基因组测序数据分析：测序技术

作为生信学习的前备知识，了解一些测序知识是相当必要的，本次就对测序知识做一次整理。

测序，简单的来说就是把DNA化学信号转变成计算机可识别的数字信号，具体的来说就是把核酸的碱基序列的信息转化为数字型号，从最初的测序技术，发展到如今，已经是第三代测试技术了，先整理如下。

第一代 NGS测序技术

简介：最基本的原理即sanger等人开创的链终止法。
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核心原理是：

由于dNTP（四种带有荧光标记的A，T，C，G）的2‘与3’端不含羟基，其在DNA合成中不能合成磷酸二酯键，可以用来中断DNA合成，在四个DNA合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的dNTP，然后用凝胶电泳法和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的DNA序列。

优缺点：序列读长较大，准确性高，但是成本高昂，通量低，严重影响大规模应用。

第二代 illumina（代表）技术

illumina是目前最大的NGS测序仪公司，第二代测序技术以其的技术作为代表。
简介：第二代测序技术是在第一代上的改进，改进了一些地方。

核心原理：

1.构建cDNA文库，用超声波等方法打碎成300~800bp的小片段，并在这些片段两端上加上不同的接头。
2.测序流动槽，是设计用来吸附DNA片段的流动槽，每一个槽称为一个lane，每个line表面都有接头，能和DNA两端的接头配对，并能在lane表面进行桥式扩增。
3.桥式PCR
4.测序 和第一代类似，加入3’—oH被保护并且带有碱基荧光的dNTP，保证一次只能结合一个。结合一个之后，冲洗掉没反应的，分析其荧光，即知道结合的是哪一个核苷酸。去掉保护基团，重复上述步骤，即可测序。

优缺点：极大的提高了测序速度，降低了测序成本，为大规模应用打下基础。但是错误率高。但是又碱基替换产生的错误。具有系统偏向性，同时读长较短。

第三代 测序技术

第三代测序技术一SMRT与纳米单分子测序技术为代表，特点是单分子测序，但是还不太成熟，成本也较高，这里不做展开。

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总结

由上可知，读长，测序成本，通量三大因素是判断测序好坏的三大标准。其中第二代测序技术使得成本大大降低，使其真正的进入大规模应用阶段。