芯片无忧的使用教程_HTA芯片（学徒探索任务）

年前我们布置过一个 agilent芯片的探索任务，很可惜，没有人接单，也许是得等我某一天遇到了，或者时间充裕了会去解决它吧！现在再来一个疑难杂症吧，就是生不逢时的Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的数据处理。

前面我提到过[HTA-2_0] Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的分析其实挺麻烦的，首先需要搞清楚下面3个平台的差异：

• GPL17586    [HTA-2_0] Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0 [transcript (gene) version]

• GPL19251    [HuGene-2_0-st] Affymetrix Human Gene 2.0 ST Array [probe set (exon) version]

• GPL16686    [HuGene-2_0-st] Affymetrix Human Gene 2.0 ST Array [transcript (gene) version]

HTA芯片设计的时候覆盖了 ~560 k exons and ~340 k exon-exon junctions ， 而且比mRNA-Seq 便宜，稳定性好。

看看TP53这个基因上面的探针设计

我们在 https://www.easana.com/ 网页搜索，可以看到主要的探针都集中在TP53中间的