深度学习实战：基于bilstm或者dialated convolutions做NER

Before You Start:

什么是dialated convolutions？

CNN 是新的feature map上一个点旧的feature map上一个filter windows上的总结（作了pooling)，pooling就是在做下采样，feature map不断缩小，也就是resolution不断衰减，可以理解为获取receptive field牺牲了resolution，站得高看得远但是看不清楚细节了。pooling是导致resolution衰减的原因。

为了不丢失细节，去掉pooling，但是去掉pooling会导致receptive field变小（这里是相比较加pooling的情况），这里就加入dialated处理，dialated即为filter windows内部的间隔，加入filter window本来３×３，看到９个点，这９个点是挨着的正方形９个点，当dialated＝２时，也是看到９个点，但是９个点之前是挨着的，现在变成每个点中间间隔了一个点，也就是视野变成了７×７。

dialated convolutions一般用于扩大receptive field。

什么是NER?

Named entity recongnition: 命名实体识别，就是把一篇文章的专有名词识别出来。对比图像，图像是把图中物体识别出来，这里是把一段话里面的实体识别出来。

为什么文本处理可以使用CNN?

从感受野的角度：处理文本就是要看上下文，filter windows就是１×N的窗口，N就是看到的字的数字，每个字的feature_dim就是filter windows　的channels。

整体框架

input data

即为标记的文本，具体而言：一个batch有四个维度，分割的原文，原文对应的int，标记的实体长度(0,1,2,3)，原文对应的标签。

_, chars, segs, tags = batch

chars, segs, 训练会用到，tags计算loss会用到。

embedding layer

chars, segs分别通过一个embedding layer然后将两者的feature拼接起来(100+20)为最后的feature map。

    def embedding_layer(self, char_inputs, seg_inputs, config, name=None):
        """
        :param char_inputs: one-hot encoding of sentence
        :param seg_inputs: segmentation feature
        :param config: wither use segmentation feature
        :return: [1, num_steps, embedding size], 
        """
        #高:3 血:22 糖:23 和:24 高:3 血:22 压:25 char_inputs=[3,22,23,24,3,22,25]
        #高血糖 和 高血压 seg_inputs 高血糖=[1,2,3] 和=[0] 高血压=[1,2,3]  seg_inputs=[1,2,3,0,1,2,3]
        embedding = []
        self.char_inputs_test=char_inputs
        self.seg_inputs_test=seg_inputs
        with tf.variable_scope("char_embedding" if not name else name), tf.device('/cpu:0'):
            self.char_lookup = tf.get_variable(
                    name="char_embedding",
                    shape=[self.num_chars, self.char_dim],
                    initializer=self.initializer)
            #输入char_inputs='常' 对应的字典的索引/编号/value为：8
            #self.char_lookup=[2677*100]的向量，char_inputs字对应在字典的索引/编号/key=[1]
            embedding.append(tf.nn.embedding_lookup(self.char_lookup, char_inputs))
            #self.embedding1.append(tf.nn.embedding_lookup(self.char_lookup, char_inputs))
            if config["seg_dim"]:
                with tf.variable_scope("seg_embedding"), tf.device('/cpu:0'):
                    self.seg_lookup = tf.get_variable(
                        name="seg_embedding",
                        #shape=[4*20]
                        shape=[self.num_segs, self.seg_dim],
                        initializer=self.initializer)
                    embedding.append(tf.nn.embedding_lookup(self.seg_lookup, seg_inputs))
            embed = tf.concat(embedding, axis=-1)
        self.embed_test=embed
        self.embedding_test=embedding
        return embed

dialated convolution layer or Bilstm

Bilstm

    def biLSTM_layer(self, model_inputs, lstm_dim, lengths, name=None):
        """
        :param lstm_inputs: [batch_size, num_steps, emb_size]
        :return: [batch_size, num_steps, 2*lstm_dim]
        """
        with tf.variable_scope("char_BiLSTM" if not name else name):
            lstm_cell = {}
            for direction in ["forward", "backward"]:
                with tf.variable_scope(direction):
                    lstm_cell[direction] = tf.contrib.rnn.CoupledInputForgetGateLSTMCell(
                        lstm_dim,
                        use_peepholes=True,
                        initializer=self.initializer,
                        state_is_tuple=True)
            outputs, final_states = tf.nn.bidirectional_dynamic_rnn(
                lstm_cell["forward"],
                lstm_cell["backward"],
                model_inputs,
                dtype=tf.float32,
                sequence_length=lengths)
        return tf.concat(outputs, axis=2)

