英伟达深度学习学院GAN项目的脑图预处理

已于 2023-06-09 16:57:15 修改
阅读量921 收藏 4
点赞数 3
分类专栏： 医学图像预处理 文章标签： 深度学习 tensorflow
于 2020-10-07 09:20:41 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_40540942/article/details/108825719
版权

英伟达深度学习学院GAN项目的脑图预处理

文章目录

前言

在进行英伟达GAN实验中预处理的整个流程进行总结

一、对源图进行MNI 模板的转化

为什么要对源图像进行MNI模板的配准，因为如果没有对源图配准则在进行图像分割时会出现错误，错误为没有足够空间，需要你检查一下照片。

使用DiffusionKit软件对源图像进行MNI模板配准。将源图像nii文件以及MNI152模板放到D:\Destination Folder文件夹中。打开cmd，cd指令进入D:\Destination Folder文件夹中。运行代码后会生成一个outputresult.nii的结果文件，这个便是MNI配准后的源图像。在这里插入图片描述

二、利用matlab的spm12中的cat12插件对源图MNI进行分割处理

启动matlab->spm->cat12->Segment->Volumes(选中之前的outputResult.nii)->启动按钮在这里插入图片描述
Split job into separate processes这个选项是多任务处理，可以查看你的计算机是几个核的，然后同时处理多个nii图像。
Voxel size for normalized images这个选项是与源图的像素比例，我们修改为1.5。若改为1则会出现，源图切分有120张切片，而分割后为180张切片。会不匹配，对后续的实验造成不便。

