穆易青-CSDN博客

原创 2021.07.30【WGS/GWAS】丨全基因组分析全流程(上)

目录摘要命令行三级目录摘要时隔半年，终于把WGS前面的分析用snakemake搭建好了。读者不要嫌我慢，确实是项目不多，流程也不算特别复杂。之前的shell脚本也能用，因此迟迟没有真正搭建。现在项目慢慢多了，考虑到提升工作效率，趁着前几天做了2个WGS的项目，把这个流程梳理出来。命令行#vim: set syntax=python#__author__ = "Yang Xin"#__copyright__ = "Copyright 2021, Wang lab"#__email__ = "4

2021-07-30 17:05:54 4252 5

原创 2020.11.9【WGS/GWAS】丨全基因组分析（关联分析）全流程(下)

经过为期半个月的~~东拼西凑~~ 研发测试，作者终于整理出了一个从VCF开始的GWAS后期分析流程。当然要感谢很多大佬提供的~~代码~~ 帮助，在文章中也附上参考链接。对GWAS还不够熟悉的朋友，可以看一下我之前整理的一份PPT学习笔记[《遗传进化与GWAS研究》](https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/108486232)。

2020-11-09 14:36:28 16670 10

原创 2024.07.20【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造 Acclarent案例研究）

Acclarent案例展示了如何在生物设计创新过程中，通过概念筛选、知识产权保护、监管路径选择、报销策略分析、商业模型考量以及概念探索和测试，最终确定并推进一个创新概念。在Acclarent案例研究的4.3部分，重点讨论了与他们的创新产品——一种用于治疗慢性鼻窦炎的气囊扩张技术——相关的报销问题。：团队考虑了一次性产品的成本结构和定价策略，以及如何与市场上现有的可重复使用设备竞争。：Acclarent的技术需要在市场中找到合适的定位，与现有的手术设备竞争。

2024-07-20 22:16:49 581

原创 2024.07.16【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造最终概念选择案例4）

需求识别：Vynca团队通过与医疗专业人员和患者的交流，识别了记录和传输患者治疗愿望的需求。关键要求定义：基于用户反馈，定义了数字化平台的关键要求，如易用性、数据安全和兼容性。概念生成：团队创意产生了多种概念，并开发了初步原型。原型开发：开发了多个原型，包括早期的“看起来像”模型和更高级的“工作起来像”模型。权衡分析：对不同原型的功能、用户接受度和成本效益进行权衡。用户测试：在实际医疗环境中进行用户测试，收集反馈。选择基线概念：选择市场上现有的解决方案或早期原型作为基线。使用选择矩阵。

2024-07-16 14:42:02 715

原创 2024.07.15【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造最终概念选择案例3）

需求识别：Oculeve团队识别了慢性干眼症患者对更有效治疗方法的需求。关键要求定义：基于用户需求，定义了创新性、安全性、易用性和临床效果等关键要求。概念生成：团队通过创意会议生成了多种可能的治疗方案，聚焦于神经刺激治疗。原型开发：开发了从简单的“看起来像”模型到更高级的“工作起来像”模型。权衡分析：对不同原型的性能、用户接受度和潜在的治疗效果进行权衡。用户测试：与医生和患者合作，收集对原型的反馈，并根据反馈进行改进。选择基线概念：选择一个原型作为基线，与其他原型进行比较。使用选择矩阵。

2024-07-15 13:19:46 597

原创 2024.07.15【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造最终概念选择案例2）

需求识别：OneBreath团队通过市场调研和用户访谈，识别了经济型呼吸机的关键需求。关键要求定义：基于用户需求，定义了可负担性、便携性、易用性、适应性和兼容性等关键要求。概念生成：团队进行了多轮头脑风暴，产生了多个创意，并从中筛选出有潜力的概念。原型开发：基于筛选出的概念，开发了多个原型，进行了功能和用户测试。权衡分析：对不同原型的性能、成本和用户反馈进行权衡，确定最符合关键要求的原型。用户测试：与医生和护士合作，收集对原型的反馈，并根据反馈进行改进。选择基线概念。

