go分析和kegg分析_GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)

Metascape是一个每月更新的生物信息学工具,提供基因列表的GO和KEGG富集分析,支持多种生物物种。其工作流程包括基因标识符转换、注释、富集分析和蛋白质相互作用网络构建。Metascape因其操作简便、结果清晰、数据库更新及时等优点,成为生物通路富集和基因注释的有力工具。通过定制分析,用户可以选择特定数据库如GO和KEGG进行独立的富集分析,以便更好地理解和展示研究结果。
摘要由CSDN通过智能技术生成

介绍

生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间(2010-2016)没有维护数据库,最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库,以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。该团队来自一个自发组织的科学家团队,该团队包括核心成员周颖耀,周斌,Lars Pache,Max Chang,Christopher Benner和Sumit Chanda,以及其他贡献者。 第一个Metascape应用程序于2015年12月9日发布。Metascape从那时起经历了多次发布。它目前支持常见的模式生物的富集分析,蛋白质 - 蛋白质相互作用网络,其结果可以自动呈现为科满足科研杂志要求的形式,同时可以输出为Excel和PowerPoint演示文稿满足科研交流。Metascape

http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1

分析工作流程转换:将基因标识符从流行类型(如Symbol,RefSeq,Ensembl,UniProt,UCSC)转换为人类Entrez基因ID,反之亦然。

注释:从许多功能相关的基因注释中提取,包括蛋白质家族,跨膜/分泌预测,疾病关联,复合关联等。

成员:基于所选本体内的自定义关键词搜索来筛选GO条目。

富集:识别丰富的生物学通路,特别是GO术语,KEGG,Reacto

go富集分析kegg富集分析是生物信息学中常用的两种功能注释方法,用于解释大规模基因表达数据中的生物学意义和功能。这些分析通常用于分析基因列表中富集的功能类别或代谢通路。 在go富集分析中,通常使用Gene Ontology(GO)数据库来标注基因的功能、细胞组分和生物过程。分析过程包括将基因列表与注释数据库中的功能类别进行比较,并计算富集程度。富集程度由P值来衡量,P值越小表示富集程度越高,代表该功能类别在基因列表中出现的概率较小。 解读go富集分析结果时,需要关注具有显著富集的功能类别,这些功能类别指示了基因列表中的生物学过程和功能。此外,还需要考虑功能类别的层级关系,例如,富集于更高级别的功能类别可能表示更广泛的生物学过程。结合基因列表的背景信息和研究问题的特点,进一步挖掘和解释功能类别的生物学意义。 对于kegg富集分析,是基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库中的代谢通路信息进行注释和富集分析富集程度也是通过计算P值来量化,P值越小表示富集程度越高,代表该代谢通路在基因列表中出现的概率较小。 解读kegg富集分析结果时,可关注具有显著富集的代谢通路,这些通路是基因列表中可能参与的生物化学反应网络。进一步分析这些富集的代谢通路可以帮助理解基因表达数据中的代谢变化和生物过程的调控机制。 综上所述,go和kegg富集分析结果的解读需要结合P值和功能/通路的生物学意义,通过综合分析得出准确的结论。这两种方法在生物信息学研究中具有重要的应用价值,可以帮助揭示基因表达数据中的生物学过程、功能和代谢调控机制。
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