Anaconda安装以及使用

1:安装

       conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用 微笑.jpg），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。

2:conda常用的命令。

    1）conda list 查看安装了哪些包。

    2）conda env list 或 conda info -e 查看当前存在哪些虚拟环境

    3）conda update conda 检查更新当前conda

3:创建环境

conda create -n your_env_name python=X.X（2.7、3.6等）
# 同时安装必要的包
conda create -n env_name numpy matplotlib python=2.7

4:添加镜像源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes 

5:安装包

conda install gatk

6、使用激活(或切换不同python版本)的虚拟环境。

    打开命令行输入python --version可以检查当前python的版本。

    使用如下命令即可 激活你的虚拟环境(即将python的版本改变)。

    Linux:  source activate your_env_name(虚拟环境名称)

    Windows: activate your_env_name(虚拟环境名称)

   这是再使用python --version可以检查当前python版本是否为想要的。

7、关闭虚拟环境(即从当前环境退出返回使用PATH环境中的默认python版本)。

deactivate env_name，也可以使用`activate root`切回root环境
Linux下使用 source deactivate 

8、删除虚拟环境。

• 移除环境

   使用命令conda remove -n your_env_name(虚拟环境名称) --all， 即可删除。

• 删除环境中的某个包。

   使用命令conda remove --name $your_env_name  $package_name 即可。