go kegg_3分钟了解GO/KEGG功能富集分析

功能富集分析是基因或蛋白列表的分类,基于基因功能。GO提供MF, BP, CC三大类注释,KEGG则是一个包含通路信息的综合数据库。常用的分析工具有DAVID,其在功能富集分析领域具有权威性。" 82312709,7415396,HDFS基本操作指南,"['hdfs', 'Hadoop', '文件操作', '分布式存储']
摘要由CSDN通过智能技术生成

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“大数据”、“组学”、“数据挖掘”是近几年来我们经常听到的词汇,科研工作中也经常用到二代测序,不管送哪家测序公司进行测序或数据分析,结题报告中都会看到一个标准的分析套路:功能富集分析。

说起功能富集分析,想必大家并不陌生,但要表述一下它的定义,又很少有人能回答的出(组会的时候,是不是经常会被导师这样Q到呢~~)。

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大部分科研工作者,对功能富集分析的最初了解,是从测序公司给我们的分析结果开始的。要知道朦朦胧胧的概念,就会导致对数据结果分析的不透彻,乃至不知如何让测序数据变得有意义。

功能富集分析是什么?GO和KEGG为何物?怎么做功能富集分析才是最准确的?今天,我们就从这几个问题出发,仔细跟大家讲讲功能富集分析的由来、定义,并带领大家进行一个实例操作。

01   何为功能富集分析?

功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,

Canoco for Windows 是新一代的 CANOCO 软件,是生态学应用软件中用于约束与非约 束排序的最流行工具。Canoco for Windows 整合了排序以及回归和排列方法学,以便得到健 全的生态数据统计模型。Canoco for Windows 包括线性和曲线单峰方法。使用 Canoco for Windows 进行排序,能够洞察: ● 生物群落结构 ● 植物与动物群落以及它们的环境之间的联系 ● 一个对环境和(或)其生物群落的假设冲击所能造成的影响 ● 在生物群落上进行的复杂生态学和生态毒理学实验的相关处理所能造成的影响 一个排序被计算出来后,排序图可以立即显示在显示器上。Canoco 具体独特的能力,可 以说明用协变量表示的背景变异,而用它的扩展工具来进行排列测试,包括测试的互动效果。 这些独特的特性使得 Canoco for Windows 能特别有效的解决应用研究方面的问题。 二 软件模块 The Canoco for Windows 软件包主要包含以下几个模块: ● Canoco for Windows:软件包的核心,用来指定要分析的数据和排序模型,排序方法 以及分析结果的查看等基本操作命令均被集中在该模块的对话框中 ● WcanoImp : 将以电子表格形式(Excel 等)保存的外部数据转化为 CANOCO 识别的 形式 ● CanoDraw 4.0 for Windows:用来绘制各种类型的排序图,同时也可以生成多种等值 线和回归模型图,并进一步深层次发掘排序结果,该模块可以直接从主程序界面工 具栏激活 ● CanoMerge:合并 Canoco 识别的 dta 类型数据文件,并可以将数据文件以带制表分 隔符的文本形式输出(基本常用统计软件均兼容该类型文件),同时该模块具有滤掉 低频率物种的功能 ● PrCoord:对特定数据集进行主坐标分析以及冗余分析
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