医学图像标注软件，如ITK-SNAP、3D Slicer、Mimics等

在医学图像标注领域，有多种软件可供选择，其中包括 ITK-SNAP、3D Slicer 和 Mimics 等。

ITK-SNAP 是一款功能强大的医学图像标注工具。可从官网下载（建议最新版）：http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Downloads.SNAP3。它支持多种图像格式的导入，如 dicom、nifity 等。导入图像可采用拖拽、或者 File->Open Main Image 两种方式。载入此前标注的 mask 文件可从菜单栏 Segmentation->Upload Segmentation 选择 mask 文件载入，或者直接拖拽进软件窗口。该软件具有设置和导入导出标签的功能，从菜单栏 Segmentation->Label Editor 进入界面，可手动修改 label 命名。在勾画病灶区域时，可通过 Tools->Color Map Editor 调整图像窗宽窗位，选择画刷和画笔两种工具进行标注。标注后还可进行修改、删除操作，以及调整病灶的标签。最后可从菜单栏 Segmentation->Save Segmentation Image 保存结果。

3D Slicer 是开源的跨平台医学影像视觉化和三维重建软件。现在最新的 3D slicer 是 4.10.2 版本，官网可以免费下载：https://download.slicer.org/。安装时路径不能有中文，电脑用户名也最好不是中文。读取数据时，将包含.dcm 文件序列的文件夹直接拖入 3D Slicer，导入文件路径不能有中文。3D Slicer 中的 Segment Editor 与 Legacy/Editor 都可以对三维体数据中的 ROI 进行矩形标签框注。标注过程中，每个流程都可能会出现问题，建议先随意地标记几张 slice，然后导出保存。当整个流程没有出现问题时，再开始正式地标记。

Mimics 是 Materialise 公司发明的一种医学影像控制系统，是模块化结构的软件。可以根据用户的不同需求有不同的搭配。Mimics 软件在医学中应用广泛，其三维重建和可视化模块，可以让医生对薄层 CT 体数据集在三个正交平面浏览，进一步对感兴趣区进行三维重建，还能进行几何参数测量。Mimics 的快速成型模块在假体制作等方面应用较多，有限元分析模块可以将扫描输入的数据进行快速处理输出相应格式用于有限元分析，手术仿真模块为外科医生提供了无限的想象空间。

这些医学图像标注软件在医学影像处理和分析中发挥着重要作用，为医生和研究人员提供了有力的工具。

ITK-SNAP 的图像导入方式有哪些

ITK-SNAP 的图像导入方式主要有以下两种：
一种是直接拖拽的方式。可以将图像文件直接拖拽到 ITK-SNAP 中，然后点击“Load as Main Image”即可。支持的图像格式有 DICOM、.nii 等，在导入 CT 图像时，即使在一个目录下只导入一个断层文件，该软件也会自动将整个 CT 的断层导入。除了 DICOM 文件之外，还可以处理 NiFFTI、NRRD、VTK 等其他格式的医学图像。如文件夹下含多个图像序列，此处会显示多个序列列表，选中待勾画序列，点击下一步即可导入，最后点击 finish。
另一种是点击软件界面左上角的“File”，然后选择“Open Main Image”。同样，如果文件夹下有多个图像序列，会显示序列列表供选择。导入图像后会出现图像的基本信息。

