ggplot2设置坐标轴范围_ggplot2学习笔记之图形排列

作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源

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简介

R语言基本绘图函数中可以利用par()以及layout()来进行图形排列,但是这两个函数对于ggplot图则不太适用,本文主要讲解如何对多ggplot图形多页面进行排列。主要讲解如何利用包gridExtra、cowplot以及ggpubr中的函数进行图形排列。

绘制图形

#load packages
library(gridExtra)
library(cowplot)
library(ggpubr)
#dataset ToothGrowth and mtcars
mtcars$name mtcars$cyl head(mtcars[, c("name", "wt","mpg", "cyl")])

420c1930d1919437f8a58046350fad83.png

#First let's create some plots
#Box plot(bxp)
bxp #Dot plot(dp)
dp #An ordered Bar plot(bp)
bp color="white", #Set bar border colors to white
palette = "jco", #jco jourbal color palette
sort.val = "asc", #Sort the value in ascending order
sort.by.groups = TRUE, #Sort inside each group
x.text.angle=90 #Rotate vertically x axis texts )
bp+font("x.text", size = 8)

3d122fe68284598d62275de1ae4b4882.png

#Scatter plots(sp)
sp conf.int = TRUE, #Add confidence interval
color = "cyl", palette = "jco",#Color by group cyl
shape = "cyl" #Change point shape by groups cyl
)+
stat_cor(aes(color=cyl), label.x = 3) #Add correlation coefficientsp

96f2e23962cd0d0278f9d7df16ba5254.png

图形排列

多幅图形排列于一面

ggpubr::ggarrange()

ggarrange(bxp, dp, bp+rremove("x.text"), labels = c("A", "B", "C"), ncol = 2, nrow = 2)

926e64ad3eaf39a564f1dfcb9617aac0.png

cowplot::plot.grid()

plot_grid(bxp, dp, bp+rremove("x.text"), labels = c("A", "B", "C"), ncol = 2, nrow = 2)

926e64ad3eaf39a564f1dfcb9617aac0.png

gridExtra::grid.arrange()

grid.arrange(bxp, dp, bp+rremove("x.text"), ncol=2, nrow=2)

f30669b93d470ebd0a6e3248e12f8c83.png

排列图形注释

ggpubr::annotate_figure()
figure annotate_figure(figure, top=text_grob("Visualizing mpg", color = "red",
face = "bold", size=14), bottom = text_grob("Data source:\n mtcars data set",
color = "blue", hjust = 1, x=1, face = "italic", size=10), left = text_grob("Figure arranged using ggpubr", color = "green", rot = 90),
right = "I'm done, thanks :-)!", fig.lab = "Figure 1", fig.lab.face = "bold")

83dd79e32f79983021c386f57922f824.png

绘图面板对齐

绘制生存曲线

library(survival)
head(colon[, c(1:4)])
#Fit survival curves
fit library(survminer)
ggsurv pval = TRUE, pval.coord=c(500, 0.4), #Add p-value
risk.table = TRUE #Add risk table)
names(ggsurv)
`

## [1] "plot" "table" "data.survplot" "data.survtable"

ggsurv是一个包含两部分的list

  • plot:生存曲线

  • table:风险表
    可以用ggarrange()进行排列这两者

    ggarrange(ggsurv$plot, ggsurv$table, heights = c(2, 0.7), ncol = 1, nrow = 2)

    上图中的坐标轴没有对齐,可以通过参数align来设置

    ggarrange(ggsurv$plot, ggsurv$table, heights = c(2, 0.7), ncol = 1, nrow = 2, align = "v")

    4d9c0470351bab15952fec42f2723275.png

    a0c53d99e84c10e15c2d382ca169fef4.png

改变排列图的行列

设置面板为两行两列,其中sp占据第一行的两列,bxp以及dp置于第二行的两列

ggarrange(sp, #First row with scatter plot(sp)
ggarrange(bxp, dp, ncol = 2, labels = c("B","C")),#Second row with box and dot plot
nrow = 2, labels = "A" #Labels of the scatter plot)

d174695501c6d2079e6273f49deb7c68.png

R包cowplot

cowplot::ggdraw()可以将图形置于特定位置, ggdraw()首先会初始化一个绘图面板, 接下来draw_plot()则是将图形绘制于初始化的绘图面板中,通过参数设置可以将图形置于特定位置。

draw_plot(plot, x=0, y=0, width=1, height=1)

其中:

  • plot:将要放置的图形

  • x,y:控制图形位置

  • width,height:图形的宽度和高度

  • draw_plot_label():为图形添加标签

    draw_plot_label(label, x=0, y=1, size=16, ...)

