admixture软件_使用ADMIXTURE进行群体结构分析

大家好，今天给大家推荐一款群体结构分析软件——AMIXTURE，以前大家经常用STRUCTURE软件进行群体结构分析，但因STRUCTURE运行速度极慢，而被不少研究者所诟病。ADMIXTURE使用与STRUCTURE相同的统计模型，但使用快速数值优化算法计算估计值,因此大大提升其运行速度，逐渐成为群体结构分析的主流软件。

接下来，给大家分享一下如何使用这款软件进行分析。

第一步：必须是下载该软件了

wget http://dalexander.github.io/admixture/binaries/admixture_linux-1.3.0.tar.gz

tar -zvxf admixture_linux-1.3.0.tar.gz

cd admixture_linux-1.3.0

./admixture --version

显示以上信息，证明软件安装成功，接下来就是准备输入文件了。

第二步：准备输入文件

ADMIXTURE输入文件为二进制的PLINK文件(.bed),同时将对应的bim和fam文件放在同一个文件夹下，对于我们得到到非bed格式文件，使用Plink1.9软件进行转化，举例，我们现在有example.gen文件，使用以下命令，即可得到examp