用户通过qsub命令来向系统提交任务,有两种方式提交:脚本方式和命令行方式。(一般情况下,不允许root用户使用qsub命令提交作业)。下面先讲一下用这两种方式提交作业的过程。
脚本方式提交
用户将需要执行的程序或命令写入脚本中,再加入一些必要或者可选的语句,就可以通脚本方式提交。脚本提交比较方便,用户可以用最简单的文字编辑器(例如 vi)编写一个脚本,然后使用 qsub 命令提交该脚本,pbs 会按照脚本内容执行相应的任务。脚本提交的不足之处就是需要用户执行任务前编写脚本。
脚本方式提交任务的一般格式为:qsub [script_name],script_name 是任务脚本的名称。
下面介绍 pbs 任务脚本的编写方法。
pbs 任务脚本包括三部分:
* shell 说明语句:用来说明用户使用的是哪种 shell,例如 #!/bin/sh说明用户需要使用 Bourne shell,如果用户没有指定,则默认为 Bourne shell
* pbs 指示语句:pbs 指示语句是用户用来请求任务运行时所需的资源或设置任务的一些属性的。以#PBS开头,如#PBS –N taskname 是用来设置任务名称的。pbs 指示语句是可选的,用户可以不用关心它如何写,系统会自动设置。
* pbs 指示句的一个主要作用是请求任务执行时所需要的系统资源,如 cpu 数目,存储容量,运行时间,运行优先级等等。以脚本方式提交的任务的资源请求是通过 pbs 指示语句,一般格式为 #PBS –l [选项=] [选项对应的值],如#PBS –l ncpus=5 表示请求 5 个cpu为之服务。系统资源如下所示