Windows下Rosetta Commons ,PyRosetta软件安装方法,API在线及离线文档,Zeal工具安装方法

背景

PyRosetta是Rosetta的重要Python接口，该大分子Python包提供了大量Rosetta底层的类和函数调用API，可以说PyRosetta是媲美大分子药物开发领域的“RDkit”。该Python接口是由JHU大学的Jeffery Gray教授实验室领头开发，随着近年来Python语言的大热，越来越多人采用PyRosetta进行开发。

本文将简单地阐述如何配置PyRosetta开发环境。
由于某种原因,需要安装该软件,其实对于生物的学生来说,尤其是搞这么个软件安装,确实是挺不容易的,我看了半天的安装步骤也落泪啊!

需要给各位提醒的是: 需要Rosetta许可证才能下载和使用PyRosetta。学术和非营利机构可免费获得许可，商业用户可付费使用。PyRosetta的学术和商业许可通过Rosetta Commons使用标准的Rosetta许可证进行处理。

1.Windows上安装

1. 在 Windows 10 上安装 PyRosetta 的说明
2. [Deprecated] Legacy PyRosetta3 Download

1.1 账号注册

账号注册肯定是躲不过的,因为官方给出的下载链接都是必须通过注册的账号然后申请权限,官方会给你一个文档,给你下载链接的账户密码,登录才能下载.

https://www.rosettacommons.org/ 官网

下述页面链接 https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download

注册吧,如果是商业性质的话,是要通过邮件和官方取得连续并且获得授权的,付费的,如果是个人学习使用的话流程还是比较快的

注册完,然后请求下载,填写一些个人信息,就可以给你很多信息了

下述列表是我申请的一些软件,你也可以根据自己的需要去申请.

1.2 [Deprecated] Legacy PyRosetta3 Download 方法实际安装记录

我们来看下官方给出的解释:

Windows:

1. Obtain a Rosetta license from to receive a username and password.
2. Download the appropriate version of PyRosetta from the links above.
3. Unpack the downloaded file to to location of your choice.
4. From https://www.python.org download and install Python-2.7 64bit. This will install Python 2.7. When installing it, please use its
   default location C:\Python27.
5. [OPTIONAL] Download and install the advance console application for Windows from: http://sourceforge.net/projects/console/.
6. In an open terminal/console/command-line interface window, type ipython.
7. In Python, you should be able to import the PyRosetta library with the command import rosetta; rosetta.init().
8. (If this step does not produce a complaint or error, your installation has been successful.)

如果你已经成功注册账号,并且申请了产品的下载,那么下述文档你应该是有的,重点关注PyRosetta_Academic_Access.pdf

文档包含下述信息,在URL中输入官方给到的Username,Passwod即可下载
Username:
Password:
URL:
Technical Support:

如果你看到是1中的第二个方法安装,即点击下述链接下载软件,请不要使用迅雷插件接管下载! 否则会一直无法找到资源

点击Download,会重定向到下载界面,这里是需要账号密码的,

安装软件,首先按照要求安装py2.7,然后安装PyRosetta.Windows.64Bit

以上安装均以默认方式即可

安装完成后如下图所示,在桌面自动生成了两个图标.

双击iPythonRyRosetta的图标,然后键入:import rosetta; rosetta.init()

官网说的是无报错或者产生投诉都算安装成功,从上面的log看也看不出来,提示的是NOTICE,但是NOTICE里面又有rng device failure .

1.3 PyRosetta API文档

1.3.1 在线文档观看:

PyRosetta 4.0 documentation »PyRosetta module documentation

1.3.2 离线文档下载:

PyRosetta.docset

1.3.2.1 离线文档工具搭配:

• Dash是一款网红的API查询app，目前兼容mac。
• windows下可以采用Zeal ，二者都是能读取和使用docset格式的文档。
  • https://zealdocs.org/ 官网下载
  • Chocolatey 安装 choco install zeal

效果如下:

效果是有了,不过内容我也是都不懂,毕竟现在软件还得没跑起来. 后续会继续更新,不过这个应该是开发用的,我们现在需要的是一篇使用文档,先跑起来然后在想着二次开发或者接口使用.

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