python 进化树_Biopython之系统发育树（进化树）的绘制

#!/usr/bin/python

# -*- coding: utf-8 -*-

# @Date : 2017-02-08 02:04:02

# @Author : XYZ (superxyz@vip.qq.com)

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# @Version : 1.0

def demo(x):

print('-------------------[%s]-------------------'%x)

demo('1.读取树文件')

'''

对象包含树的全局信息，如树是有根树还是无根树。

它包含一个根进化枝， 和以此往下以列表嵌套的所有进化枝，

直至叶子分支。

'''

from Bio import Phylo

tree=Phylo.read('simple.dnd','newick') #读取生成的树文件

print(tree)

Phylo.draw_ascii(tree) #建一个简单的ASCII-art(纯文本)系统发生图

tree.rooted=True #有根树

Phylo.draw(tree)

demo('2.利用matplot包做图并给树的分支上色')

tree=tree.as_phyloxml()

tree.root.color=(128,128,128) #color 颜色属性，width宽度属性

tree.root.color='#808080'