2024-07-15 13:11:10 781

原创 2024.07.13【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造最终概念选择案例1）

需求识别与分析：识别治疗冠状动脉疾病的需求，特别是对PTCA手术工具的需求。关键要求定义：基于临床实践，定义了改善PTCA手术的关键用户和设计要求。概念生成：产生多种可能的医疗设备概念，以满足这些关键要求。概念评估：通过临床反馈和测试，评估每个概念的有效性和可行性。权衡分析：对不同概念的利弊进行权衡，确定哪些特性最为关键。原型开发：基于最有前景的概念开发原型，进行实际测试。基线选择：选择市场上现有的产品或治疗方法作为比较基准。决策矩阵应用：使用决策矩阵对概念进行量化比较。最终概念选择。

2024-07-13 00:00:00 17

原创 2024.07.12【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造最终概念选择2）

选择最终概念的过程是一个综合性的评估过程，需要创新者仔细权衡各个概念的优缺点，并做出明智的决策。通过结构化方法，如Pugh方法，创新者可以更加客观和系统地进行这一决策过程，确保选择的概念最有可能满足用户需求、技术要求和商业目标。如果您觉得这篇文章对您有所帮助，或者激发了您对生物信息学的兴趣，我诚挚地邀请您：🔔 关注我的账号，不错过每一次知识的分享和探索的旅程。📚 我承诺，将持续为您带来深度与广度兼具的生物信息学内容，让我们一起在知识的海洋中遨游，发现更多未知的奇迹。

2024-07-12 08:00:00 8

原创 2024.07.12【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造最终概念选择3）

Pugh 方法，又称为 Pugh 概念选择矩阵，是一种结构化的决策工具，用于在多个解决方案中选择最佳概念。这种方法由 Stuart Pugh 于1981年在斯特拉斯克莱德大学开发，旨在帮助设计团队通过系统化的方式比较和选择概念。Pugh 方法是一种有效的工具，用于辅助创新团队在多个概念中做出明智的选择。通过结构化的比较和评分过程，团队可以更加客观和系统地评估每个概念的优势和劣势，从而选择出最有可能成功的解决方案。

2024-07-12 08:00:00 218

原创 2024.07.12【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造最终概念选择1）

最终概念选择的基础在于全面评估概念的可行性、风险和潜力。通过结构化的方法和深入的分析，创新者可以确保选择的概念最有可能满足用户需求、技术要求和商业目标。这一过程是迭代的，可能需要多次评估和筛选，以确保最终选择的概念具有最高的成功潜力。

2024-07-11 22:53:24 166

原创 2024.07.11【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造概念探索与测试案例分析5）

步骤描述应用到Cardiocom案例1. 市场调研了解目标市场的需求和痛点。识别慢性疾病患者和医疗服务提供者的需求。2. 技术评估评估支持远程监测的技术。研究无线通信、移动设备、传感器和数据分析技术。3. 原型开发创建初步原型以收集用户反馈。开发监测设备原型和用户界面。4. 用户测试与目标用户进行测试以收集反馈。与患者和医疗服务提供者合作测试原型。5. 服务模型设计设计服务的交付和运营模型。设计数据收集、存储、分析和传递的服务流程。6. 数据分析能力构建开发分析患者数据的算法和工具。

2024-07-11 10:44:12 620

原创 2024.07.11【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造概念探索与测试案例分析4）

步骤描述应用到Niveus Medical案例1. 识别用户需求确定目标用户群体的具体需求。识别长期卧床患者和医疗提供者对肌肉萎缩解决方案的需求。2. 技术可行性分析研究技术是否可行以及是否适合解决特定问题。分析肌肉刺激技术在医疗领域的应用前景和可行性。3. 初步原型设计创建初步的原型来体现解决方案的概念。开发“看起来像”原型，使用简易材料模拟设备的外观和功能。4. 功能原型开发开发具有实际功能的原型，用于测试和展示。制作“工作起来像”原型，集成肌肉刺激功能进行测试。5. 模拟使用测试。

2024-07-11 10:35:48 821

原创 2024.07.10【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造概念探索与测试案例分析3）

