bootstrap 检验 法 原理_系统发育分析背后的几种算法—距离法

提到构建系统发育树，我们大概都会想到一堆的软件，如下表：

(图片来源：H.O. Minoarivelo, 2015)

这些软件背后的算法主要分为四种：比如当下最广泛使用的MEGA，就提供了最大似然法、最大简约法、距离矩阵法，可以选择bootstrap法测验，每个方法也提供了不同的进化模型以供选择。而近年来引用量逐年攀升的MrBayes，采用的则是贝叶斯推断法。

这四种方法到底有什么不同，我们来看一看。

首先是距离矩阵法(distance matrix method)

顾名思义，是基于距离矩阵构建的系统发育树，那么什么是距离矩阵？

wiki给出的解释是a distance matrix is a square matrix (two-dimensional array) containing the distances, taken pairwise, between the elements of a set. 即距离矩阵是一个二维的数组，这个二维数组中包含了数据集中两两元素之间距离。

但是！ 距离是怎么计算的呢？

在系统发育分析中，我们称为遗传距离，指的是所有成对实用分类单元OTU(operational taxonomic units)之间的距离(或称差异值)，实用分类单元可以是个体、群体或物种、种上分类单元或基因家族。所选用的数据可以是序列也可以是其他性状数据。

如下，假定有n个OTU，那么将组成n x n 的矩阵，需要计算的成对距离有n(n-1)/2个。

	OTU1	OTU2	OTU3	…	OTUn
OTU1	-	d12	d13	…	d1n
OTU2