3D Slicer 安装注意事项

3D Slicer 在安装时需要注意以下几点：
首先，安装版本方面，4.10.2 为稳定版本，功能全、bug 少；4.11.0 为预览版，功能新，适合探索心强的人，每周都会进行更新。本次安装使用 4.10.2（r28257）版本。
对于操作系统要求，Windows 10（1909）及以上版本，硬件方面，3D Slicer 比较吃硬件资源，建议内存 8G 以上。安装时，下载完成后，windows 安装软件比较简单，一路默认，但需要注意路径不要出现中文字符，有固态就放在固态盘符位置。安装路径必须只包含英文（ASCII 可打印）字符，否则某些 Python 包可能无法正确加载。如果在 Windows 系统上安装，运行安装程序，从 Windows 开始菜单运行 Slicer，使用 Windows 设置中的“应用程序和功能”删除应用程序。在 Mac 系统上，打开安装包（.dmg 文件），将 Slicer 应用程序（Slicer.app）拖到应用程序文件夹（或其他选择的位置），因为.dmg 文件的内容被打开为只读卷，不能在只读卷中安装扩展或 Python 包，所以这一步是必要的。删除 Slicer.app 文件夹以卸载。安装预览版本时，当前预览版包未签名，首次启动应用程序时会显示“因为它来自未识别的开发者，无法打开”的消息，要解决此错误，在 Finder 中找到应用程序，右键（两指点击）并点击打开，当显示无法打开应用程序时，继续点击取消，再次右键并说打开。

Mimics 软件的主要应用领域

Mimics 软件的主要应用领域非常广泛。它是一款交互式医学图像处理软件，连接二维图像数据（CT、MRI、工业扫描数据）和三维工程学应用。
在临床领域，可用于解剖学测量，帮助医生准确测量各种人体结构的尺寸，为疾病诊断和手术规划提供重要依据。例如，可以精确评估肿瘤的大小或肿瘤的复杂性，检查软骨的厚度等。在三维分析方面，能够快速地建立从成像数据到重建的 3D 模型，在 2D 和 3D 视图上进行精确测量，输出通用的三维格式，进行三维打印、科研、医疗、有限元分析等应用。广泛应用于生物医学工程、材料工程等领域，极大拓展了三维数据的运用范围。
在有限元分析（FEA）中，Mimics 软件可以简便快捷地建立三维有限元模型，为 ABAQUS、ANSYS 及 Fluent 等有限元分析软件专门设计的接口，数据的转换更加方便流畅。在假体制作、骨缺损假体、匹配导向板设计、复杂病例的辅助手术设计等方面应用较多。还可以进行个性化人工假体的定制，进行复杂的关节表面置换手术，模拟截骨矫形后软组织改变的效果。
此外，Mimics 软件的手术仿真模块，为外科医生在临床中创造性地应用计算机辅助外科提供了无限的想象空间。利用手术仿真模块，可以在计算机中虚拟截骨矫形，预先就可以获得准备的截骨线和标志位置。所有的外科器械均可做成三维模型导入 mimics 软件中进行虚拟置入，预先就可获得置入体准备的型号。利用人体学测量和分析模块，可以精确地比较手术前和手术后解剖结构的几何改变。

###医学图像标注软件如何选择
选择医学图像标注软件时，可以从以下几个方面考虑：
首先，考虑数据模态兼容性。临床诊断往往涉及多种数据模态，如 MRI、X光、超声等，因此标注软件应能兼容多种数据模态。例如，Pair 软件致力于成为最优秀、最专业、最懂医生的国产医学影像标注软件，它可兼容 CT、X-Ray、MRI、PET、超声、病理切片、细胞涂片等 10 余种影像模态。
其次，关注文件格式兼容性。多种数据格式，如图像、视频、三维数据等，对标注软件的兼容性有着极高的要求。Pair 软件可兼容 2D、视频、3D、病理、信号、放疗勾画文件等 20 余种文件格式，所有医学影像 AI 研究项目可通过 Pair 完成标注，无需在不同项目间频繁、耗时费力地切换、培训不同的标注软件。
再者，标注功能丰富性也很重要。标注功能应覆盖诸多影像 AI 研究的标注需求，如测量、分割、分类、目标检测、关键点定位、动作预测等常见影像 AI 分析所需的标注类型。Pair 软件提供测量线、角度、多边形、曲线、曲面、矩形框、关键点、分类标签、文本属性、时间轴、切面等 20 多项标注功能，涵盖多种标注类型，更重要的是，Pair 支持标注功能与类型的混合使用，充分适应复杂的研究与标注需求。
此外，智能辅助标注功能可以大幅减轻医生的手动标注工作量。例如，Pair 提供阈值分割、魔术棒、曲线拟合、矩形框跟踪、标签记忆/复制等自动化辅助标注功能。ITK-SNAP 也使用主动轮廓方法以及手动描绘和图像导航提供半自动分割，同时支持多个图像的并发，链接查看和分段，支持彩色，多通道和时变图像，3D 切割平面工具，用于快速后处理分割结果，丰富的教程和视频文档。
最后，用户体验和操作便捷性也是考虑因素之一。软件应具有简单易用、快速上手的特点，提供简便易用的界面和操作流程，使得标注人员可以轻松掌握各种标注技巧，学习成本低。例如，MISAT 医学图像分割与标注软件套装专业版，软件用户界面与操作流程得到了全面提升改进，让功能更加简单易用，用户上手更轻松更快捷，可流畅完成病理、内窥医学图像的标注任务。

