matlab 画柱状图和误差棒,小白1分钟绘图：带误差棒的柱状图

目标图片效果

想要实现的图片效果

其实上图说白了就是均值加减标准差，上面的线条是用来标示组间比较的。

制图清单

1.工具： R+Rstudio

2.数据准备：需要如下样式的数据。

第一列是分组，第二列是均值，第三列是标准差。

数据格式

3.设置R软件工作目录：

为了方便找到结果的图，可以把工作目录设置为桌面。操作如下：

工作目录设置

4.跑代码：打开Rstudio导入数据运行代码就行了~

将数据文件放在桌面，导入数据,注意数据格式为csv，在括号中按Tab键进行导入。

rm(list=ls())#清除掉全局环境中的文件

data

加载需要用到的R软件包

##########加载需要用的R包

if (!require(ggplot2)) {install.packages("ggplot2")}

if (!require(ggsignif)) {install.packages("ggsignif")}

if (!require(ggsci)) {install.packages("ggsci")}

if (!require(export)) {install.packages("export")}

加载数据，构建绘图函数。(直接运行就行，看不懂也没关系。)

#######载入数据

attach(data)

#构建作图函数

myplot

ggplot(data,aes(eval(parse(text=names(data)[1])),eval(parse(text=names(data)[2])),

fill=factor(eval(parse(text=names(data)[2])))))+

geom_bar(position = "dodge",stat = "identity")+

geom_errorbar(aes(ymin=eval(parse(text=names(data)[2]))-eval(parse(text=names(data)[3])),

ymax=eval(parse(text=names(data)[2]))+eval(parse(text=names(data)[3])),

color=factor(eval(parse(text=names(data)[2])))),position = "dodge",width=0.3,size=2)+

scale_y_continuous(expand = c(0,0))+

labs(x=names(data)[1],y=names(data)[2])+

theme_classic(base_size = 22)+

theme(axis.text.x = element_text(angle = -45,hjust = 0.2),

legend.position = "none")+

scale_fill_lancet()+ #####这里用了lancet杂志的配色方案

scale_color_lancet()

}

出图~

###绘图

myplot(data)

本文示例数据出的图

修改Y轴长度，不需要修改这一步可以跳过。

###将画出来的图赋值方便修改

p

##如果你想改Y轴的范围，可以修改下面“limits=”中的数值

p+scale_y_continuous(limits = c(0,30),expand = c(0,0))+

scale_fill_lancet()+

scale_color_lancet()

接下来就是导出到ppt里，在ppt里就可以直接加上组间对比的线条。

导出的图所几乎所有对象都是可以修改的，可以自己DIY标题，颜色等等~

###导出成ppt自己修改细节

graph2ppt(file="myplot.pptx",width=7,height=5)

ppt中的图

扩展

当然，不用PPT也行，R本身就足够强大，但是需要多了解一点图形语法。

示例图中线条的增加，可以用ggsignif包来实现，当然用ggplot2自带的annotate函数也可以。

###根据本图实际情况的示例代码

p+scale_y_continuous(limits = c(0,40),expand = c(0,0))+

annotate("errorbarh",xmin=1,xmax = 2,y=25,size=1)+

annotate("errorbarh",xmin=1,xmax = 6,y=36,size=1)+

annotate("errorbarh",xmin = 3,xmax=4,y=29,size=1)+

annotate("errorbarh",xmin = 1,xmax=5,y=32,size=1)+

annotate("text",label="*",x=1.5,y=26,fontface="bold",size=5)+

annotate("text",label="*",x=3.5,y=33,size=5,fontface="bold")+

annotate("text",label="ns",x=3.5,y=37.5,size=5,fontface="bold")+

scale_fill_lancet()+

scale_color_lancet()

跑代码出图。

效果图

补充一个实际使用中更常用的方法，借助ggpubr包

library(ggpubr)

#设定比较组

my_comparisons

1:nrow(t(combn(levels(as.factor(data$group)),2))))

#添加对比p值

p+ stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, label.y = c(29, 35, 40))+

stat_compare_means(label.y = 45) # Add 全局nova p-value

p值保留小数点问题

#以保留两位小数点为例

p + stat_compare_means(

aes(label = paste0("p = ", round(as.numeric(..p.format..,2))))

)

小结

带误差棒柱状图算是实验类论文中很常用的图形。

实现起来也不难，本文绘图的主函数，在笔者五年前的破烂小电脑里运行出图，耗时如下,快得飞起。

绘图耗时计算

加上载入数据，运行其他代码，还有喝口水的时间，大概需要一分钟吧，可以尝试拷贝代码在自己的电脑运行起来吼~(─‿‿─)