步骤描述应用到Evalve案例1. 识别临床需求确定并理解医疗领域中未满足的需求。确定需要一种微创方法来修复二尖瓣反流。2. 初步概念构思形成解决问题的初步想法。构思使用夹子稳定二尖瓣叶的概念。3. 原型设计设计原型以体现概念的关键特征。利用猪心制作初步原型，模拟夹子的功能。4. 迭代改进根据测试结果和反馈进行设计迭代。原型经过多次迭代，优化夹子设计。5. 用户反馈收集收集目标用户对原型的反馈。与心脏外科医生和心脏病专家合作，收集反馈。6. 技术规格明确确定产品必须满足的技术参数。

2024-07-10 14:30:24 1034

原创 2024.07.10【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造概念探索与测试案例分析2）

步骤描述应用到Vynca案例1. 用户需求识别确定并理解关键用户群体的需求和期望。识别了医生、护士、IT人员等关键用户群体，并理解了他们对POLST流程的需求。2. 初步原型设计使用草图和线框图来展示解决方案的初步概念。创建了基于纸和笔的网站工作流程图和线框图。3. 用户反馈收集向目标用户展示初步设计，并收集反馈。向医生顾问和医生群体展示了设计，并收集了反馈。4. 迭代开发根据反馈进行设计迭代，改进原型。开发了更详细的图表和幻灯片，以收集更多意见。5. 功能性原型测试。

2024-07-10 14:21:00 619

原创 2024.07.09【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造概念探索与测试案例分析1）

步骤描述应用到Oculeve案例1. 明确探索目标确定需要通过概念探索解决的关键问题或技术挑战。确定是否可以通过神经刺激增加泪液分泌，并评估医生和患者的接受度。2. 原型设计设计原型以测试和展示概念的关键方面。设计了从简单的“看起来像”原型到更精细的“工作起来像”原型。3. 用户反馈收集通过用户测试收集反馈，了解用户对原型的初步印象和改进建议。与医生和潜在用户互动，收集对原型设计和功能的看法。4. 技术规格定义根据反馈和测试结果，定义产品的具体技术规格和设计要求。

2024-07-09 10:18:24 697

原创 2024.07.09【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造概念探索和测试）

在医疗技术领域，将一个有前景的概念从抽象的想法转化为具体的设计，再进一步发展成为一个工作原型，是至关重要的步骤。这一过程不仅帮助创新者了解产品的功能，还允许他们收集来自目标用户的初步反馈，并测试设计的实际可行性。4.5小节强调了在生物设计过程中，通过原型制作和测试来探索和验证概念的重要性。它提供了一系列的指导原则和方法，帮助创新者将抽象的概念转化为具体的设计，并最终发展成为可行的医疗技术产品。

2024-07-09 09:50:40 436

原创 2024.07.08【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造商业模式基础案例分析5）

Gradian Health Systems 是一家社会企业，致力于开发和提供经济实惠的医疗设备，以满足资源受限环境中的医疗需求。公司由 Dr. Paul Fenton 成立，他是一位英国麻醉师，在马拉维的一家繁忙教学医院担任麻醉科负责人15年。商业模式画布组件Gradian Health Systems 案例描述价值主张（Value Propositions）提供一种经济实惠、可靠且在资源受限环境中也能使用的麻醉机，以改善手术护理的可及性。客户细分（Customer Segments）

2024-07-08 11:07:50 554

原创 2024.07.08【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造商业模式基础案例分析4）

ST. Francis Medical Technologies 是一家专注于开发治疗退行性脊柱疾病的新型治疗方法的公司。公司由两位骨科脊柱外科医生Jim Zucherman和Ken Hsu创立，他们寻求一种侵入性更小的方式来治疗脊柱狭窄症（LSS）的症状。商业模式画布组件ST. Francis Medical Technologies 案例描述价值主张（Value Propositions）提供一种微创、侵入性小、恢复时间短的脊柱狭窄症治疗方法，改善患者体验。

2024-07-08 11:04:17 815

原创 2024.07.04【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造商业模式基础案例分析3）

Concentric Medical 是一家医疗设备公司，专注于开发用于治疗缺血性脑卒中的创新设备。缺血性脑卒中是由于脑部供血动脉阻塞导致的，常见治疗方法包括使用组织型纤溶酶原激活剂（t-PA）溶解血栓，但这种方法有严格的时间限制。商业模式画布组件Concentric Medical 案例描述价值主张（Value Propositions）提供一种创新的一次性使用的医疗设备，用于快速有效地移除脑血栓，恢复脑血流，减少卒中患者的损伤。客户细分（Customer Segments）

