rosetta软件_Rosetta快速入门指引

作者: 吴炜坤

Rosetta随着时间的发展，其功能越发强大，涉及的领域越来越多，关注的用户日益增长。但是Rosetta可能对于一些新人来说，入门的难度较大，因此本文希望以FAQ的形式来回答初次接触Rosetta的用户最关心的一些问题，帮助大家快速入门需要的咨询要点。

Q1 我可以用Rosetta解决什么问题？

Rosetta是基于蒙特卡罗模拟退火为算法核心的高分子建模软件库，由C++代码编写而成（也有python编写的部分）。通过Rosetta内置的打分函数以及各类方法来采样生物过程，评估和优化这些高分子结构，并输出所需的结果。

Rosetta普遍支持蛋白质、核酸以及化学小分子的计算，在使用前先了解Rosetta是否能解决我们即将遇到的生物学问题。以下链接作为参考：Rosetta可以解决什么样生物的问题

• Protein Structure Prediction
• Protein–Protein Docking
• Protein–Peptide Docking
• Protein–Ligand Docking
• Protein Design
• Protein Loop Modeling
• Nucleic Acids modeling
• Solving Crystal Structures
• Solving NMR structures

一旦确定我们的问题可以使用Rosetta来解决时，就需要查找某个实际的Rosetta应用或则方法流，详细可参考:Rosetta App列表，来具体了解每个用法和模块的使用方法。

此链接也可以帮助你快速确定哪些相关的应用是与你问题相关的 I want to sample X

Q2: 有哪些使用Rosetta中的途径？

https://www. rosettacommons.org/soft ware/ways-to-use#gui

Rosetta现在可以理解为一个生物分子建模的”程序库“，其中的功能可以被拆解或独立。Rosetta中的功能模块可以被多种途径使用:

• 通过安装和编译Rosetta源代码后，使用命令行来进行调用Rosetta的应用
• 通过安装PyRosetta包后，通过Python脚本进行调用（进阶）
• 通过编写RosettaScripts可以自定义用户需要的计算方法流程来实现特定的目的（进阶）
• Rosetta也有一些GUI界面，如PyRosetta Toolkit，Foldit等
• 在线服务器，Rosetta团队提供了学术免费的在线服务器，如ROSIE等，服务器预览列表(https://www.rosettacommons.org/software/servers)

通常对于新手在线服务器和编译安装的方式是最为常见的使用手段。

Q3: 我如何可以获取Rosetta的使用权限？

1. Rosetta（Foldit）源代码的版权获取

Rosetta免费提供给学术和政府实验室，已经颁发了超过10,000多个免费许可证。商业机构使用Rosetta每年需要付费一定的费用。商业机构使用请联系发送邮件联系license@uw.edu

如果您是学术研究人员或非盈利机构的负责人可以从此处进行Licenses的申请许可: https://els2.comotion.uw.edu/product/rosetta. 注意注册时需要审核学术邮箱。

2. PyRosetta的版权获取

PyRosetta同样是学术免费，商业收费的运营模式。

如果您是学术研究人员或非盈利机构的负责人可以从此处进行Licenses的申请许可: https://els2.comotion.uw.edu/product/pyrosetta. 注意注册时需要审核学术邮箱。

Q4 我应该选择哪个Linux系统来编译安装Rosetta比较好？

目前已有很多的免费的Linux发行版，一般而言，Rosetta发布前会在Ubuntu和CentOS7下进行编译测试(Message from Sergey Lyskov)。因此在选择系统时，应该优先选择这两个发行版。相对于Ubuntu的快速更新迭代，CentOS7的开发环境更加稳定。

对于新人友好度而言，我个人更加推荐在ubuntu下进行编译。

Q5 我该如何安装和配置Rosetta?

我经常收到一些朋友的来信，向我提问我应该如何安装Rosetta，或则是找不到安装快捷方式等。其实Rosetta并不是传统的exe应用，我们并不能像在windows下对图标进行双击来完成安装。

Rosetta的安装方式主要有两种，一种是通过源代码自行编译安装，另外一种是直接下载Rosetta的预编译版本(内含源代码)。对于新手入门，我建议直接下载预编译的版本（缺点就是下载包比较大，约~7GB）并正确设置所需要的环境。日后，对于Linux有了一定了解后的朋友可以选择自行编译安装的方式。

我们此处编写了Rosetta安装配置教程，可以参考以下链接：

Ubuntu Desktop下配置Rosetta安装教程

Q6 我可以在哪里找到Rosetta的入门资料？

Rosetta的官方文档地址为: https://www.rosettacommons.org/docs/latest/Home

其中对于新手可以从Rosetta的基础概念开始理解Rosetta的工作原理:

https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home中 Introduction to Rosetta的章节以及https://www.rosettacommons.org/docs/latest/rosetta_basics/Rosetta-Basics的所有章节

如果是PyRosetta的官方资料wiki地址为:http://www.pyrosetta.org/documentation

PyRosetta也有一些基础教程: http://www.pyrosetta.org/tutorials

PyRosetta最新的Jupyter代码示例教程: https://github.com/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks/tree/master/student-notebooks, 看完有助于理解Rosetta的运行原理。

站外的一些链接:

• 【Rosetta官网推荐资料】https://www.rosettacommons.org/docs/latest/getting_started/Resources-for-learning-biophysics-and-computational-modeling
• 【Jeff Gray课程系列-YOUTUBE】https://www.youtube.com/watch?list=PLHn7WmALbthnAwbJ4mWw5gk8dgqsjRL87&v=TUyo8NFi_3Q

如果我遇到了未列举问题，我该如果求助?

• 你可以尝试在RosettaCommon论坛发帖求助，但是这个论坛需要使用学术邮箱进行注册。
• 你也可以直接向开发者发送邮件，如果确定是程序的Bug, 请立即向开发者反馈。
• 也可以在利用Rosetta中文社区进行相关问题的检索。
• 加入Rosetta中文社区微信群讨论，需要入群请加微信kunkunkunkunkun。