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2原创 linux环境变量的设置与生信常用软件
linux环境变量的设置个人比较偏向于修改/etc/profile方法：sudo vim /etc/profile 输入用户密码后，进入文件，在文件的最后添加所要添加的环境变量，按esc，加：wq。最后再命令行下输入 source /etc/profile 即可重新载入环境变量生信常用软件fastqc：用于实验数据的质量检测Trimmomatic：用于去处不合格低质量的数据samto...
2019-05-04 19:28:23
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原创 ## 大肠杆菌的E.coli K-12的WGS分析
前沿：相比于人类基因组庞大的数据量，对于初学者，原核生物的基因组更小，更加适合用来熟悉流程，学习WGS分析。本次将使用E.coli K-15的数据，进行WGS分析。基本的流程：原始数据获取→数据质控→read对比→排序→去重复→局部重对比→变异检测数据获取从NCBI上下载E.coli k-15的参考基因组与实验测序数据，其中实验数据可能需要用相关软件进行解压数据质控用fastqc检查数...
2019-05-04 18:44:10
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原创 基因组测序数据分析：测序技术
作为生信学习的前备知识，了解一些测序知识是相当必要的，本次就对测序知识做一次整理。测序，简单的来说就是把DNA化学信号转变成计算机可识别的数字信号，具体的来说就是把核酸的碱基序列的信息转化为数字型号，从最初的测序技术，发展到如今，已经是第三代测试技术了，先整理如下。第一代 NGS测序技术简介：最基本的原理即sanger等人开创的链终止法。ce核心原理是：由于dNTP（四种带有荧光标记...
2019-04-25 22:53:11
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原创 RNA-seq分析的准备工作---putty与filezilla的安装与使用
为了与远端服务器进行交互，并进行上传与下载，我们需要安装putty与filezillaputtyputty是一个链接远端服务器的软件，其可以通过命令行与服务器上的linux系统的进行交互。1.安装软件之后运行，出现链接窗口，输入服务器IP地址，进行链接##问题来了：开始时出现怎么都连不上，尝试了各种方法，也不行。从网上搜到的答案是IP地址不在同一个网段，登录收到限制。之后运用校园网，在同一...
2019-04-23 23:26:53
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空空如也
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