2024-07-04 10:39:51 976

原创 2024.07.04【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造商业模式基础案例分析2）

D-Rev（Design Revolution）是一个非营利性的产品开发公司，其使命是改善每天生活费低于4美元的人们的生活和收入。D-Rev通过创新设计和提供经济实惠的医疗设备，致力于服务低收入人群。商业模式画布组件D-Rev案例描述价值主张（Value Propositions）提供经济实惠且可重复使用的婴儿黄疸治疗设备，以降低医疗成本并提高治疗效果。客户细分（Customer Segments）低收入国家的医疗机构、医生、以及需要治疗的婴儿和他们的家庭。渠道（Channels）

2024-07-04 10:19:56 835

原创 2024.07.03【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造商业模式基础案例分析1）

Acclarent是一家医疗设备公司，专注于制造和市场推广内窥镜、导管基础的手术工具，用于执行被称为“Balloon Sinuplasty”的程序。这是一种使用气囊扩张鼻窦各部位的手术，以改善慢性鼻窦炎患者的症状。

2024-07-03 16:29:56 882

原创 2024.07.03【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造商业模式基础）

商业模式是一个广泛的概念，它定义了一种提供（例如产品或服务）以及它如何生成收入和向客户传递价值的方式。在医疗技术领域，常见的商业模式包括一次性用品、可重复使用产品、植入物和资本设备等。4.4小节强调了在医疗技术领域，商业模式是创新成功的关键因素之一。它要求创新者在选择商业模式时，不仅要考虑如何创造收入和提供价值，还要考虑如何与客户和其他利益相关者有效互动，以及如何应对由此带来的挑战和风险。

2024-07-03 16:23:05 1119

原创 2024.07.02【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造报销基础概述）

第4.3节聚焦于医疗设备创新过程中的另一个关键方面——报销基础（Reimbursement Basics）。这一节对于理解医疗设备如何被市场接受、定价以及如何为患者提供经济可行性至关重要。以下是对4.3节内容的详细介绍：

2024-07-02 12:02:56 368

原创 2024.07.02【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造监管基础概述）

第4.2节内容聚焦于监管基础（Regulatory Basics），这是生物设计和医疗设备创新过程中不可或缺的一部分。了解监管要求对于确保产品安全、有效以及最终能够进入市场至关重要。以下是对4.2节内容的详细介绍

2024-07-02 12:00:54 370

原创 2024.07.01【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造知识产权基础）

知识产权是指人类智慧的成果，它可以是创意、发明、表达形式、独特的名称、商业方法或工业流程等，这些成果具有市场价值，并可以被转化为有形资产，如医疗设备。知识产权法规定了个人和团体如何通过确定所有权、使用权和排除他人使用权来从创新中获益。

2024-07-01 10:46:30 465

原创 2024.07.01【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造初步概念筛选）

初步概念筛选是生物设计创新流程中的一个关键决策点，它要求创新者在有限的信息基础上做出选择，这些选择将直接影响项目的后续方向和成功可能性。初步概念筛选是生物设计创新过程中的一个“信仰的飞跃”，因为在这个阶段，创新者需要基于对需求的了解，从数十甚至数百个概念中选择一些最有前景的解决方案进行深入研究。未能满足这些基本要求的概念应该被搁置，而表现良好的概念则可以进一步评估其对可取特性的满足程度。📚 我承诺，将持续为您带来深度与广度兼具的生物信息学内容，让我们一起在知识的海洋中遨游，发现更多未知的奇迹。

