本文汇总之前写的「Perl基础笔记19篇」。
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本文目录
Perl笔记目录
Perl笔记简介
1、Perl基础
2、深入Perl模块安装
3、Perl与生物信息
Perl笔记目录
Perl学习19之生信简单运用(三)
Perl学习18之生信简单运用(二)
Perl学习17之生信简单运用
Perl学习16之读文件,存入哈希,输出到文件
Perl学习15之perl读excel表格
Perl学习14之$0,ARGV,use warnings,use stricts使用
Perl学习13之路径获取模块: Cwd、FindBin和File::Basename
Perl学习12之defined undef使用
Perl学习11之perl模块详解(二)
Perl学习10之perl模块详解(一)
Perl学习09之文件目录操作
Perl学习08之子程序
Perl学习07之自增(++)自减(--)
Perl学习06之一行式操作
Perl学习05之正则表达式
Perl学习04之IO及文件读写
Perl学习03之流程控制结构
Perl学习02数组和哈希使用
Perl学习01之标量数据
Perl笔记简介
下面列出每篇摘要,详细请点击上方链接阅读。
1、Perl基础
「Perl学习01之标量数据」
- 详细介绍Perl中「数字标量」和「字符串标量」的相关基础知识。
「1 数字」
浮点数
整数
数字操作符 「2 字符串」
单引号(A single-quoted string literal)
双引号(A single-quoted string literal)
字符串操作符
重复操作符
数字与字符串之间的转换 「3 标量变量」
变量命名规则
标量等号赋值
标量双目赋值符赋值
字符串变量内插
数值标量与字符标量比较操作符
chomp函数
chop函数
substr函数
split函数
「Perl学习02数组和哈希使用」
- 本篇详细介绍Perl的两种数据结构:「数组(Arrays)「及」哈希(Hash)」
「1.数组( Arrays)」
数组定义
数组元素连接
数组长度,方法一
数组长度,方法二
遍历数组,方法一
遍历数组,方法二
数组末尾增加元素:push
数组末尾删除元素:pop
数组开头增加元素:unshift
#数组开头删除元素:shift
颠倒数组元素顺序:reverse
数组元素排序,sort,不会修改原数组
从小到大排序
数字从小到大排序,<=>两端传入数字
按字符长度排序,长度相同时按数字大小排序
可以自定义排序规则函数,sort sub_fun @array1 「2.哈希(Hash)」
哈希定义
调用哈希元素
新增或更改某个键值对
返回哈希所有键,返回哈希所有值
遍历哈希键值对
判断哈希是否存在某个键
「Perl学习03之流程控制结构」
- 本文详细介绍Perl语言中的「布尔运算、条件判断、循环和循环控制语句」。
「1、布尔值及逻辑运算符」
Perl语言布尔值(Boolean Values)
逻辑运算符 「2、条件判断」
条件判断1:if....elsif....else
条件判断2:unless...else....
条件判断3:三目运算符 「3、循环」
循环1:while
循环2:for
循环3:foreach
循环4:each 「4、循环控制模块」
last
next
redo
表达式后面加流程控制语句
「Perl学习04之IO及文件读写」
- 本文详细Perl中「print say printf sprintf」的使用方法;
- Perl中「格式化输出」;
- Perl中文件的读写(「open函数」,「文件句柄」(file handle))。
「1、Perl中IO操作」
print say printf sprintf区别
say
printf
sprintf
Perl格式化输出
I/O实例,格式化实例 「2、Perl中读写文件操作」
「Perl学习05之正则表达式」
- Perl中「正则表达式」基础使用。
「1、正则表达式基础知识」
元字符(Metacharacters)
字符集
反斜线字符
单词相关字符
锚定
分组捕获和反向引用
特殊符号存储匹配内容 「2、正则表达式使用之匹配」 「3、正则表达式使用之替换」
「Perl学习06之一行式操作」
- Perl「一行式」使用
「1、一行式选项」 「2、特殊字符」 「3、一行式使用实例」
例1:每一行后面加空行
例2:每一行后加空行,空行除外
例3:连续输出多个相等字符
例4:行前加空行
例5:输出非空行
例6:移除单词间所有空白
例7:每行单词间连续空白压缩为单空格
例8:原地修改拷贝
例9:所有行行号
例10:非空行行号递增,全部输出
例11:非空行行号递增,只输出非空行
例12:计数单词个数,为每个单词编号
例13:计算每行单词个数,每行单独编号
「Perl学习07之自增(++)自减(--)」
- 深拔Perl中**自增(++)自减(--)**的使用方法
「1、自增自减规则」 「2、数值自增/自减举例」 「3、字符串自增/自减举例」
「Perl学习08之子程序」
- Perl中「子程序(子函数)「定义、调用、参数传递及子程序中」return函数」使用。
「1、子程序定义」 「2、调用子程序」 「3、子程序传递参数(arguments)」 「4、子程序使用举例」 「5、子程序中return函数使用」
「Perl学习09之文件目录操作」
- Perl操作文件和目录;
- File::Basename模块;
- stats函数。
「1、文件目录操作常用操作符」 「2、stat函数」 「3、文件目录常用操作」
创建文件
删除文件
创建目录
删除目录
切换目录 「4、File::Basename模块操控路径」
2、深入Perl模块安装
「Perl学习10之perl模块详解(一)」
- Perl模块基础知识;
- 手动编译安装perl模块。
「1、模块基础知识」
查看某模块是否安装
列出所有模块
Perl脚本中导入模块
Perl脚本中导入模块中指定的函数
将路径下模块添加到Perl环境变量
执行程序时显式指定模块查找路径
查看Perl模块安装目录 「2、手动编译安装Perl模块」 https:// metacpan.org 下载
linux终端安装
检查模块是否安装成功
模块路径添加到PERL5LIB环境变量中
方法一
方法二
「Perl学习11之perl模块详解(二)」
- 非root权限下linux中安装perl包
「1、配置个人cpan」 「2、cpan下载模块」 「3、cpan常用参数介绍和配置」 「4、cpan下载源」
常用国内下载源
cpan下载源配置
3、Perl生物信息简单使用
「Perl学习12之defined undef使用」
「1、undef」 「2、defined()函数」
「Perl学习13之路径获取模块: Cwd、FindBin和File::Basename」
- perl中路径获取模块,Cwd、FindBin和File::Basename模块
「1、FindBin」Script「2、Cwd」
getcwd() cwd() fastcwd() fastgetcwd()
abs_path 「3、File::Basename」
「Perl学习14之$0,ARGV,use warnings,use stricts,die使用」
- $0
- ARGV
- use warnings
- use stricts
- die
「Perl学习15之perl读excel表格」
- Perl如何「读取excel」数据并简单输出
「Perl学习16之读文件,存入哈希,输出到文件」
- perl如何读取文件,存入哈希,调用哈希,存入文件。
「Perl学习17之生信简单运用(一)」
- 1、计算一条DNA序列中的ATGC个数GC含量格式化输出
- 2、每一行数据求和,每个数使用各自行和归一化
「Perl学习18之生信简单运用(二)」
- Perl计算sam文件每个染色体匹配reads数,GC碱基数,GC含量。
「Perl学习19之生信简单运用(三)」
- Perl计算SAM文件中reads落在,每个1M bin区间中的reads数目,GC碱基数目,GC比。