使用nibabel时候出现的小问题

最新推荐文章于 2023-02-27 21:18:50 发布
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在使用nibabel 3.0.2版本处理.nii图像进行二值转换时，发现保存的图像未反映数值转换，问题在2.0版本中得到解决。
摘要由CSDN通过智能技术生成

刚刚发现在使用最新版3.0.2 nibabel库对.nii图像进行二值转换的时候， 如果使用我的代码对转换后的图像进行保存，将不能保存数值转换后的图像（仍然是原图）。我把版本换到2.0的时候是行的。不知道什么原因。但是问题还是通过切换版本解决了。______2020.3.14于南信大

import os
import nibabel as nib

import numpy as np
imagefile=[]

filedir='./_zhuanhuanqian'
for file in os.listdir(filedir):
    imagefile
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龙王山咸鱼
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python3环境下“No module named nibabel”的解决办法
未来可期
11-12 7980
写在这里的初衷，一是备忘，二是希望得到高人指点，三是希望能遇到志同道合的朋友。 目录一、问题二、根本原因三、解决办法 一、问题 目前，尝试着通过python读取医学三维图像nrrd格式，运行代码，出现的错误如下 import nibabel as nib #pip install nibabel, if nibabel is not already installed ModuleNotFoundError: No module named 'nibabel' 二、根本原因 根本原因： python.
使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作
09-16
主要介绍了使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
nibabel monai读取nii图像时出现 “pixdim[0] (qfac) should be 1 (default) or -1； setting qfac to 1“警告的问题
weixin_42699538的博客
02-27 600
【警告】nibabel monai读取nii图像时出现 "pixdim[0] (qfac) should be 1 (default) or -1;setting qfac to 1"警告的问题。
Python第三方库之nibabel
AlbertDarren的博客
12-01 1万+
NiBabel提供对一些常见医学和神经影像文件格式的读/写访问，包括（plain，SPM99，SPM2及更高版本），，NIfTI1，，，MINC1，，和以及Philips PAR/REC。该库可以完全或选择性地访问各种图像格式的元数据，可以通过 NumPy 数组访问图像数据，对的支持非常有限，也是PyNIfTI第三方库的继任者。nibabel图像由三个方面组成本文主要讨论利用nibabel库读写NIfTI格式的脑肿瘤图像，文件后缀名为.nii.gz，同时使用matplotlib显示图像数据。
nibabel文件存储和读取header
未名方略
04-17 2638
神经图像NIBABEL官网： https://nipy.org/nibabel/gettingstarted.html 读取 import nibabel as nib img = nib.load('image_path+filename).get_fdata() 存储 img.tofile('save_path+filename') 头文件 ds = nib.load(im...
nii文件中的方向理解
zhangjipinggom的博客
07-07 6090
记录理解，原文见http://www.grahamwideman.com/gw/brain/orientation/orientterms.htm 1. 方向定义 也就是说：superior-inferior -> 头到脚 anterior-posterior -> 正脸到后脑勺 right-left -> 右半边到左半边 这些都是以病人为中心来说的 另： simpleITK里面一些基本概念https://simpleitk.readthedocs.io/en/m.
python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例
09-16
在Python中处理医学图像，特别是在处理`.nii.gz`格式的文件时，经常使用的库是`nibabel`和`SimpleITK`(Sitk)。这两种库都提供了读取和保存`.nii.gz`文件的功能，但它们的处理方式有所不同。 首先，`nibabel`是一个...
Python库 | nibabel-1.3.0.zip
05-25
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：nibabel-1.3.0.zip 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
torch中常见的错误信息
weixin_61745097的博客
11-12 4450
torch中运行过程中的常见的错误信息的分析与解决方案，希望可以帮到大家。
Pytorch学习（一）
Yannie's Blog
06-09 1404
PyTorch框架搭建 PyTorch是动态图计算，TensorFlow1.0还是静态图计算。 静态图计算是我们在编程的时候需要先构图（即将我们的网络环境搭建好），才能在后端运行我们的网络。 Tensorflow的可视化是通过Tensorboard来完成的，而pytorch的可视化得需要其他第三方的工具。 TnesorFlow的部署是通过TF serving来部署，而PyTorch模型的部署就比较麻烦了，可能需要Python的服务，如Flask 动态图是编好程序就可以运行，而静态图，我们想打印一个tens
【医学影像】如何无信息损失的读取、处理和保存nii文件（python，nibabel）
AbeeCode
