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挑战问题： 1、泛化能力 SVM、集成学习泛化能力比较强 更准：大数据、模型 2、速度 训练速度快的往往测试速度慢：KNN 测试速度快的往往训练速度慢：神经网络 3、可理解性 黑盒子 4、数据利用能力 未标记数据、劣质数据 5、代价敏感 假阳性、假阴性问题 样本空间 （属性取值 - 1）…（属性取值 - 1） + ...
2018-05-15 08:18:18
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原创 R语言机器学习
KNN library(class) knn(train, test, cl, k = 1, l = 0, prob = FALSE, use.all = TRUE) Tree-Structure library(C50) C5.0(train, class, trials = 1, costs = NULL) predict(m, test, type = “class”) Reg
2018-01-22 10:35:03
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原创 SNP分析软件
BEAM 安装 将压缩包所有文件解压到一个文件夹中，尤其包括libgsl.dll和libslcblas.dll这两个文件，当然也包括data.txt文件 文件输入格式 由第二行开始，每一行包括每个个体的基因型数据，用markers表示，用空格间隔开 第一行代表患病状态，需要对应每一行数据 如果需要加入SNP的ID和位置信息，参数设置parapmeter.txt文件中需设置INC_SNP_
2017-11-28 11:32:22
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原创 Python
参与除法的两个数中有一个是浮点数，运算结果就是浮点数 专门用于整除的操作符——双斜线 // 幂运算符 ** 长整数末尾加上L 虚数均以 j ( J ) 结尾 import math math.floor() from math import sqrt sqrt() 注释符 #字符串 单引号和双引号没有区别 raw_imput 和 imput 函数，一般使用前者 长字符串使用
2017-11-09 11:32:28
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原创 GAMETES数据模拟软件
User GuideModel Generation 可以生成特定的两位点模型（heritability 0.2, MAF 0.2） 可以设定的参数有：number of attributes, heritability, MAF, population prevalence, the name of SNP, the model difficulty metric used to identif
2017-10-24 10:31:35
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原创 Comparative analysis of methods for detecting interacting loci
比较了MDR、FIM、IG、BEAM、SH、MECPM、LRIT、LR 这8种方法，在本次实验中，表现最好的是MECPM方法。 全面搜索：IG、LRIT、LR 随机搜索：BEAM、MDR 确定性启发式搜索：SH、FIM、MECPMMDR（多因素降维） 如果cases数目和controls数目的比率超过一定的范围，则标记该基因型为“high-risk”。将high-risk基因型分为一组，lo
2017-10-18 16:16:55
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原创 epiACO - a method for identifying epistasis based on ant Colony optimization algorithm
epiACO相较于普通的蚁群算法加入了适应性函数Svalue，路径选择策略以及路径记忆性策略。其中的Svalue结合了互信息和贝叶斯网络的优点，路径选择策略分为概率路径选择策略和随机路径选择策略，路径记忆性策略顾名思义，就是指会保留上一次迭代的备选路径，并且和本次迭代结果进行比较。 本论文将epiACO算法和epiMODE, TEAM, BOOST, SNPRuler, AntEpiseeker
2017-10-18 10:43:55
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空空如也
空空如也
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