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RSS订阅原创 小脚本（-）判断变量类型
R软件小脚本，用于判断变是连续性变量还是分类变量，并输出变量名，方便制作table1。一个函数，不要忘记source加载哦。
2024-03-31 15:12:37
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原创 纵向数据分析之Landmark analysis
纵向数据分析有多种分析方法，之前讲过了混合线性效应模型，这次讨论Landmark analysis（LM），后续讨论joint model方法。学无止境，但作为应用派，我们要知道什么时候用什么方法。
2024-01-03 14:00:41
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原创 数据基础操作之长宽数据转换
我们得到pbc_counts表格，可以看到我们生成了visit_number这一列，其中每个数值代表了每个病人随访第几次。很简单，pbc数据没有具体的固定的的随访间隔，我们只能按照随访次数。现在为了适合trajeR包，我们还需要将时间time转换为宽数据，但问题是，没有固定的随访间隔，怎么办呢？下面进行长宽数据转换时，我们需要去除year列，这一列数据没有规律，几乎没有重复值，不删除的话，无法合并。下面我们主要关注胆红素，所以尝试以胆红素为核心进行数据的长宽转换。本次讲解数据的基础操作之长宽数据转换。
2023-12-24 14:20:05
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原创 R软件纵向数据分析（三）非线性纵向数据
之前两篇推文，主要介绍了混合线性效应模型，因为博主是一名临床医生，所以只关注生物医学方面的纵向数据或重复测量数据的分析，在生物医学中，非线性关系广泛存在。
2023-12-08 18:36:57
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原创 R软件纵向数据分析概述（二）
下面正式进入纵向数据的分析，从前文我们知道时间（time）是最重要的影响因素，其次就是分组，这里分组指的性别，推而广之，如果是临床资料，分组可能是不同的研究中心，不同的药物等等。在正式进入下一站前，我们需要思考几个有意思的问题：原文：In the next sections, we are going to answer the following three main questions:时间效应：随着时间推移，平均响应轨迹的形状是什么？群体效应：不同个体群体之间的平均差异是多少？
2023-12-05 14:28:01
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原创 R软件纵向数据分析概述（一）
本文是对Rpubs网站的翻译和扩展，原文见链接。原文对纵向数据有一个很好的概括和解释，原文有纵向数据特点的解释和实战部分，本人仅对实战部分进行翻译和代码解释。
2023-12-04 23:01:57
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原创 生信文章复现学习 PMID：36898287(三)
本文仅做logistic回归分析构建的列线图部分，其余部分已经很简单，包括DCA曲线 ROC曲线 相关性棒棒糖图，已经有不少教程，而且箱式图等也不难。因此不再进一步做了。
2023-11-18 11:11:27
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原创 生信文章复现学习 PMID：36898287(二)
上文复现了DEG和WGCNA之后，与原文章有出入，最后我借用sangerbox工具取交集，选出210个gene进行LASSO和SVM分析，继续筛选核心基因，其实可以使用更多的机器学习办法，如随机森林和Xgboost。LASSO回归结果和原文差别不小，我注意到原文四个基因都在那210个基因中，但是LASSO只选出了6个，其中只有2个基因和原文一致，LASSO具体参数尚不清楚。取前38个基因和LASSO取交集，只有SOCS2和FOSB和原文一致，SVM估计参数也不一样，恳请指正。
2023-11-12 15:45:29
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空空如也
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