###医学图像标注软件的优缺点
医学图像标注软件有各自的优缺点。
以 ITK-SNAP 为例，优点是免费、开源、多平台，使用主动轮廓方法以及手动描绘和图像导航提供半自动分割。除了核心的分割功能外，还提供许多支持实用程序，如用于无缝 3D 导航的链接光标，一次在三个正交平面上手动分割，基于 Qt 的现代图形用户界面，支持许多不同的 3D 图像格式，包括 NIfTI 和 DICOM，支持多个图像的并发，链接查看和分段，支持彩色，多通道和时变图像，3D 切割平面工具，用于快速后处理分割结果，丰富的教程和视频文档。缺点是与其他更大的开源图像分析工具相比，设计专注于图像分割问题，功能相对单一，将无关或无关的特征保持在最低限度。
3D Slicer 的优点是一个软件平台，用以图像分析（包括配准和实时编辑），图像可视化以及图像引导治疗；是一个免费、开源软件，并适用于 Linux、MacOSX 和 windows 操作系统；拥有强大的可扩展性，可以通过模块嵌入方式来增加新的功能和应用。适用于从头到脚的各个组织器官，兼容 MRI、CT、US（超声）、核医学以及显微镜下的影像，拥有双向可交互性。缺点是比较吃硬件资源，安装路径有一定限制，如在 Windows 系统中安装路径必须只包含英文（ASCII 可打印）字符，否则某些 Python 包可能无法正确加载。
Mimics 的优点是功能强大，可以基于 CT 或 MRI，甚至是三维彩超的断层图像进行三维重建，输出为通用的三维格式，可以应用该三维格式文件进行 3D 打印、科研、医疗、有限元(FEA)分析等领域。可交互式读取 DICOM 格式的 CT/MRI 数据，可以使用分割和编辑工具操作数据来选择骨、软组织、皮肤等；选定区域被分离出来，可以在 3D 中可视化，在此可视化之后，可以创建一个文件来与 STL+或 Analysis 对象交互。缺点是软件本身并不是为了图像标注目的而设计的，虽然包含部分标注功能，但标注功能被大量不需要的功能所淹没，支持的数据模态相对单一，无法适应同时标注多种模态数据的需要。
Pair 软件的优点是专业便捷、通用易用且智能化。可兼容多种影像模态和文件格式，标注功能丰富，覆盖诸多影像 AI 研究的标注需求，提供多层次的智能化辅助标注功能，可大幅减轻医生的手动标注工作量。缺点是可能在某些特定功能上不如专门的图像分割软件精细，对于一些复杂的标注任务，可能需要更多的时间和技巧来掌握其操作。

医学图像标注软件在医学影像分析处理中起着至关重要的作用。不同的软件有各自的特点和适用场景，用户在选择时应根据具体的需求和实际情况进行综合考虑，以找到最适合自己的医学图像标注软件。无论是 ITK-SNAP、3D Slicer、Mimics 还是其他软件，都在不断发展和完善中，为医学影像领域的研究和临床应用提供了有力的支持。