python list append慢_为啥我的Python这么慢 (一)

最新推荐文章于 2023-10-11 17:27:38 发布
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长假结束了，这不痛苦。痛苦的是长假结束了，发现写的基因组读取程序还没运行完？

在Python系列教程中，我们提到一个概念字符串是不可修改的。这一点可以通过id函数来判断确实是对的。但是这个概念会对我们写作程序有什么影响一直没有特别深的理解。

直到有一次，实验室一个朋友要读基因组数据，结果发现3 G的基因组读一晚上都没读完，就很诧异，看了下代码，这么写的。

基因组序列是GRCh38.fa，FASTA格式，序列行每行70个字符，共44,284,892行 (记住行数有多大)，示例如下。

>chr1

NNNNN...(60个N)...NNNNN

ACGTA...(60个Nt)...ACGTA

...

>chr2

NNNNN...(60个N)...NNNNN

ACGTA...(60个Nt)...ACGTA

...

读取程序如下(这里只选了读取基因组的部分，点击查看更多FASTA的操作)：

aDict = {}

for line in open("GRCh38.fa"):

if line[0] == '>':

key = line[1:-1]

aDict[key] = ''

else:

aDict[key]+=line.strip()

程序看上去没问题，获取id，读取一行附加在前一行后面，逻辑是对的。然后运行上程序，回去睡觉，满心欢喜期待第二天早上出来获得结果&

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weixin_39963255
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