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最近工作中需要解决一个问题： 读取nii格式的医学图像，更改内部的矩阵，重新保存成nii数据 但是Nifti数据本身是除了矩阵信息（也就是图像信息之外），还有和物理坐标相关的仿射矩阵以及Header头文件信息，但是nibabel的获取数据的方法get_data()是一个单向操作，只可以获取数据，并不能把数据直接存到一个现成的nii文件中，并没有诸如nii_img.data = new...
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安装nibabel包
Opencv[cv2.findContours解决image data type = 0 is not supported]
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在找二值图片的轮廓，给cv2.findContours函数传递二值图片的时候，抛出一下异常： (_, cnts, _) = cv2.findContours(mask, cv2.RETR_EXTERNAL, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE) TypeError: image data type = 0 is not supported 于是将例子简化，得到一下例子，运行正常...
pytorch神经网络的小问题
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UserWarning: To copy construct from a tensor, it is recommended to use sourceTensor.clone().detach() or sourceTensor.clone().detach().requires_grad_(True), rather than torch.tensor(sourceTensor). feature = torch.tensor(torch.from_numpy(feature), dtype=t..
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Pierce_KK的博客
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我的目的主要是利用 nibabel 这个库来处理一些 NIFTI 格式的 医学方面的数据。 官方的网址如下： https://nipy.org/nibabel/nibabel_images.html#the-image-object 首先， 自然是安装库， 然后我们使用 load 函数来读取一个 nii.gz格式的文件， 它 return 的是一个 <class 'n...
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当使用 jupyter notebook 读取图片的时候。页面报错TypeError: Image data of dtype object cannot be converted to float 你已经检查了你的文件路径是正确的，图片格式也是对（jpg、png）的，图片的大小也没有很变态。 如果爆出上面的错误，唯一的方法就是，restart 你的jupyter notebook。找到页面...
NiBabel 使用
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【python】SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据（2D显示）
weixin_42338058的博客
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SimpleITK 和 Nibabel 的区别： SimpleITK 加载数据是channel_first，即（155，240，240）； Nibabel 是 channel_last，即（240，240，155），其中155是图像通道数，也就是155张图像，可以把nii看成二维图像，也可以看成三维。 But nibabel加载出来的图像被旋转了90度，横过来了，不知道什么原因~亟待解决~...
nibabel库安装
最新发布
07-28
安装nibabel库时遇到的问题可以有多种原因。根据引用\[1\]和引用\[2\]的内容，可以尝试以下几种解决方法： 1. 使用conda安装：根据引用\[1\]中的建议，可以尝试使用以下命令安装nibabel库： ``` conda install -c simpleitk simpleitk conda install -c conda-forge nibabel conda install pydicom ``` 2. 使用pip安装：如果使用pip安装时遇到问题，可以尝试使用引用\[2\]中提供的命令，使用不同的镜像源进行安装： ``` pip install nibabel -i http://pypi.douban.com/simple --trusted-host pypi.douban.com ``` 3. 检查网络连接：有时候安装失败是由于网络连接问题导致的。可以尝试检查网络连接是否正常，并且尝试使用其他网络环境进行安装。 4. 更新pip和conda：确保你的pip和conda是最新版本，可以使用以下命令进行更新： ``` pip install --upgrade pip conda update conda ``` 如果以上方法仍然无法解决问题，可以尝试搜索相关错误信息或者参考nibabel库的官方文档或社区论坛，寻找其他解决方案。 #### 引用[.reference_title] - *1* [conda安装医学图像处理库SimpleITK、nibabel、pydicom等](https://blog.csdn.net/guzhao9901/article/details/120990118)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [医学图像处理-安装nibabel包命令](https://blog.csdn.net/weixin_44911552/article/details/127929358)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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