python 进化树_物种进化树构建

使用单拷贝基因画物种进化树

所需软件：

# OrthoFinder寻找同源基因

conda install orthofinder

#EasySpeciesTree

git clone https://github.com/Davey1220/EasySpeciesTree.git

该脚本依赖Mafft, TrimAI, RAxML和ASTRAL四个软件，需要自己提前安装好

修改脚本中相应依赖程序的绝对路径：vi EasySpeciesTree.py

conda 可以直接安装mafft、 trimal、raxmlHPC

astral.5.6.3.jar：github下载：https://github.com/smirarab/ASTRAL

############### MODIFY THE FOLLWINGS PATHS FOR ALL DEPENDENT PROGRAMS ###############

MAFFT = '/xxx/anaconda2/bin/mafft'

RAxML = '/xxx/anaconda2/bin/raxmlHPC'

ASTRAL = '/xxx/software/ASTRAL-master/astral.5.6.3.jar'

TRIMAL = '/xxx/anaconda2/bin/trimal'

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步骤：

python 脚本更改物种蛋白序列的ID

#!/usr/bin/evn python3