dilated convolution layer

输入的形状：[第x段话，1,窗口看多少个word,每个字的feature_dim]
shape of input = [batch, in_height, in_width, in_channels]
窗口的形状：[1,窗口看多少个word,每个字的feature_dim，filters的数目]
shape of filter = [filter_height, filter_width, in_channels, out_channels]
先做一次正常的卷积，然后做self.repeat_times次，每一次有３次dilated convolution，dilated=1,dilated=1,dilated=2，感受野不断扩大。
注意dilated=1，相当于正常的卷积，但是视野也是会扩大的，想一下卷积不做pooling视野也是扩大的。

    def IDCNN_layer(self, model_inputs, 
                    name=None):
        """
        :param idcnn_inputs: [batch_size, num_steps, emb_size] 
        :return: [batch_size, num_steps, cnn_output_width]
        """
        #tf.expand_dims会向tensor中插入一个维度，插入位置就是参数代表的位置（维度从0开始）。
        model_inputs = tf.expand_dims(model_inputs, 1)
        self.model_inputs_test=model_inputs
        reuse = False
        if self.dropout == 1.0:
            reuse = True
        with tf.variable_scope("idcnn" if not name else name):
            #shape=[1*3*120*100]
            # shape=[1, self.filter_width, self.embedding_dim,
            #            self.num_filter]
            # print(shape)
            filter_weights = tf.get_variable(
                "idcnn_filter",
                shape=[1, self.filter_width, self.embedding_dim,
                       self.num_filter],
                initializer=self.initializer)
            
            """
            shape of input = [batch, in_height, in_width, in_channels]
            shape of filter = [filter_height, filter_width, in_channels, out_channels]
            """
            layerInput = tf.nn.conv2d(model_inputs,
                                      filter_weights,
                                      strides=[1, 1, 1, 1],
                                      padding="SAME",
                                      name="init_layer",use_cudnn_on_gpu=False)
            self.layerInput_test=layerInput
            finalOutFromLayers = []
            
            totalWidthForLastDim = 0
            for j in range(self.repeat_times):
                for i in range(len(self.layers)):
                    #1,1,2
                    dilation = self.layers[i]['dilation']
                    isLast = True if i == (len(self.layers) - 1) else False
                    with tf.variable_scope("atrous-conv-layer-%d" % i,
                                           reuse=True
                                           if (reuse or j > 0) else False):
                        #w 卷积核的高度，卷积核的宽度，图像通道数，卷积核个数
                        w = tf.get_variable(
                            "filterW",
                            shape=[1, self.filter_width, self.num_filter,
                                   self.num_filter],
                            initializer=tf.contrib.layers.xavier_initializer())
                        if j==1 and i==1:
                            self.w_test_1=w
                        if j==2 and i==1:
                            self.w_test_2=w                            
                        b = tf.get_variable("filterB", shape=[self.num_filter])
#tf.nn.atrous_conv2d(value,filters,rate,padding,name=None）
    #除去name参数用以指定该操作的name，与方法有关的一共四个参数：                  
    #value： 
    #指需要做卷积的输入图像，要求是一个4维Tensor，具有[batch, height, width, channels]这样的shape，具体含义是[训练时一个batch的图片数量, 图片高度, 图片宽度, 图像通道数] 
    #filters： 
    #相当于CNN中的卷积核，要求是一个4维Tensor，具有[filter_height, filter_width, channels, out_channels]这样的shape，具体含义是[卷积核的高度，卷积核的宽度，图像通道数，卷积核个数]，同理这里第三维channels，就是参数value的第四维
    #rate： 
    #要求是一个int型的正数，正常的卷积操作应该会有stride（即卷积核的滑动步长），但是空洞卷积是没有stride参数的，
    #这一点尤其要注意。取而代之，它使用了新的rate参数，那么rate参数有什么用呢？它定义为我们在输入
    #图像上卷积时的采样间隔，你可以理解为卷积核当中穿插了（rate-1）数量的“0”，
    #把原来的卷积核插出了很多“洞洞”，这样做卷积时就相当于对原图像的采样间隔变大了。
    #具体怎么插得，可以看后面更加详细的描述。此时我们很容易得出rate=1时，就没有0插入，
    #此时这个函数就变成了普通卷积。  
    #padding： 
    #string类型的量，只能是”SAME”,”VALID”其中之一，这个值决定了不同边缘填充方式。
    #ok，完了，到这就没有参数了，或许有的小伙伴会问那“stride”参数呢。其实这个函数已经默认了stride=1，也就是滑动步长无法改变，固定为1。
    #结果返回一个Tensor，填充方式为“VALID”时，返回[batch,height-2*(filter_width-1),width-2*(filter_height-1),out_channels]的Tensor，填充方式为“SAME”时，返回[batch, height, width, out_channels]的Tensor，这个结果怎么得出来的？先不急，我们通过一段程序形象的演示一下空洞卷积。                        
                        conv = tf.nn.atrous_conv2d(layerInput,
                                                   w,
                                                   rate=dilation,
                                                   padding="SAME")
                        self.conv_test=conv 
                        conv = tf.nn.bias_add(conv, b)
                        conv = tf.nn.relu(conv)
                        if isLast:
                            finalOutFromLayers.append(conv)
                            totalWidthForLastDim += self.num_filter
                        layerInput = conv
            finalOut = tf.concat(axis=3, values=finalOutFromLayers)
            keepProb = 1.0 if reuse else 0.5
            finalOut = tf.nn.dropout(finalOut, keepProb)
            #Removes dimensions of size 1 from the shape of a tensor. 
                #从tensor中删除所有大小是1的维度
            