    其中:

  • label:标签

  • x,y:控制标签位置

  • size:标签字体大小

下面通过一个例子来讲解如何将多个图形放置在特定的位置。

ggdraw()+ draw_plot(bxp, x=0, y=0.5, width=0.5, height = 0.5)+
draw_plot(dp, x=0.5, y=0.5, width = 0.5, height = 0.5)+
draw_plot(bp, x=0, y=0, width = 1.5, height = 0.5)+
draw_plot_label(label = c("A", "B", "C"), size = 15, x=c(0, 0.5, 0), y=c(1, 1, 0.5))

6fc8586dee7384711875de19ce8b2a7b.png

R包gridExtra

gridExtra::arrangeGrop()改变行列分布

下面将sp置于第一行并横跨两列,而bxp和dp分别分布于第二行两列

grid.arrange(sp, #First row with one plot spaning over 2 columns
arrangeGrob(bxp, dp, ncol = 2), #Second row with 2plots in 2 different columns
nrow=2) #number of rows

11d9c05dfe96db446e916c762571d9ac.png

也可以通过函数grid.arrange中的layout_matrix来设置复杂的图形布局

grid.arrange(bp, #bar plot spaning two columns
bxp, sp, #box plot amd scatter plot
ncol=2, nrow=2, layout_matrix=rbind(c(1, 1), c(2, 3)))

d70a416ef8b1eef85f1b67d6c44f5011.png

要相对grid.arrange()以及arrangeGrob()的输出进行注释,首先要利用as_ggplot()将其转化为ggplot图形,进而利用函数draw_plot_label()对其进行注释。

gt p draw_plot_label(label = c("A", "B", "C"), size = 15, x=c(0, 0, 0.5), y=c(1, 0.5, 0.5))
p

d7433f5d923064d146586d15762f3bac.png

R包grid

R包grid中的grid.layout()可以设置复杂的图形布局,viewport()可以定义一个区域用来安置图形排列,print()则用来将图形置于特定区域。总结起来步骤如下:

  • 创建图形p1,p2,p3,…

  • grid.newpage()创建一个画布

  • 创建图形布局,几行几列

  • 定义布局的矩形区域

  • print:将图形置于特定区域

library(grid)
#Move to a new page
grid.newpage()
#Create layout:nrow=3, ncol=2
pushViewport(viewport(layout = grid.layout(nrow=3, ncol=2)))
#A helper function to define a region on the layout
define_region viewport(layout.pos.row = row, layout.pos.col = col)}
#Arrange the plots
print(sp, vp=define_region(row=1, col=1:2)) #Span over two columns
print(bxp, vp=define_region(row=2, col=1))
print(dp, vp=define_region(row=2, col=2))
print(bp+rremove("x.text"), vp=define_region(row=3, col=1:2))

设置共同图例

ggpubr::ggarrange()可以为组合图形添加共同图例

  • common.legeng=TRUE:在图形旁边添加图例

  • legend:指定legend的位置,主要选项有:top、bottom、left、right。

    ggarrange(bxp, dp, labels = c("A", "B"), common.legend = TRUE, legend = "bottom")

    2b173111588baba7b6b83be1cca46144.png

含有边际密度图的散点图

sp palette = "jco", size=3, alpha=0.6)+border()
#Marginal density plot of x(top panel) and y(right panel)
xplot yplot #Clean the plots
xplot yplot #Arrange the plots
ggarrange(xplot, NULL, sp, yplot, ncol = 2, nrow = 2, align = "hv", widths = c(2, 1),
heights = c(1, 2), common.legend = TRUE)

bbda6b1783bd6ab1f3129368170bace5.png

ggplot图、文本、表格组合

density.p #Compute the summary table of Sepal.Length
stable stable #Summary table plot, medium and theme
stable.p text text.p #Arrange the plots on the same page
ggarrange(density.p, stable.p, text.p, ncol = 1, nrow = 3, heights = c(1, 0.5, 0.3))

7d4553fd4f79db34edb2199e9beb20b0.png

ggplot图形中嵌入图形元素

ggplot2::annotation_custom()可以添加各种图形元素到ggplot图中

annotation_custom(grob, xmin, xmax, ymin, ymax)

其中:

