pythonnet plink_群体遗传结构构建软件--Plink, admixture, phylip, MEGA总结

开始正文之前先了解一下为什么构建群体遗传结构是重要的，并且可以通过哪些方式构建此结构：

对于方法1，我们需要使用Plink构建PCA图

(1) 首先使用plink将vcf格式文件转换成.bed , .bim , .fam文件, 操作如下：

plink --allow-extra-chr -vcf XXX.vcf --make-bed --out filtered_XXX && echo "vcf2bed is done"

(2) 使用plink进行主成分分析，操作如下：

plink -bfile filtered_XXX --allow-extra-chr --pca 10 --out PCA_filtered_snps

产生了两个eigenval eigenvec文件，之后开始绘制PCA散点图，可以使用python脚本进行绘制，代码如下：

#!/usr/bin/python

# -*- coding: UTF-8 -*-

'''绘制PCA散点图'''

import matplotlib.pyplot as plt

import collections

import re

hash = collections.OrderedDict()

eval_file = open("PCA_filtered_snps.eigenval","r")

evec_file = open("PCA_filtered_snps.eigenvec",