python与lammps_用python来玩lammps【环境设置篇】【其实是小白求交流】

在小小地纠结了两个晚上（其实完全不需要纠结），我成功设置了lammps动态库，可以从Python里面调用lammps写code了！

python因为代码简单，是一个很活跃的语言，于是在phd第一年，修了一门计算物理，就是用Python教的。上完课之后，就一直很想学以致用啦。

其实也因为Python很火，lammps的doc里面已经写好了怎么交互使用。

但是介于我是linux小白，也还是纠结了很久。使用的是ubuntu14.04，bash shell

按照doc里面11.3 建一个共享的lammps的库

1.先去lammps里面的src文件夹

我的话是：

cd Desktop

cd lammps-14May16

cd src

当你在src文件夹里，你就可以使用make command了。

make foo mode=shlib 这里的foo就是你的机器类型了，我这里就是ubuntu

所以我输入的是：

make ubuntu mode=shlib

上面的指令，会在你的文件夹里面，建一个liblammps_ubuntu.so file，和一个软连接 liblammps.so

2.设置环境变量

其实我现在还不是很清楚，环境变量是不是必须得设置。因为我第一天晚上设置好了，但是结果没有运行成功

第二天才做了步骤3，之后才成功了。

但是无论如何，环境变量的设置也是一个很常见的问题。

上面1里面提到了的liblammps_ubuntu.so 和在lammps／python下面找到的 lammp.py 文件都很关键。

我们希望python知道在哪里找到lammps的库（liblammps_ubuntu.so），所以要告诉他们一个寻找的位置

官方里面给的例子是这样的： 如果是用csh or tcsh shells,在 ~/.cshrc file里面加上下面两句话就好了。

setenv PYTHONPATH ${PYTHONPATH}:/home/sjplimp/lammps/python

setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:/home/sjplimp/lammps/src

然后我的是bash shell，不知道是不是ubuntu就是这样子的

所以，实际上对应的是 .bashrc file

这个文件

你在命令行里面输入

ls -al

就能在里面找到这个文件的踪迹

vi .bashrc

是我知道唯一能进入这个文件的办法…

因为貌似特殊文件，一般时候没有显示

但是结果进去了之后，看不懂。。。所以就没敢在里面乱改。

后来找到添加环境变量的方法是

输入env

就能看到你所有的环境变量

然后输入

export PYTHONPATH=$PYTHONPATH :/home/Desktop/lammps-14May16/python

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH :/home/Desktop/lammps-14May16/src

这个时候你再输入env

就能发现添加了这几个环境变量

然后别忘了输入

source ～/. bashrc

让你的环境变量生效。

（写到这里的我，已经无法坚持写下去了…）

突然发现设置的环境变量现在又不见了！

看来上面的方法不是永久有效的

还是得改文本么！！！

3.但是介于上面的发现，

说明其实不设置环境变量也没关系

有另外一个方法！

直接去跑install.py 就好了！

跑到lammps下面的python文件夹

python install.py

跑完没报错的话

直接测试

from lammps import lammps

lmp=lammps()

就输出了你的lammps版本

LAMMPS（14 May 2016）

If you use the python/install.py script, you need to invoke it every time you rebuild LAMMPS (as a shared library) or make changes to the python/lammps.py file.

注意的是，这样的话，每次重新建lammps？（什么叫rebuild lammps啊），

你就要重新运行一遍。

这样也没关系啊，只要能跑就好了！

我只有这么个最低要求。

写完才发现，我真的是小白求交流。理解了环境变量是干嘛用的，觉得还蛮神奇的～

继续奋斗，希望能之后继续写，怎样在python里面玩lammps～

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