weixin_41831009的博客

gromacs的基本使用

作为生信学习的前备知识，了解一些测序知识是相当必要的，本次就对测序知识做一次整理。测序，简单的来说就是把DNA化学信号转变成计算机可识别的数字信号，具体的来说就是把核酸的碱基序列的信息转化为数字型号，从最初的测序技术，发展到如今，已经是第三代测试技术了，先整理如下。第一代 NGS测序技术简介：最基本的原理即sanger等人开创的链终止法。ce核心原理是：由于dNTP（四种带有荧光标记...

前沿：相比于人类基因组庞大的数据量，对于初学者，原核生物的基因组更小，更加适合用来熟悉流程，学习WGS分析。本次将使用E.coli K-15的数据，进行WGS分析。基本的流程：原始数据获取→数据质控→read对比→排序→去重复→局部重对比→变异检测数据获取从NCBI上下载E.coli k-15的参考基因组与实验测序数据，其中实验数据可能需要用相关软件进行解压数据质控用fastqc检查数...