GAMETES数据模拟软件

最新推荐文章于 2024-08-16 19:07:21 发布

撅嘴巴胡搞瞎搞

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分类专栏：软件文章标签：软件

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_40427928/article/details/78326806

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GAMETES是一款用于生成遗传模型的数据模拟软件，支持自定义SNP位点数、遗传率、MAF等参数。它可以创建具有特定遗传结构的模型，并允许用户调整模型的复杂性。在生成数据时，GAMETES会区分预测性和非预测性属性，并且能够模拟纯严格的epistatic模型。此外，软件还涉及边际外显率、遗传力和疾病模型的概念，如Recessive disease model，其中边际效应的计算方法是关键。

摘要由CSDN通过智能技术生成

User Guide

Model Generation 可以生成特定的两位点模型（heritability 0.2, MAF 0.2）
可以设定的参数有：number of attributes, heritability, MAF, population prevalence, the name of SNP, the model difficulty metric used to identify quantiles, the quantile count, quantile population size

Number of attributes
模型中SNP位点的个数
Heritability
遗传率，个体间可观察到的差异是由于基因差异造成的，如果heritability的数值过高，那么GAMETES就不能生成随机模型了
Population prevalence（K）
人群中所患病的比例，0和1之间，建议将K值设为默认
MAF
最小等位基因频率， 0.05到0.5
Quantiles
选择EDM或者Odds Ratio
Quantile Count
保存到模型输出文件中模型架构的数量
Quantile Population Size
根据给定的模型约束条件你希望GAMETES创建的随机模型架构数目
Quantile Count <= Quantile Population Size

Create Models
Quantile Count = 1
允许修改三个参数：the number of attributes, penetrance（外显率，是指个体具有特定基因型组合的疾病的概率）, MAF
Marginal penetrances
只考虑单个SNP位点时，每个基因型患病的概率

penetrance为0到1之间
the penetrance values of the penetrance function
Attributes themselves are labeled by default as P1,P2,or P3 for each ‘predictive’ SNP in the model.
Models where all penetrance values are either 0 or 1
这里写图片描述
一般来说，实际情况会是这样，不过我们在生成数据的时候不好控制里面的参数（prevalence），使边缘外显率一致，因此我们一般设置为0和1
每个边缘外显率的计算方法就是，假设固定SNP1为AA，