2024-07-01 10:38:14 493

原创 2024.06.30【读书笔记】|医疗科技创新流程（第二章创新创造概念生成）

第3.1节主要讨论了概念生成（Concept Generation）的过程，这是生物设计创新过程中至关重要的一步。

2024-06-30 21:04:20 546

原创 2024.06.29【读书笔记】|医疗科技创新流程（第一章需求发现案例研究2）

为了深入理解慢性鼻窦炎，团队进行了广泛的文献研究和临床文章的梳理，重点关注疾病的机制。他们发现，尽管进行了大量研究，但慢性鼻窦炎的确切定义和病理生理学仍然是一个多因素的疾病，具有自身的复杂性。他们发现，尽管FESS手术在某些情况下有效，但存在显著的风险和患者不适，包括疼痛、可能的并发症和高修订率。这些方法提供的信息往往是静态的，不能准确反映患者当前的病情，导致医生在没有明确诊断的情况下进行治疗决策。现有的诊断方法，如内窥镜和CT扫描，虽然能够提供一定的信息，但往往不能准确反映患者的实时状况。

2024-06-29 14:08:55 488

原创 2024.06.29【读书笔记】|医疗科技创新流程（第一章需求发现案例研究1）

Acclarent的案例研究展示了一个医疗技术创新公司如何通过深入的需求探索、精确的需求陈述、创新的产品开发、严格的临床试验、明智的商业化策略和积极的市场推广，成功地解决了一个重要的医疗问题，并在市场上取得了领先地位。随着医疗技术领域的不断发展和市场需求的不断变化，Acclarent和其他创新公司需要持续关注新的机遇和挑战，不断推动医疗技术的进步和创新。Makower在确定Acclarent的战略焦点时，采取了系统化的方法，不仅评估了个人的兴趣和能力，还包括了对市场需求和商业潜力的深入分析。

2024-06-29 11:50:08 477

原创 2024.06.28【读书笔记】|医疗科技创新流程（第一章需求发现第四部分）【AI增强版】

市场分析帮助创新者评估需求的商业潜力和市场环境，而需求选择则是基于这些分析来确定最有前景的需求进行进一步的开发。市场分析是生物设计创新过程中的关键步骤，它帮助创新者评估需求的市场潜力和商业可行性。不同的支付者可能有不同的报销标准和偏好，这可能影响产品的市场接受度和销售。在生物设计创新过程中，需求选择是基于对多个需求的全面评估，选择最有潜力和最符合团队战略目标的需求进行深入开发。文档中未提供具体的案例研究来阐述市场分析，但通常这类分析会涉及到对市场数据的深入挖掘和对市场动态的全面理解。

2024-06-28 09:37:37 415

原创 2024.06.28【读书笔记】|医疗科技创新流程（第一章需求发现第三部分）【AI增强版】

通过这些分析，创新者可以识别市场中的空白和机会，确保他们的创新解决方案能够满足实际的临床需求和市场需求。差距分析可以帮助识别未满足的需求，这些差距可能存在于期望结果与现有解决方案所达到结果之间、特定患者亚群的需求与现有/新兴解决方案之间、以及解决方案的成本与效果之间。创新者需要全面搜索现有的解决方案，包括诊断方法、行为和生活方式治疗、药物治疗、微创治疗、外科手术、服务、疾病管理产品等。通过深入了解每个利益相关者的需求、期望和限制，创新者可以更好地设计解决方案，确保其能够满足目标市场的实际需求。

2024-06-28 09:35:38 638

原创 2024.06.27【读书笔记】|医疗科技创新流程（第一章需求发现第二部分）【AI增强版】

1.3和2.1小节为我们提供了一个系统性的方法来识别和定义医疗创新中的需求，以及如何通过深入理解疾病状态来指导解决方案的开发。需求陈述的发展和疾病状态基础的研究是相互关联的，它们共同构成了生物设计创新过程的核心部分。制定需求陈述是一个迭代的过程，开始时可能是一个粗略的概念，但随着对问题理解的深入，需求陈述会逐渐变得更加具体和精炼。需求陈述不仅定义了创新的目标，也为评估解决方案的有效性提供了标准。需求界定是一个思考实验的过程，它要求创新者对问题、人群和结果进行不同层面的探索，以找到最合适的需求表述。

2024-06-27 12:57:10 612

admixture_linux-1.3.0.zip

固态硬盘选购一览表.xlsx

7.17丨服务器性价比调研表.xlsx

基因ID转name工作台.xlsx

空空如也