cpan安装_生信平台搭建(五):安装perl模块

本文介绍了在生物信息分析中如何安装和管理Perl模块,特别是对于依赖Perl模块的软件如circos。当遇到'Can't locate XXX.pm'错误时,通常需要安装缺失的模块。推荐使用yum安装,因为软件源包含了大部分模块并能自动解决依赖。对于yum无法安装的模块,可以借助cpanm工具,但需注意安装路径和环境变量的设置。提供了一步到位的安装解决方案。
摘要由CSDN通过智能技术生成

perl模块也是生物信息分析中经常需要配置的东西,尽管很多人觉得python很流行,但是依然有大量的生物软件依赖于perl模块,如果配置不正确就无法运行,典型的就是circos,里面调用大量perl的模块,缺少任何一个都无法运行。因此配置perl模块是很重要的一项工作。

Can't locate XXX.pm

如果遇到这种错误,就是缺少相应的perl模块,导致软件无法运行。perl模块一般安装到以下目录中,如果所有的目录都没有,就会提示找不到。

perl -e 'print join "\n",@INC;'

yum安装

因为perl模块是Linux世界中非常重要的组成部分,因此centos或者ubuntu默认的软件源中都会内置大量perl的模块,采用这种方式安装是最好的方式,因为来自软件源里的内容都会安装成功,并且自动解决好依赖。首推这种方式。
这里是circos必须的模块。

Carp
Clone
Config::General
Cwd
Data::Dumper
Digest::MD5
File::Basename
File::Spec::Functions
File::Temp
FindBin
Font::TTF::Font
GD
GD::Image
Getopt::Long
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