                #Given a tensor input, this operation returns a tensor of the same type with all dimensions of size 1 removed. If you don’t want to remove all size 1 dimensions, you can remove specific size 1 dimensions by specifying squeeze_dims. 
            
                #给定张量输入，此操作返回相同类型的张量，并删除所有尺寸为1的尺寸。 如果不想删除所有尺寸1尺寸，可以通过指定squeeze_dims来删除特定尺寸1尺寸。
            finalOut = tf.squeeze(finalOut, [1])
            finalOut = tf.reshape(finalOut, [-1, totalWidthForLastDim])
            self.cnn_output_width = totalWidthForLastDim
            return finalOut

projection layer

卷积为特征提取器，后面需要添加FC分类。

dilated convolution 分类

    #Project layer for idcnn by crownpku
    #Delete the hidden layer, and change bias initializer
    def project_layer_idcnn(self, idcnn_outputs, name=None):
        """
        :param lstm_outputs: [batch_size, num_steps, emb_size] 
        :return: [batch_size, num_steps, num_tags]
        """
        with tf.variable_scope("project"  if not name else name):
            
            # project to score of tags
            with tf.variable_scope("logits"):
                W = tf.get_variable("W", shape=[self.cnn_output_width, self.num_tags],
                                    dtype=tf.float32, initializer=self.initializer)

                b = tf.get_variable("b",  initializer=tf.constant(0.001, shape=[self.num_tags]))

                pred = tf.nn.xw_plus_b(idcnn_outputs, W, b)

            return tf.reshape(pred, [-1, self.num_steps, self.num_tags])

bilstm 分类

    def project_layer_bilstm(self, lstm_outputs, name=None):
        """
        hidden layer between lstm layer and logits
        :param lstm_outputs: [batch_size, num_steps, emb_size] 
        :return: [batch_size, num_steps, num_tags]
        """
        with tf.variable_scope("project"  if not name else name):
            with tf.variable_scope("hidden"):
                W = tf.get_variable("W", shape=[self.lstm_dim*2, self.lstm_dim],
                                    dtype=tf.float32, initializer=self.initializer)

                b = tf.get_variable("b", shape=[self.lstm_dim], dtype=tf.float32,
                                    initializer=tf.zeros_initializer())
                output = tf.reshape(lstm_outputs, shape=[-1, self.lstm_dim*2])
                hidden = tf.tanh(tf.nn.xw_plus_b(output, W, b))

            # project to score of tags
            with tf.variable_scope("logits"):
                W = tf.get_variable("W", shape=[self.lstm_dim, self.num_tags],
                                    dtype=tf.float32, initializer=self.initializer)

                b = tf.get_variable("b", shape=[self.num_tags], dtype=tf.float32,
                                    initializer=tf.zeros_initializer())

                pred = tf.nn.xw_plus_b(hidden, W, b)

            return tf.reshape(pred, [-1, self.num_steps, self.num_tags])

loss layer

NLP处理一般使用条件随机场。

    def loss_layer(self, project_logits, lengths, name=None):
        """
        calculate crf loss
        :param project_logits: [1, num_steps, num_tags]
        :return: scalar loss
        """
        with tf.variable_scope("crf_loss"  if not name else name):
            small = -1000.0
            # pad logits for crf loss
            start_logits = tf.concat(
                [small * tf.ones(shape=[self.batch_size, 1, self.num_tags]), tf.zeros(shape=[self.batch_size, 1, 1])], axis=-1)
            pad_logits = tf.cast(small * tf.ones([self.batch_size, self.num_steps, 1]), tf.float32)
            logits = tf.concat([project_logits, pad_logits], axis=-1)
            logits = tf.concat([start_logits, logits], axis=1)
            targets = tf.concat(
                [tf.cast(self.num_tags*tf.ones([self.batch_size, 1]), tf.int32), self.targets], axis=-1)

