利用ggseqlogo绘制seqlogo图

作者简介Introduction

taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。

个人博客: https://ytlogos.github.io/

公众号：生信大讲堂

往期回顾

R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot

R语言学习笔记之相关性矩阵分析及其可视化

ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记

ggplot2学习笔记系列之主题（theme）设置

用circlize包绘制circos-plot

利用R语言绘制世界航班路线图

简介

sequence logo图用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。这方面有很多在线小工具可以完成，这里使用R包ggseqlogo进行可视化。

安装

安装方式有两种

#直接从CRAN中安装

install.packages("ggseqlogo")

#从GitHub中安装

devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")

数据加载

ggseqlogo提供了测试数据ggseqlogo_sample。

#加载包

library(ggplot2)

library(ggseqlogo)

#加载数据

data(ggseqlogo_sample)

ggseqlogo_sample