介绍
生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间(2010-2016)没有维护数据库,最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库,以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。该团队来自一个自发组织的科学家团队,该团队包括核心成员周颖耀,周斌,Lars Pache,Max Chang,Christopher Benner和Sumit Chanda,以及其他贡献者。 第一个Metascape应用程序于2015年12月9日发布。Metascape从那时起经历了多次发布。它目前支持常见的模式生物的富集分析,蛋白质 - 蛋白质相互作用网络,其结果可以自动呈现为科满足科研杂志要求的形式,同时可以输出为Excel和PowerPoint演示文稿满足科研交流。Metascape
http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1
分析工作流程转换:将基因标识符从流行类型(如Symbol,RefSeq,Ensembl,UniProt,UCSC)转换为人类Entrez基因ID,反之亦然。
注释:从许多功能相关的基因注释中提取,包括蛋白质家族,跨膜/分泌预测,疾病关联,复合关联等。
成员:基于所选本体内的自定义关键词搜索来筛选GO条目。
富集:识别丰富的生物学通路,特别是GO术语,KEGG,Reacto