            self.trans = tf.get_variable(
                "transitions",
                shape=[self.num_tags + 1, self.num_tags + 1],
                initializer=self.initializer)
            #crf_log_likelihood在一个条件随机场里面计算标签序列的log-likelihood
            #inputs: 一个形状为[batch_size, max_seq_len, num_tags] 的tensor,
            #一般使用BILSTM处理之后输出转换为他要求的形状作为CRF层的输入. 
            #tag_indices: 一个形状为[batch_size, max_seq_len] 的矩阵,其实就是真实标签. 
            #sequence_lengths: 一个形状为 [batch_size] 的向量,表示每个序列的长度. 
            #transition_params: 形状为[num_tags, num_tags] 的转移矩阵    
            #log_likelihood: 标量,log-likelihood 
            #transition_params: 形状为[num_tags, num_tags] 的转移矩阵               
            log_likelihood, self.trans = crf_log_likelihood(
                inputs=logits,
                tag_indices=targets,
                transition_params=self.trans,
                sequence_lengths=lengths+1)
            return tf.reduce_mean(-log_likelihood)

标记数据，数据预处理

原始数据

从网站爬取的数据，类似如下：

患者精神状况好，无发热，诉右髋部疼痛，饮食差，二便正常，查体：神清，各项生命体征平稳，心肺腹查体未见异常。右髋部压痛，右下肢皮牵引固定好，无松动，右足背动脉搏动好，足趾感觉运动正常。

标记数据

准备jieba,建立标记的字典

#%% for jieba
dics=csv.reader(open("DICT_NOW.csv",'r',encoding='utf8'))
#%% get word and class
for row in dics:                                                   # 将医学专有名词以及标签加入结巴词典中
    if len(row)==2:
        jieba.add_word(row[0].strip(),tag=row[1].strip())            # add_word保证添加的词语不会被cut掉
        jieba.suggest_freq(row[0].strip())                           # 可调节单个词语的词频，使其能（或不能）被分出来。

开始标记数据,打标记的同时，把数据分成３组，用于train,validation,test,最终得到的是IOB格式的标签

for file in os.listdir(c_root):
    if "txtoriginal.txt" in file:
        fp=open(c_root+file,'r',encoding='utf8')
        for line in fp:
            split_num+=1
            words=pseg.cut(line)
            for key,value in words: 
                #print(key)
                #print(value)
                if value.strip() and key.strip():
                    import time 
                    start_time=time.time()
                    index=str(1) if split_num%15<2 else str(2)  if split_num%15>1 and split_num%15<4 else str(3) 
                    end_time=time.time()
                    #print("method one used time is {}".format(end_time-start_time))
                    if value not in biaoji:
                        value='O'
                        for achar in key.strip():
                            if achar and achar.strip() in fuhao:
                                string=achar+" "+value.strip()+"\n"+"\n"
                                dev.write(string) if index=='1' else test.write(string) if index=='2' else train.write(string) 
                            elif achar.strip() and achar.strip() not in fuhao:
                                string = achar + " " + value.strip() + "\n"
                                dev.write(string) if index=='1' else test.write(string) if index=='2' else train.write(string) 
        
                    elif value.strip()  in biaoji:
                        begin=0
                        for char in key.strip():
                            if begin==0:
                                begin+=1
                                string1=char+' '+'B-'+value.strip()+'\n'
                                if index=='1':                               
                                    dev.write(string1)
                                elif index=='2':
                                    test.write(string1)
                                elif index=='3':
                                    train.write(string1)
                                else:
                                    pass
                            else:
                                string1 = char + ' ' + 'I-' + value.strip() + '\n'
                                if index=='1':                               
                                    dev.write(string1)
                                elif index=='2':
                                    test.write(string1)
                                elif index=='3':
                                    train.write(string1)
                                else:
                                    pass
                    else:
                        continue                        

将IOB格式的标签转化成IOBES格式

    # Use selected tagging scheme (IOB / IOBES)               I：中间，O：其他，B：开始 | E：结束，S：单个
    update_tag_scheme(train_sentences, FLAGS.tag_schema)
    update_tag_scheme(test_sentences, FLAGS.tag_schema)
    update_tag_scheme(dev_sentences, FLAGS.tag_schema)

def update_tag_scheme(sentences, tag_scheme):
    """
    Check and update sentences tagging scheme to IOB2.
    Only IOB1 and IOB2 schemes are accepted.
    """
    for i, s in enumerate(sentences):
        tags = [w[-1] for w in s]
        # Check that tags are given in the IOB format
        if not iob2(tags):
            s_str = '\n'.join(' '.join(w) for w in s)
            raise Exception('Sentences should be given in IOB format! ' +
                            'Please check sentence %i:\n%s' % (i, s_str))
        if tag_scheme == 'iob':
            # If format was IOB1, we convert to IOB2
            for word, new_tag in zip(s, tags):
                word[-1] = new_tag
        elif tag_scheme == 'iobes':
            new_tags = iob_iobes(tags)
            for word, new_tag in zip(s, new_tags):
                word[-1] = new_tag
        else:
            raise Exception('Unknown tagging scheme!')