python构建矩阵_python-使用pandas从多个文件构建矩阵

在具有2列的目录中有多个文件(20),例如

transcript_id value

ENMUST001 2

ENMUST003 3

ENMUST004 5

每个文件中的行数不同我想做的就是以这种方式将所有20个文件合并到一个巨大的矩阵中

transcript_id value_file1 value_file2....value_file20

ENMUST001 2 3

ENMUST003 3 4

ENMUST004 5 0

从transcript_id列收集所有id,并从每个文件(文件名作为列名)中收集对应的值,如果没有值,则使用0.

我试图用熊猫来做到这一点,

import os

import glob

import pandas as pd

path = 'pathtofiles'

transFiles = glob.glob(path + "*.tsv")

df_files = []

for file in transFiles:

df = pd.read_csv(file, sep='\t')

df.set_index('transcript_id')

df_files.append(df)

df_combine = pd.concat(df_files, axis=1).fillna(0)

Error:

ValueError: No objects to concatenate

想知道非熊猫方式是否是更好的方法？任何伪代码表示赞赏.

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找到输出

df.set_index('transcript_id')

print (df.shape