  • grob:要添加的图形元素

  • xmin, xmax: x轴方向位置(水平方向)

  • ymin, ymax: y轴方向位置(竖直方向)

ggplot图形中添加table

density.p+annotation_custom(ggplotGrob(stable.p), xmin = 5.5, xmax = 8, ymin = 0.7)

e7d2d452f8f24fd9c2d6cf35f3ebbb91.png

ggplot图形中添加box plot

sp xbp ybp # Create the external graphical objects
# called a "grop" in Grid terminology
xbp_grob ybp_grob #place box plots inside the scatter plot
xmin xmax ymin ymax yoffset xoffset # Insert xbp_grob inside the scatter plots
p+annotation_custom(grob = xbp_grob, xmin = xmin, xmax = xmax,
ymin = ymin-yoffset, ymax = ymin+yoffset)+
# Insert ybp_grob inside the scatter plot
annotation_custom(grob = ybp_grob, xmin = xmin-xoffset,
xmax=xmin+xoffset, ymin=ymin, ymax=ymax)

cc90cb79bad67e1840deab65913451f2.png

ggplot图形添加背景

#import the imageimg.file img 

利用ggpubr::background_image()为ggplot图形添加背景图

library(ggplot2)
library(ggpubr)
ggplot(iris, aes(Species,Sepal.Length))+
background_image(img)+
geom_boxplot(aes(fill=Species), color="white")+ fill_palette("jco")

620817979574bb3434b71c882e00c65b.png

修改透明度

ggplot(iris, aes(Species,Sepal.Length))+
background_image(img)+geom_boxplot(aes(fill=Species), color="white", alpha=0.5)+
fill_palette("jco")

b4d1f72fa384d6908efec9c24934f0eb.png

多页排列

日常工作中我们有时要绘制许多图,假如我们有16幅图,每页排列4张的话就需要4页才能排完,而ggpubr::ggarrange()可以通过制定行列数自动在多页之间进行图形排列

multi.page 

上述代码返回两页每页两图

multi.page[[1]]

f7455cd51ad248a1b51c46212b6a2bbe.png

multi.page[[2]]

6d4fcc89127dbbbb695e824b4ed599b2.png

利用ggarrange()嵌套布局

p1 p2 heights = c(1, 0.5, 0.3))
ggarrange(p1, p2, ncol = 2, nrow = 1)

aaf4559800326e08e216a65fe6bef992.png

SessionInfo

sessionInfo()
## R version 3.4.1 (2017-06-30)
## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
## Running under: Windows 10 x64 (build 15063)
##
## Matrix products: default
##
## locale:
## [1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936
## [2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936
## [3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936
## [4] LC_NUMERIC=C
## [5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936
##
## attached base packages:
## [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods
## [8] base
##
## other attached packages:
## [1] survminer_0.4.0 survival_2.41-3 ggpubr_0.1.5 magrittr_1.5
## [5] cowplot_0.8.0 ggplot2_2.2.1 gridExtra_2.2.1
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] zoo_1.8-0 purrr_0.2.3 reshape2_1.4.2
## [4] splines_3.4.1 lattice_0.20-35 colorspace_1.3-2
## [7] htmltools_0.3.6 yaml_2.1.14 survMisc_0.5.4
## [10] rlang_0.1.2 foreign_0.8-69 glue_1.1.1
## [13] bindrcpp_0.2 bindr_0.1 plyr_1.8.4
## [16] stringr_1.2.0 munsell_0.4.3 gtable_0.2.0
## [19] ggsci_2.7 psych_1.7.5 evaluate_0.10.1
## [22] labeling_0.3 knitr_1.17 parallel_3.4.1
## [25] broom_0.4.2 Rcpp_0.12.12 xtable_1.8-2
## [28] scales_0.4.1 backports_1.1.0 cmprsk_2.2-7
## [31] km.ci_0.5-2 mnormt_1.5-5 png_0.1-7
## [34] digest_0.6.12 stringi_1.1.5 dplyr_0.7.2
## [37] KMsurv_0.1-5 rprojroot_1.2 tools_3.4.1
## [40] lazyeval_0.2.0 tibble_1.3.3 tidyr_0.7.0
## [43] pkgconfig_2.0.1 Matrix_1.2-11 data.table_1.10.4
## [46] assertthat_0.2.0 rmarkdown_1.6 R6_2.2.2

## [49] nlme_3.1-131 compiler_3.4.1

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