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RSS订阅原创 【Amber】MMPBAS/GBSA
MMPBSA/GBSA在进行MD模拟的过程中，复合体水盒的prmtop文件已经生成，可以使用ante-MMPBSA.py脚本将复合体、蛋白受体、小分子配体的参数文件从水盒prmtop文件中分别提取出来。【1】prmtop文件拆分复合体prmtop文件，只需要去除水分子、金属离子ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c com.prmtop -s ":WAT,Na+,MG" --radii=mbondi2蛋白质受体prmtop文件，去除水分子以及小分子配体、金属离子an
2023-05-04 09:39:17
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原创 Tcl-chemshell安装
一、依赖安装tcl安装此处以tcl8.5.11为例wget ftp://ftp.dl.ac.uk/qcg/ChemShell/tcl8.5.11-src.tar.gztar xvf tcl8.5.11-src.tarcd tcl8.5.11/unix./configure --prefix=/path/tcl8.5.11makemake install此外还以赖于gcc与openmpi或intelmpi二、Tcl-chemshell安装tar -xvzf chemsh-3.7.0.t
2022-02-09 17:05:06
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原创 服务器连接校园网/教育网
ssh -L 18097:登录页面ip地址:80 username@服务器ip地址如ssh -L 18097:1.2.3.4:80 sylar@172.255.255.1之后在本地浏览器打开http://localhost:18097/输入帐号密码登录即可
2022-01-08 18:30:03
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原创 【ORCA】QM/QM2
下载xtbhttps://github.com/grimme-lab/xtb/releases将bin/xtb复制到orca文件夹下重命名为otool_xtb以NEB-TS为例neb.inp!QM/XTB2 R2SCAN-3C #H层使用R2SCAN-3C，L层使用xtb!Fast-NEB-TS NumFreq #NEB-TS 不做振动%pal nprocs 20 end%maxcore 2000%qmmmQMAtoms {671:690} {1142:1245} end #H层原子
2021-12-03 18:37:31
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原创 【G16】【ORCA】【GFN-xTB】
%chk=ANB.chk%nproc=32maxdisk=30gb#opt wb97xd/def2TZVPNAME0 1 C 2.62826164 -45.76915995 -0.74128212... H 3.61442652 -44.76649334 1.49098059#OPT%pal nprocs 10 end!r2SCAN-3c def2-QZVPP Slowconv tightscf D
2021-10-11 11:07:22
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原创 【Amber】QM/MM-D-ABMD
一、简介ABMD是Amber中整合的用于计算自由能变化的算法，通过定义反应座标，可以计算包括底物进出等多种情况的自由能曲线，该记录以计算底物进出为例。二、流程&cntrl imin = 0, irest = 0, igb = 0, dielc = 1.0, ntx = 1, ntb = 1, ntt = 3, ntp = 0 temp0 = 300.0, tautp = 2.0, tol = 0.00001, ntc = 2, ntf = 2, iwrap = 1 c
2021-08-31 15:22:53
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原创 非Root用户安装gcc8.4.0
1.下载https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/gcc/gcc-8.4.0/2.解压tar zxvf gcc-8.4.0.tar.gzcd gcc-8.4.03.下载依赖./contrib/download_prerequisites4.创建编译文件夹mkdir bulidgcccd buildgcc5.编译安装../configure -enable-checking=release -enable-languages=c,c++ -
2021-07-28 17:52:46
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原创 【Rosetta】RoseTTAFold安装
1、下载git clone https://github.com/RosettaCommons/RoseTTAFoldcd RoseTTAFold2、配置环境cuda11conda env create -f RoseTTAFold-linux.ymlcuda10conda env create -f RoseTTAFold-linux-cu101.yml3、下载权重文件并解压wget https://files.ipd.uw.edu/pub/RoseTTAFold/weights
2021-07-16 17:51:43
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原创 【Amber】含膜体系MD
一、体系构建Amber含有识别膜的lipid14、17力场，但本身不支持生成膜，需要用第三方的手段，这里介绍使用CHARMM-GUI构建1、蛋白文件准备蛋白质文件是否含有配体无所谓，但必须包含链的信息，氨基酸命名等正常即可2、构建膜体系【1】进入CHARMM-GUIhttps://charmm-gui.org/需要注册登陆【2】进入膜构建页面右上方选择input generator后进入功能选项，选择Membrane Builder-Bilayer Builder【3】上传文件并勾选文
2021-06-15 16:22:49
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原创 【Amber】分子动力学结果分析(二)PMF
处理有偏采样轨迹nfe-umbrella-slice [options] bias_potential.nc-h,–help Print out a usage summary-p,–pretend Only print out the basic properties of source without biasing potential data (off by default)-g,–gradient Print out the gradients (off by default)-r,–
2021-05-24 13:02:46
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原创 【Amber】orc_job.tpl
#Run using SANDER file-based interface for Orca!B97-3c slowconv%pal nprocs 32 end%methodgrid 6finalgrid 7end%scfDirectResetFreq=1TolE 1e-8TolRMSP 1e-8TolMaxP 1e-7maxiter 100end%MaxCore 4096
2021-05-23 13:58:12
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原创 FATAL: Atom .R＜CYM 383＞.A＜H 11＞ does not have a type.
