MATLAB画聚类热图,使用ComplexHeatmap绘制热图

初学R，慢慢摸索。

安装：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ComplexHeatmap")

library(ComplexHeatmap)

library(circlize) #设置颜色？

2.导入数据并绘图

链接里面用的是R的测试数据，我要用自己的数据画图，首先导入：

setwd('/Users/arabidopsis/Downloads/8-RNA-seq/')

heat

heat_matrix

pdf('2_heat_map-2.pdf') #保存为pdf文件

Heatmap(heat_matrix, name = "FPKM", col = colorRamp2(c(0, 10, 50), c("blue", "white", "red")), show_row_names = FALSE) #绘图

dev.off()

3.绘图参数

col = colorRamp2(c(0, 10, 50), c("blue", "white", "red")) #设置绘图的颜色，可以根据数据实际情况调整

show_row_names = FALSE #是否显示每行名称，默认是TRUE。如果数据很多，行名称会堆叠显示，而且字非常小，感觉没必要

column_title = "Column title" # 显示列标题

column_title_side = "top" #设置列标题的位置，可选"top"或"bottom"

column_title_gp = gpar(fontsize = 14, fontface = "bold") #更改列文本的字体

row_title = "Row title", row_title_gp = gpar(fontsize = 14, fontface = "bold")) #设置行标题和字体格式

row_title_side ="right" #设置行标题的位置，可选"left"或者"right"

row_title_gp #更改行文本的字体

show_column_names：是否显示列名称。默认值为TRUE

width = unit(4, "cm") #设置图像宽度，是对cell宽度进行调整的一种简单方法。好像不能通过height调整宽度

#### 或者通过调整保存PDF的大小，调整修改图像的长宽比 ####

pdf('test.pdf',width=4, height=10)

......

dev.off()

除了这些常用的参数以外，还可以自定义树外观，修改聚类距离计算方式，热图拆分等等方法，具体可以参考上面的链接