(mu_i-mu)^T$

其中$c$表示类别数。1

2Sw = sum(np.dot((xi[i] - ui[i]).T, (xi[i] - ui[i])) for i in range(len(yi)))

Sb = sum(len(xi[i]) * (ui[i].reshape(1, 4) - u).T * (ui[i].reshape(1, 4) - u) for i in range(len(yi)))

计算$S_w^{-1}S_b$(由于$S_b$的秩最大为$c-1$，所以LDA最大只能降到$c-1$的维度)1

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5S=np.linalg.inv(Sw).dot(Sb)

r=np.linalg.matrix_rank(S)

if(k>r):

print("k_max=",r)

k=r

找出特征值最大的k个特征所对应的特征向量，并组成向量$W$，$Y=W*X$即为降维到k维后的数据1

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5eigVals, eigVects = np.linalg.eig(S)

E = np.argsort(eigVals)

k_E = E[:-(k + 1):-1]

W = eigVects[:, k_E]

Y=np.dot(X, W)

结果

LDA算法1

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25def MyLDA(X,y,k):

yi = set(y)

xi = np.array([X[np.where(y == i)] for i in yi])

u = np.array([np.mean(X, axis=0)])

ui = np.array([np.mean(xi[i], axis=0) for i in range(xi.shape[0])])

Sw = sum(np.dot((xi[i] - ui[i]).T, (xi[i] - ui[i]))

for i in range(len(yi)))

Sb = sum(len(xi[i]) * (ui[i].reshape(1, 4) - u).T * (ui[i].reshape(1, 4) - u)

for i in range(len(yi)))

S=np.linalg.inv(Sw).dot(Sb)

r=np.linalg.matrix_rank(S)

if(k>r):

print("k_max=",r)

k=r

eigVals, eigVects = np.linalg.eig(S)

E = np.argsort(eigVals)

k_E = E[:-(k + 1):-1]

W = eigVects[:, k_E]

Y=np.dot(X, W)

return Y

带入数据，输出结果1

2LDA_2D = np.array(MyLDA(X,y,2))

show2(LDA_2D)

这样就将数据降到二维，但可能有人会疑惑，怎么知道降维后的信息量变化了多少呢？可以用这样的计算方法: $eta_k=frac{sum_{j=1}^klambda_j}{sum_{j=1}^klambda_j}$来表示降维后剩余的信息量

总结

总的来说，PCA和LDA的实现很简单，但是基本原理和推导需要扎实的数学基础，尤其是LDA中，尤其要注意矩阵的秩对结果的影响。PCA和LDA虽然都用到数据降维的思想，但是两者有着很大的不同，首先监督方式不一样，LDA是有监督的降维方法，而PCA是无监督的降维方法；再者目的也不一样，PCA是为了去除原始数据集中冗余的维度，让投影子空间的各个维度的方差尽可能大。而LDA是通过数据降维使得原始数据中不同的类别尽可能区分开来。

代码1

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115import matplotlib.pyplot as plt

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D

import numpy as np

from sklearn.datasets import load_iris

def MyPCA(X,k):

meanVal = np.mean(X, axis=0)

W = X - meanVal

covMat = np.cov(W, rowvar=0)

eigVals, eigVects = np.linalg.eig(np.mat(covMat))

E = np.argsort(eigVals)

k_E = E[:-(k + 1):-1]

T = eigVects[:, k_E]

n = sum(eigVals[k_E])/sum(eigVals)

print("降到",k,"维后保留的信息量是原来的",n * 100.0, "%")

Y = W * T

return Y

def MyLDA(X,y,k):

yi = set(y)

xi = np.array([X[np.where(y == i)] for i in yi])

u = np.array([np.mean(X, axis=0)])

ui = np.array([np.mean(xi[i], axis=0) for i in range(xi.shape[0])])

Sw = sum(np.dot((xi[i] - ui[i]).T, (xi[i] - ui[i]))

for i in range(len(yi)))

Sb = sum(len(xi[i]) * (ui[i].reshape(1, 4) - u).T * (ui[i].reshape(1, 4) - u)

for i in range(len(yi)))

S=np.linalg.inv(Sw).dot(Sb)

r=np.linalg.matrix_rank(S)

if(k>r):

print("k_max=",r)

k=r

eigVals, eigVects = np.linalg.eig(S)

E = np.argsort(eigVals)

k_E = E[:-(k + 1):-1]

W = eigVects[:, k_E]

n = sum(eigVals[k_E]) / sum(eigVals)

print("降到", k, "维后保留的信息量是原来的", n * 100.0, "%")

Y=np.dot(X, W)

return Y

def show2(reduced_X):

red_x, red_y = [], []

blue_x, blue_y = [], []

green_x, green_y = [], []

for i in range(len(reduced_X)):

if y[i] == 0:

red_x.append(reduced_X[i][0])

red_y.append(reduced_X[i][1])

elif y[i] == 1:

blue_x.append(reduced_X[i][0])

blue_y.append(reduced_X[i][1])

else:

green_x.append(reduced_X[i][0])

green_y.append(reduced_X[i][1])

plt.scatter(red_x, red_y, c='r', marker='x')

plt.scatter(blue_x, blue_y, c='b', marker='*')

plt.scatter(green_x, green_y, c='g', marker='.')

# plt.show()

def show3(X):

red_x, red_y, red_z = [], [], []

blue_x, blue_y, blue_z = [], [], []

green_x, green_y, green_z = [], [], []

for i in range(len(X)):

if y[i] == 0:

red_x.append(X[i][0])

red_y.append(X[i][1])

red_z.append(X[i][2])

elif y[i] == 1:

blue_x.append(X[i][0])

blue_y.append(X[i][1])

blue_z.append(X[i][2])

else:

green_x.append(X[i][0])

green_y.append(X[i][1])

green_z.append(X[i][2])

fig = plt.figure()

ax = fig.gca(projection='3d')

ax.scatter(red_x, red_y, red_z, c='r', marker='x')

ax.scatter(blue_x, blue_y, blue_z, c='b', marker='*')

ax.scatter(green_x, green_y, green_z, c='g', marker='.')

# plt.show()

if __name__ == "__main__":

data = load_iris()

y = data.target

X = data.data

#PCA

#降到2维

PCA_2D = np.array(MyPCA(X, 2))

show2(PCA_2D)

# 降到3维

PCA_3D = np.array(MyPCA(X, 3))

show3(PCA_3D)

plt.show()

#LDA

# 降到2维

LDA_2D = np.array(MyLDA(X,y,2))

show2(LDA_2D)

plt.show()

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