perl模块也是生物信息分析中经常需要配置的东西,尽管很多人觉得python很流行,但是依然有大量的生物软件依赖于perl模块,如果配置不正确就无法运行,典型的就是circos,里面调用大量perl的模块,缺少任何一个都无法运行。因此配置perl模块是很重要的一项工作。
Can't locate XXX.pm
如果遇到这种错误,就是缺少相应的perl模块,导致软件无法运行。perl模块一般安装到以下目录中,如果所有的目录都没有,就会提示找不到。
perl -e 'print join "\n",@INC;'
yum安装
因为perl模块是Linux世界中非常重要的组成部分,因此centos或者ubuntu默认的软件源中都会内置大量perl的模块,采用这种方式安装是最好的方式,因为来自软件源里的内容都会安装成功,并且自动解决好依赖。首推这种方式。
这里是circos必须的模块。
Carp
Clone
Config::General
Cwd
Data::Dumper
Digest::MD5
File::Basename
File::Spec::Functions
File::Temp
FindBin
Font::TTF::Font
GD
GD::Image
Getopt::Long