bio linux 创建_MCScanX 在biolinux上安装及使用

内容已经更新，可观看《基因家族分析实操课程》MCScanX分析使用；

一、软件安装

1.安装软件下载地址主页：MCScanX

MCScanX源码地址，把这个文件下载下来：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip

下面的代码，可在我们的biolinux系统上直接执行，创建目录及下载：

cd /biosoft

sudo wget http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip

如果下载比较慢，可通过虚拟机共享目录传递过去；

2，下载完成之后，就可以解压安装了：

unzip MCScanX.zipcdMCScanX

make

因为/biosoft 为root的目录，所以遇到权限问题时在命令前面加sudo 之后再运行就没问题了；

二、基因家族复制加倍分析(练习)

官方网站上提供测试代码，还有测试数据，存放在MCScanX安装目录的data目录当中，非常适合初学者练习：

data目录数据：

1.先来运行一下共线性分析(物种内，拟南芥为例第一个例子)

使用拟南芥的测试数据at开头的文件，用了data目录下的两个文件，at.gff 和at.blast 分别为基因的位置信息和blast比对结果：

官方例子&