最低0.47元/天 解锁文章
敏敏的猪猪虾
关注
  • 3
    点赞
  • 踩
  • 4
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
专栏目录
NVIDIA DLI 深度学习基础 答案（领取证书用）
09-15
NVIDIA DLI 深度学习基础 领取证书所需答案
(20200410已解决)ValueError: Cannot convert non-finite values (NA or inf) to integer
热门推荐
漫步量化
04-11 2万+
问题描述 使用df['col'].astype(int)出现如题错误。 原因是col列有些记录是空，所以没法转成int。 解决方案 df['col'].fillna(0) 将此列空值填充为0或其他数字，然后再使用df['col'].astype(int)转换数据格式。 References Data type conversion error: ValueError: Cann...
numpy处理特征数据报错
weixin_43001924的博客
12-05 1074
ValueError: Cannot convert non-finite values (NA or inf) to integer numpy处理特征报错 原因 是原数据中含有nan或者inf导致的，np.nan或者np.inf都是float的类型，而且无法转成int。 解决方法 把nan或者inf替换成0之类的 df.replace(np.nan, 0, inplace=True) df.r...
核磁数据处理之配准标准模板
几何君的算法天空
03-16 1万+
说到registration,就必须要首先介绍一下模板.由于人脑存在个体差异, 扫描时候的图像在空间中的坐标也不同, 研究时必须要首先消除个体差异,统一坐标, 也就是需要将被试人员的大脑全部”订正/配准”到标准模板上, 这样后续才能进行统计分析. 目前国际上最广泛使用的标准模板是MNI152. MNI是加拿大的蒙特利尔神经科学研究中心 “Montreal Neurosciences Instit...
python报错ValueError: supplied range of [-inf, 5.572154032177765] is not finite
m0_52118763的博客
03-11 3749
数据分布不均匀时，采用log变换处理数据， plt.hist(np.log(df_train['cycle'].values), orientation = 'vertical',histtype = 'bar', color ='skyblue') plt.show() """ ValueError: supplied range of [-inf, 5.572154032177765] is not finite """ 这是因为你的数据中有0，经过log变化就是-inf（负无穷） data=np.
医学图像配准 Registration
最新发布
Alexa_的博客
07-27 2789
Image registration 图像配准，是图像处理研究领域中的一个典型问题和技术难点，其目的在于比较或融合针对同一对象在不同条件下获取的图像，例如图像会来自不同的采集设备取自不同的时间不同的拍摄视角等等，有时也需要用到针对不同对象的图像配准问题。具体地说，对于一组图像数据集中的两幅图像，通过寻找一种空间变换把一幅图像（浮动图像，moving image）映射到另一幅图像（参考图像，fixed image）上，使得两图中对应于空间同一位置的点一一对应起来，从而达到信息融合的目的。
Python hist绘图报错 ValueError: supplied range of [-inf, 7.3395376954076745] is not finite
FELIZRABBIT的博客
12-17 3194
错误原因： 范围参数必须是有限的， 而数据中出现NaN或INF值 修改前 plt.hist(np.log(num_tokens), bins = 100) 修改后 import pandas as pd dataf = pd.DataFrame(np.log(num_tokens)) plt.hist(dataf[np.isfinite(dataf)].values, bins = 100) 参考链接： https://cloud.tencent.com/developer/ask/188856 .
MRI脑影像分析从哲学到技术：一文搞懂VBM预处理基本原理（全网最详细解析）
意疏的学习笔记
12-12 2万+
   分析大脑解剖学差异最常用方法之一是基于体素的形态学方法（voxel-based morphometry, VBM）。 VBM的基本思想是测量大脑组织，尤其是灰质的局部浓度的差异。在大脑的每个体素处进行操作，然后在两个或多个实验组之间进行统计比较，从而在受调查的组之间建立特定大脑区域中脑组织浓度的统计学显着差异。 VBM分析基于（高分辨率）MRI脑部扫描，涉及大量处理步骤，主要是空间归一化，分割，平滑和统计分析，最终结果是统计图，显示了各组之间组织类型明显不同的区域[^1]。 参考 [^1] ..
SPM批量将功能项配准到结构像和MNI
SunWanqing的博客
11-10 1383
petmni.m global sub filelist pathname='C:\Users\86191\Desktop\AD数据整理'; filelist=dir(pathname); filelist=filelist(~ismember({filelist.name},{'.','..'})); for i=1:length(filelist) sub=filelist(i).name; % List of open inputs nrun = 1; % enter the numb
解决方案 ValueError: view limit minimum XXX is less than 1 and is an invalid Matplotlib date value.
qq_40127080的博客
02-19 4025
invalid Matplotlib 是无效的时间格式 数据实例 import matplotlib.pyplot as plt #绘图包 import pandas as pd #表格包 date = pd.read_csv("date.csv",encoding = 'gbk') #打开文件 读取数据 date #在jupyter lab中可以直接显示 结果： 两种方法将时间序列变成索引 第一种方法 （转换后的时间序列为时间类型） #index_col=0 将索引值为第一列，parse_date
antsTemplate_to_MNI:hcpUR100模板到标准模板的注册
04-08
Snakemake工作流程：antsTemplate_to_MNI 这用于将使用ants_build_template_smk （ ）创建的hcpUR100模板重采样为标准模板（MNI152NLin2009cAsym）。
英伟达深度学习平台，从数据中心到网络终端，实现人工智能服务性能和效率的巨大飞跃
07-10
NVIDIA 深度学习平台 NVIDIA 深度学习平台是一个覆盖数据中心到网络终端的平台，旨在实现人工智能服务性能和效率的巨大飞跃。该平台通过GPU的巨大计算能力和深度学习算法，实现了人工智能服务性能和效率的巨大飞跃...
英伟达stylegan人脸数据集download_ffhq.py
01-21
英伟达开源的人脸数据集 1. 编辑train.py，通过取消注释或者修改某些行，来指定数据集和训练配置； 2. 用train.py来运行训练脚本； 3. 结果会写在一个新目录里，叫results/-； 4. 训练直至完成，几天时间...
深度学习常用网站总结（持续更新）
12-22
1. Nvidia官网 CUDA版本号 https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-toolkit-release-notes/index.html 2. Nvidia官网 CUDA Toolkit下载 https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive ...4. 清华镜像源 Anaconda下载 ...
ValueError: Found array with 0 sample(s) (shape=(0, 1)) while a minimum of 1 is required.
weixin_52162865的博客
12-31 5361
ValueError: Found array with 0 sample(s) (shape=(0, 1)) while a minimum of 1 is required.
解决pandas：ValueError: Cannot convert non-finite values (NA or inf) to integer
data+scenario+science+insight
03-20 9074
解决pandas：ValueError: Cannot convert non-finite values (NA or inf) to integer
ValueError: Cannot convert non-finite values (NA or inf) to integer
bingbangx的博客
02-07 2879
从第二步的打印结果来看，初始数据的格式为float64。从结果来看，木得问题啦~~~~~~~~~~~~~在数据处理时发现了问题，有问题地数据显示如下。字符串类型的数据，被错误地标记为浮点型；并将这部分数据从列表中截取出来~因此，转换时正确的书写格式为。1 先将浮点型转为整数型。2 将整型转为字符串型。
nii.gz格式的医学影像图片如何输入模型进行训练
weixin_42600407的博客
01-17 396
nii.gz格式的医学影像图片需要先进行解压缩，然后使用相应的库进行读取。在深度学习中常用的库有nibabel和SimpleITK。读取之后，对数据进行预处理，例如归一化，裁剪等操作。最后将预处理后的数据输入模型进行训练。 ...
github上使用cyclegan实现风格迁移加系统设计的项目
05-12
您在GitHub上搜索"cyclegan"相关的项目，然后筛选出使用cyclegan实现风格迁移加系统设计的项目。以下是一些可能有用的项目： 1. ["CycleGAN for Image-to-Image Translation" by Jun-Yan Zhu et al.](https://github.com/junyanz/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix) - 这是一个使用PyTorch实现的CycleGAN项目，包含了许多示例和代码，可以很好地帮助您理解CycleGAN的工作原理。这个项目也包括了Pix2Pix模型的实现，如果您对它也感兴趣的话。 2. ["CycleGAN-Torch" by Harry Yang](https://github.com/leehomyc/cyclegan-1) - 这是一个使用Torch实现的CycleGAN项目，它不仅包括了CycleGAN的实现，还包括了许多其他的图像处理算法。这个项目的代码有些年头了，但是仍然是一个很好的学习资源。 3. ["CycleGAN-VC" by Kan-bayashi et al.](https://github.com/kan-bayashi/ParallelWaveGAN) - 这是一个使用CycleGAN进行语音转换的项目。虽然它不是一个纯粹的图像处理项目，但是它可以帮助您理解如何将CycleGAN应用于不同的领域。 这些项目都是开源的，您可以自由地使用它们进行学习和研究。当然，您也可以从中获得灵感，开发出自己的项目。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值