ImageJ macro 批量vsi转tif

最近需要批量把Olympus VS120扫描的vsi格式的图像批量split channels并导出为tif文件，没有找到合适的插件所以自己写了一个macro，其中利用了Olympus自己的imagej插件Olympus Viewer批量打开文件。

//This macro works for transforming multi-channel vsi image from Olympus to tiff files.
//The default channnel number is three.
dir = getDirectory("Choose a Directory of input");
list = getFileList(dir);
setBatchMode(true);// runs up to 6 times faster
name="PdynVMH_RV_slide1";//Default output file name
name=getString("Type in output file name", "PdynVMH_RV_slide1");
outputdir=dir;
outputdir= getDirectory("Choose a Directory of output");
for (f=0; f<list.length; f++) {	//main files loop
    path = dir+list[f];
 	print(path);
    showProgress(f, list.length);
    if ((endsWith(path,".vsi"))&&(list[f]!="Image_01_Overview.vsi")) {
	section=substring(list[f],6,8);
	print(list[f]+";"+section);
    run("OVMacro");
    Ext.openFile(path, 0, 0);//Open Group1 Level1 of vsi file
    print("Open file successfully");
	run("Split Channels");
	selectWindow("C1-"+list[f]+" Group:1 Level:1");
	run("8-bit");
	run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
	saveAs("Tiff", outputdir+name+"s"+section+"c1");
	run("Close");
	selectWindow("C2-"+list[f]+" Group:1 Level:1");
	run("8-bit");
	run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
	saveAs("Tiff", outputdir+name+"s"+section+"c2");
	run("Close");
	selectWindow("C3-"+list[f]+" Group:1 Level:1");
	run("8-bit");
	run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
	saveAs("tif", outputdir+name+"s"+section+"c3");
	run("Close");
    }
  }

ImageJ中创建一个.ijm的文件，该文件中可以输入指令并支持JAVA，R，python等多种语言。

我用了IJ1 Macro，具体语法可以参考官方文档。Macro Language

Macro使用可以结合ImageJ-Plugin-Record当中的步骤记录器，但是对于打开vsi文件（包括多个Group和Level，不同的Level代表不同分辨率大小的图片但是它们都包含各个channel的结果）这一步，步骤记录器只能记录下open(xxx)；而没有选择Group/Level的过程。实际上如果用open会报错。所以我采用了这个插件：OlympusImageJPlugin

安装这个plugin之后，通过下面这个指令可以指定Group/Level打开：

Open之后就可以用步骤记录器记录下来操作然后快乐抄作业啦！

有一点需要注意的是，对于Split Channels之后的操作最后指定SelectWindow，虽然麻烦一点但是避免了出bug的可能，比如运行.ijm文件时会弹出Log，print的结果就会在这个窗口显示，但是如果没有制定窗口，后面Run("Close")之类的的操作其实会把log也认为是图像窗口就混乱了。

setBatchMode下可以不真正的打开图像而直接运算所以提高了运算速度，但是似乎也没有很快...70多张100M*3的图跑了好几个小时...

如果不是三个通道的话可以把SelectWindow到runclose之间的部分重复或者删减一下。直接跑会出错。