在加载PM3力场碰到的，修改位于amber20/dat/leap/lib下的对应lib即可，其中对于H的原子类型，在PM3中是HN，19SB为H
2021-05-21 13:26:29
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原创 【gabedit】安装
下载地址https://sites.google.com/site/allouchear/Home/gabedit/download缺库手动下载安装https://pkgs.org/
2021-05-17 17:08:54
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原创 【Amber】使用高斯16优化小分子结构并计算RESP电荷
Amber中对小分子处理不包括结构优化与RESP电荷的计算，仅计算bcc电荷，完全够用但相对准确性较低，记录一下使用G16优化小分子结构并计算RESP的流程一、小分子准备小分子可以是新绘制的或已有的，格式为X.pdb或X.mol2二、转换为高斯输入格式使用Gaussview打开小分子结构文件，保存为X.gjf格式文件内容类似以下，写法细节不再说明，请参考高斯手册%chk=X.chk%nproc=32#HF/6-31G* SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) i
2021-05-10 12:36:20
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原创 【Rosetta】定义非标准氨基酸到本地库
在使用Rosetta做docking或其他应用时会碰到需要使用非标准氨基酸，有两种解决方法：一、将对应的氨基酸删除，添加一个修改后的氨基酸作为一个ligand添加到体系中，再将该ligand与主链连接到一起。二、定义一个新的氨基酸。这里记录第二种方法，以半胱氨酸为例，目的为去掉半胱氨酸连接在S上的氢，方便后续使用首先，进入Rosetta的氨基酸参数库，位于path/rosetta/main/database/chemical/residue_type_sets该文件夹下包含多个氨基酸库，一般只使用
2021-04-25 14:48:16
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原创 【Multiwfn】计算RESP电荷
一、TPP及周围分子结构文件补齐缺失键，保存为.mol2或.pdb格式二、使用gaussview打开，保存为.gif格式三、修改TM.gif文件%chk=TM.chk%nprocshared=36 #36线程%mem=50000MB #内存分配maxdisk=30GB #硬盘分配# opt=cartesian b3lyp/6-31g(d) #结构优化，使用笛卡尔坐标系TM-2 2 #-2指体系所带电荷 N 1
2021-04-07 14:32:23
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原创 ubantu20.4安装synergy1.3.8与win10安装synergy1.3.1共享键鼠
windows版下载http://here.vixual.net/files/windows/synergy/linux版下载http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/s/synergy/均下载1.3版本分别安装后，在ubantu用户文件夹下创建.synergy.conf，写入以下内容section: screens REN7000K-28IMB: LEGION:endsection: links REN7000K-28IMB:
2021-03-25 13:27:02
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原创 提取pdb氨基酸序列
conda install -c schrodinger pymolpymol X.pdb -c -d "save X.fasta"
2021-03-05 11:32:44
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原创 ImageMagick
vmd在生成git时会出错，需要自行将多张bmp图片合并为gifconvert -delay 0 *.bmp -loop 0 animated.gif-delay 延迟/10ms-loop 循环次数
2021-03-04 14:27:16
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原创 【Amber】分子动力学结果分析(一)mdout_analyzer.py
目录mdout_analyzer.py简介脚本修改mdout.py运行报错解决方法widgets.pymdout_analyzer.py简介mdout_analyzer.py是Amber自带的分析工具，在可视化界面可以轻松对MD结果的各项输出进行绘图分析。主界面绘图参数设置界面例：脚本修改mdout.py在编译安装Amber20后，mdout_analyzer.py位于AMBERHOME/bin文件夹下，并基于编译过程中安装的python3.8运行，本身没有问题，但其调用的mdout.
2021-02-26 14:56:07
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原创 Amber20安装
一、环境1.Ubuntu 20.04.1 LTS2.gcc-8.4.03.cmake-3.16.3未安装python、屏蔽anaconda二、 Amber20安装1.下载Amber20.tar.bz2AmberTools20.tar.bz22.解压tar jxvf Amber20.tar.bz2tar jxvf AmberTools20.tar.bz23.在amber20_src文件夹外创建编译文件夹buildmakdir bulid4.进入cd build5.安装
2021-02-23 20:35:45
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原创 Amber18安装
一、依赖安装1.gcc-4.8.5安装1.下载2.解压tar -jxvf gcc-4.8.5.tar.bz2 3.进入解压后的目录cd gcc-4.8.5 4.下载和安装依赖库./contrib/download_prerequisites 7.编译安装../configure --prefix=/path/gcc -enable-checking=release -enable-languages=c,c++,fortran -disable-multilib make
2021-02-23 13:55:42
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原创 【Amber】带小分子配体分子动力学模拟
Amber 带小分子配体MD适用于Amber18版本使用Amber做带小分子配体的MD时，由于Amber无法识别小分子，需要对小分子做处理，相比于单纯蛋白分子的MD步骤会繁琐一些，在此记录一下。一、文件准备1.文件检查拆分含配体的复合体pdb文件可以来自晶体或对接结果，其中小分子与蛋白分子的相对位置将会是MD的初始位置，在准备过程中需要检查确认。【1】首先在可视化软件如薛定谔等检查复合体中小分子，确保其键连准确，没有原子，特别是氢原子的缺失。【2】检查完毕后保存复合体文件，使用文本编辑器打开，
2021-02-10 13:07:15
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